4. EM算法-高斯混合模型GMM详细代码实现
1. EM算法-数学基础
2. EM算法-原理详解
3. EM算法-高斯混合模型GMM
4. EM算法-高斯混合模型GMM详细代码实现
5. EM算法-高斯混合模型GMM+Lasso
1. 前言
EM的前3篇博文分别从数学基础、EM通用算法原理、EM的高斯混合模型的角度介绍了EM算法。按照惯例，本文要对EM算法进行更进一步的探究。就是动手去实践她。
2. GMM实现
我的实现逻辑基本按照GMM算法流程中的方式实现。需要全部可运行代码，请移步我的github。
输入：观测数据\(x_1,x_2,x_3,...,x_N\)
对输入数据进行归一化处理
#数据预处理
def scale_data(self):
for d in range(self.D):
max_ = self.X[:, d].max()
min_ = self.X[:, d].min()
self.X[:, d] = (self.X[:, d] - min_) / (max_ - min_)
self.xj_mean = np.mean(self.X, axis=0)
self.xj_s = np.sqrt(np.var(self.X, axis=0))
输出：GMM的参数
- 初始化参数
#初始化参数
def init_params(self):
self.mu = np.random.rand(self.K, self.D)
self.cov = np.array([np.eye(self.D)] * self.K) * 0.1
self.alpha = np.array([1.0 / self.K] * self.K)
- E步：根据当前模型，计算模型\(k\)对\(x_i\)的影响
\[\gamma_{ik}=\frac{\pi_k\mathcal{N}(\boldsymbol{x}|\boldsymbol{\mu}_k,\boldsymbol{\Sigma}_k)}{\sum_{k=1}^K\pi_k\mathcal{N}(\boldsymbol{x}|\boldsymbol{\mu}_k,\boldsymbol{\Sigma}_k)}
\]
#e步，估计gamma
def e_step(self, data):
gamma_log_prob = np.mat(np.zeros((self.N, self.K)))
for k in range(self.K):
gamma_log_prob[:, k] = log_weight_prob(data, self.alpha[k], self.mu[k], self.cov[k])
log_prob_norm = logsumexp(gamma_log_prob, axis=1)
log_gamma = gamma_log_prob - log_prob_norm[:, np.newaxis]
return log_prob_norm, np.exp(log_gamma)
- M步：计算\(\mu_{k+1},\Sigma_{k+1}^2,\pi_{k+1}\)。
\[n_k=\sum_{i=1}^N\gamma_{ik}
\]
\[\mu_{k+1}=\frac{1}{n_k}\sum_{i=1}^N\gamma_{ik}x_i
\]
\[\Sigma_{k+1}^2=\frac{1}{n_k}\sum_{i=1}^N\gamma_{ik}(x_i-\mu_k)^2
\]
\[\pi_{k+1}=\frac{n_k}{N}
\]
#m步，最大化loglikelihood
def m_step(self):
newmu = np.zeros([self.K, self.D])
newcov = []
newalpha = np.zeros(self.K)
for k in range(self.K):
Nk = np.sum(self.gamma[:, k])
newmu[k, :] = np.dot(self.gamma[:, k].T, self.X) / Nk
cov_k = self.compute_cov(k, Nk)
newcov.append(cov_k)
newalpha[k] = Nk / self.N
newcov = np.array(newcov)
return newmu, newcov, newalpha
- 重复2，3两步直到收敛
最后加上loglikelihood的计算方法。
- 基本的计算方法按照公式定义。
\[L(\theta) = \sum\limits_{i=1}^m log\sum\limits_{z^{(i)}}Q_i(z^{(i)})P(x^{(i)},z^{(i)}|\theta)\;\;\;s.t.\sum\limits_{z}Q_i(z^{(i)}) =1
\]
实现如下
def loglikelihood(self):
P = np.zeros([self.N, self.K])
for k in range(self.K):
P[:,k] = prob(self.X, self.mu[k], self.cov[k])
return np.sum(np.log(P.dot(self.alpha)))
但是这样的实现会有2个问题。
- 非矩阵运算，速度慢。
- 非常容易underflow，因为\(P.dot(self.alpha)\)非常容易是一个很小的数，系统把它当作0处理。
- 使用以下\(LogSumExp\)公式进行改进，并且令\(a_h = log(Q_i(z^{(i)}))+log(P(x^{(i)},z^{(i)}|\theta))\)，具体实现看github：
\[log(\sum_hexp(a_h)) = m + log(\sum_hexp(a_h - m))\;\;\;m=max(a_h)
\]
3. 总结
首先gmm算法会很容易出现underflow和overflow，所以处理的时候有点麻烦。但是\(LogSumExp\)能解决大部分这个问题。还有就是我的实现方式是需要协方差矩阵一定要是正定矩阵，所以我的代码中也做了处理。我们好想还不能够满足于最基础的GMM算法，所以在下一篇文章中我们要对GMM加入一个惩罚项，并且用对角矩阵的方式代替协方差矩阵。
