多维哈希寻找gene上的SNP($ling_1[1]<=$ling_2[1]<=$ling_1[2])

我想比较两个文件，它们的元素是不对等的，第二个文件中第二列（$ling_2[1])和第一个文件的第二第三列为数字（$ling_1[1]\$ling_1[2])，两个文件的第一列均为染色体编号，一个编号对应多组数字。
我的需求是：我想找到第一个文件上和第二个文件的染色体编号相同，且第二个文件的数字是在第一个文件两个数字之间的，即$ling_1[1]<=$ling_2[1]<=$ling_1[2].把符合条件的输出到新的文件，怎么搞？
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我的输入文件：

1、filter_allgene.txt
chr1    107543234       107546786       (ABCA1|NM_005502|-|3-UTR3).u-50d+50e;(ABCA1|NM_005502|-|CDS49).u-50d+50e
chr1    107547627       107547970       (ABCA1|NM_005502|-|CDS48).u-50d+50e
chr1    107548529       107548721       (ABCA1|NM_005502|-|CDS47).u-50d+50e
chr1    107549104       107549307       (ABCA1|NM_005502|-|CDS46).u-50d+50e
chr9    107550151       107550385       (ABCA1|NM_005502|-|CDS45).u-50d+50e
chr9    107550657       107550898       (ABCA1|NM_005502|-|CDS44).u-50d+50e
chr9    107553153       107553359       (ABCA1|NM_005502|-|CDS43).u-50d+50e
chr9    107554167       107554329       (ABCA1|NM_005502|-|CDS42).u-50d+50e
chr9    107555017       107555237       (ABCA1|NM_005502|-|CDS41).u-50d+50e
2、dbSNP_hg19.chr.All
chr1    93617546        1       1       0       0       0.888   0.112   0       rs546
chr1    15546825        1       1       0       0.261   0       0       0.739   rs549
chr1    203713133       1       1       0       0.181   0       0       0.819   rs568
chr1    24181041        1       1       0       0.007   0       0       0.993   rs665
chr1    53679329        0       0       0       0.01    0       0       0.01    rs672
chr1    173876561       1       1       0       0       0.5     0       0.5     rs677
chr1    161191522       1       1       0       0       0.302   0.698   0       rs685
chr1    230845794       0       1       0       0.01    0       0       0.01    rs699
chr1    233971983       1       1       0       0       0.01    1.0     0       rs701
chr1    32372139        1       0       0       0       1.0     0.01    0       rs717
chr1    34061688        0       1       0       0       0.01    0       0.01    rs737
chr1    173120583       1       1       0       0       0       0.75    0.25    rs750
chr1    87857969        1       1       0       0.162   0       0       0.838   rs751
chr1    214859676       1       1       0       0.433   0       0       0.567   rs759
chr9    107543239       0       1       0       0       0.01    0.01    0       rs171
chr9    107549144       1       1       0       0       0.833   0.167   0       rs538
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 代码：

use strict;
use warnings;

open IN1,"< filter_allgene.txt" or die"$!";
open IN2,"< dbSNP_hg19.chr.All" or die"$!";
open OUT,"> result.txt" or die"$!";

my $ref = {};
while () {
    chomp;
        my @arr = split/\t/;
        $ref->{$arr[0]}->{$arr[1]}->{$arr[2]} = $.;
}
close IN1;
local $" = "\t";
while () {
    chomp;
        my @arr = split(/\t/,$_,3);
        next unless (defined($ref->{$arr[0]}));
        foreach my $start (sort {$a<=>$b} keys %{$ref->{$arr[0]}}) {
            last if ($arr[1] < $start);
                foreach my $end (sort {$a<=>$b} keys %{$ref->{$arr[0]}->{$start}}) {
                    if ($arr[1]>=$start and $arr[1]<=$end) {
                            print OUT "@arr\n";
                        }
                }
        }
}
close IN2;
close OUT;