随笔分类 - 工具
摘要：前言 之前，习惯性用conda来管理环境，安装软件。大多时候都还不错，但是就是喜欢转圈圈，下载不动，最后给出些不清晰的信息~ 最近服务器出问题，重新配置了一遍工作环境，换用mamba试试~ mamba mamba 是使用C++ 对conda包管理器的重实现。 使用多线程来并行下载仓库数据和包文件 采
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摘要：SpaceRanger 下载安装使用 下载安装 当前版本 Space Ranger - 2.0.0 (July 18, 2022), 运行在Linux 系统， 硬件需满足最小硬件要求： 8-core Intel or AMD processor (32 cores recommended) 64GB
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摘要：版本 导入Scanpy, 其版本为'1.9.1'。 import scanpy as sc sc.__version__ #'1.9.1' 功能 函数tl.score_genes_cell_cycle用给定S phase 和 G2M phase的两个基因集，计算打分，然后根据得分分配细胞phase，
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摘要：版本 导入Scanpy, 其版本为'1.9.1'，如果你看到的源码和下文有差异，其可能是由于版本差异。 import scanpy as sc sc.__version__ #'1.9.1' 功能 函数pp.highly_variable_genes其源代码在scanpy/preprocessing
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摘要：版本 导入Scanpy, 其版本为'1.9.1'，如果你看到的源码和下文有差异，其可能是由于版本差异。 import scanpy as sc sc.__version__ #'1.9.1' 功能 函数pp.calculate_qc_metrics其源代码在scanpy/preprocessing/
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摘要：版本 导入Scanpy, 其版本为'1.9.1'，如果你看到的源码和下文有差异，其可能是由于版本差异。 import scanpy as sc sc.__version__ #'1.9.1' 例子 函数pp.normalize_total用于Normalize counts per cell， 其源
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摘要：版本 导入Scanpy, 其版本为'1.9.1'，如果你看到的源码和下文有差异，其可能是由于版本差异。 import scanpy as sc sc.__version__ #'1.9.1' 功能 函数pp.filter_genes 其源代码在scanpy/preprocessing/_simple
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摘要：版本 导入Scanpy, 其版本为'1.9.1'，如果你看到的源码和下文有差异，其可能是由于版本差异。 import scanpy as sc sc.__version__ #'1.9.1' 功能 函数pp.filter_cells用于Filter cell outliers， 其源代码在scanp
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摘要：软件安装 # 安装bedtools pip install git+https://github.com/huang-sh/astk.git@dev 剪切位点强度计算 支持 suppa2, rMATS输出
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摘要：前面 命令行程序我们平常或多或少都用过一些，比如日常使用的一些linux命令，专业领域内的一些命令行程序等。大家大致都了解一些，但这里还是先说几个概念。 主要是为了解释下"argument", "option" 和"parameter"。不过这几个词在不同的应用场景下，可能意思并不相同，这里主要还是
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摘要：FASTQ with Emoji = FASTQE 🤔 表情版的FASTQC，适用于Illumina 1.8+/Sanger format 使用 安装 使用conda 或者pip conda install -c bioconda fastqe 测试数
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摘要：SSH介绍 SSH（Secure Shell 的缩写）是一种网络协议，用于加密两台计算机之间的通信，并且支持各种身份验证机制。OpenSSH 工具是SSH 协议当前最流行的一种实现，Linux 的所有发行版几乎都自带 OpenSSH。 SSH 的软件架构是服务器-客户端模式（Server - Cli
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