2019 年 2月 22 日随笔档案 - 记号晴

2019年2月22日

摘要： 1.统计大于号开始的行数或seqkit 工具 Total sequence length 5,759,798,599 Total ungapped length 5,759,798,599 Number of contigs 1,397,492 Contig N50 9,587 Contig L50 阅读全文

posted @ 2019-02-22 21:30 记号晴阅读(3018) 评论(0) 推荐(0) 编辑

FASTA文件分割

摘要： FASTA格式是一种用于记录序列的文本格式，在生信分析中经常会用到.fasta文件中往往储存成千上万条序列，而在某些时候，需要对文件进行分割，如分割成每个序列一个文件，或分割成较小的fasta文件假如有如下数据： Tricas1.fasta $ head Tricas1.fasta CM00027 阅读全文

posted @ 2019-02-22 15:29 记号晴阅读(4799) 评论(0) 推荐(0) 编辑

parallel-fastq-dump是一个大坑

摘要：用conda安装时它并没有注明是依赖于python3.6 但它会把anaconda默认python版本为3.6，无论是3.7还是2.7 且它不管以你是自己的环境还是公共的环境，都会升级你不得不重装anaconda 阅读全文

posted @ 2019-02-22 12:30 记号晴阅读(920) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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