R语言读取和修改 fcs文件

记住要从上往下一个一个包的安装，已经安装了的就不用安装，如果就是 读取和修改fcs文件，只需要安装 flowCore包就可以了。
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))    
　　install.packages("BiocManager")
##数据源：
BiocManager::install("flowWorkspaceData")
##数据读取和质控：
BiocManager::install("flowCore")BiocManager::install("flowClean")
##批量标准化：
BiocManager::install("flowStats")
##自动圈门包：
BiocManager::install("openCyto")BiocManager::install("flowDensity")
##结果的可视化：
BiocManager::install("ggcyto")BiocManager::install("flowViz")

读取FCS文件的方法：

参考：https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzUzMjYyMDE2OQ==&mid=2247485304&idx=1&sn=8a3625e76f71dd1d4d73ba449ccf4b00&chksm=fab1319ecdc6b888c2700138842178a2b41f44c9bea173ecb8ed5eb7d54c137ba5d7b5827962&scene=27

这个代码已经验证可以使用：

library(flowCore)
library(ggcyto)
data <- read.FCS("fcs/Hep5.fcs", transformation=FALSE)
data1 <- exprs(data[,])##获取对应的信号的值
data1  
write.csv(data1,"fcs/Hep5_04.csv",row.names = FALSE)

上述代码中data的结构图如下：

 构建 flowFrame的代码：

new("flowFrame",
exprs = ...., Object of class matrix
parameters = ...., Object of class AnnotatedDataFrame
description = ...., Object of class list
)

 

这个方法也可以实现：

library(flowCore)

fs <- read.flowSet("fcs/PANC-1-7.fcs")
fs
sampleNames(fs)
#data1 <- exprs(fs[[1]][1:12,])##获取数据
data1 <- exprs(fs[[1]][,])##获取数据
data1
write.csv(data1,"fcs/PANC-1-7_05.csv",row.names = FALSE)

上面代码中 fs的结构如图：

在R语言中，环境（environment）是一个存储变量和函数的地方，可以看作是存储对象的容器。每个环境都有一个父环境，形成一个环境链。在R中，函数中定义的变量和函数都存在于函数的环境中。 

修改FCS文件的数据方法：

参考：https://cloud.tencent.com.cn/developer/article/1756347

library(flowCore)
library(ggcyto)
data <- read.FCS("fcs/Hep5.fcs", transformation=FALSE)
data@exprs[1,1] <- 3654    #举例修改其中的一个值，如果是从excel中读取值来进行修改，那就用 apply函数族实现赋值修改
write.FCS(data,"Hep_01.fcs")  #生成新的 FCS文件