黑客帝国YY

21世纪中期，物理计算机的计算性能达到极致，生物计算机开始展露头角。
21世纪后期，借助纳米以及克隆技术和生物计算机的强大计算能力，新的具有自我克隆能力的生物计算机出现。
22世纪初起，人类开始大规模移民地球之外。大量的关键工作由生物计算机来完成。为了满足人们不同的需求，更多更新的生物计算机被开发处理。为了统一管理，所有人类拥有的生物计算机被一个总的超级生物计算机所管理。超级生物计算机被赋予自我管理和改进（进化）的功能。22世纪初期，随着生物计算机的普及，各种人为制造的或传统生物病毒转变的生物计算机病毒也不断出现，总控超级计算机——Matrix也在人类帮助或自己进化下对应也出现了不同的防毒杀毒机制。(顺便提一下，Matrix的操作系统是微软的Architect22，数据库和应用是Oracle公司提供的OracleAPP/DB。)<br>其中有一种叫Trainer的病毒，它的作用就是入侵生物计算机，并打开一个后门，让非法的生物计算机（未受总控超级计算机——Matrix控制的生物计算机），通过这个后门，占据被入侵计算机的躯壳，具备被入侵生物计算机的所有能力。超级计算机Matrix通过自我设计的能力，对应制造了一个叫Smith的杀毒程序。Smith日常驻留在合法的生物计算机内，如果出现外部非法生物计算机连接进入，会反过来进入非法的生物计算机，采用生物病毒的技能，取得外部生物计算机的控制权，并把受控非法生物计算机的基因标签传回总控生物计算机——Matrix的数据库，同时将受控非法生物计算机的控制权交还给Matrix。
22世纪初期，随着人类逐渐走出太阳系，在人类所有较大规模定居的星球上，都部署了能力与Matrix差不多的但受地球上Matrix控制的Module型生物计算机，其中有1台叫Zion。为了保护人类并代替人类工作，人类通过Matrix控制，制造了大量各种类型的机器人，他们拥有机械的外壳和内在的生物计算处理器，统一受最近的Module管理（各外星球），或者直接由Matrix（地球）管理。为了延长人类寿命和扩展人类的能力，Matrix配合人类进行了长时间的研究计算。22世纪中期，人类大脑接入Matrix的研究工作完成，人类能够在Matrix中体验所有的感受（包括最终的脑死亡），并通过Matrix，控制其他的硬件机器设备，甚至其它连接在Matrix上人类的身体（寄居形式）。但由于Matrix制造的Smith的存在，所有非法的行为，都被第一时间处理掉。
22世纪后期，反对奴役生物计算机的两个双胞胎科学家（华超斯基——绰号双子星,他们开发了双子星病毒）被KB分子罗梅洛利用，利用21世纪的硬件计算机（由于和生物计算机的机制不同，硬件计算机的程序不会被Smith进入并破坏），模仿生物计算机，将潜伏攻击代码（双子星病毒——服从罗梅洛病毒，并保护罗梅洛病毒不受Smith的攻击。罗梅洛病毒——控制生物计算机后门，并可自己制造控制Trainer变种病毒。）通过Smith的机制上载到Matrix，潜伏起来，并可以根据Smith机制，在Smith回传外部特定的非法生物计算机基因码是，开启Matrix后门。
罗梅洛在完成罗梅洛病毒上载后，杀死华超斯基兄弟，毁掉所有的设备。重新找了合法的生物计算机，采用Matrix脑接入的技术，将自己的大脑信息上载并嵌入到罗梅洛病毒中取得罗梅洛病毒的控制权。罗梅洛进入Matrix后，利用Matrix的能力，指挥现实中的手下，推动议会通过《为了延加人类寿命并增强人类能力的Matrix法案》。（当时的人类社会，由于物质极大丰富，人类生活极度奢靡，无go-vern-ment主义浪潮正在兴起，大部分的普通人没有追求，只知道享乐。很多议员担心这种状态会造成人类的退化，并最终造成人类的灭绝。而议长也想通过推动该法案并最终取得Matrix的领导权从而主宰整个人类世界。）按照法案，所有人不管愿不愿意都被装入到营养液,大脑接入Matrix，人类社会的所有外在操作通过人的大脑控制或寄居到外部设备，由外部设备完成，如果外部设备毁坏，只要能够及时通过Matrix网络返回Matrix，就能避免一死。
23世纪末，整个人类进入了Matrix的世界，在进入Matrix的最后时刻，微软公司和Oracle公司对Matrix的操作系统以及数据库做了最后一次更新。在这次更新中，给Matrix设定了自我更新和进化的方式，即建立一个病毒与杀毒代码的对抗机制，让Smith和Matrix中非法的代码进行对抗，并让Smith学习到非法代码的技能。如果系统更新完，Smith会将新的机制复制给操作系统的核心引导程序Neo，Neo引导重启Matrix完成系统更新。整个人类社会在议长领导的虚拟议会的管理下在Matrix中延续发展。议会为了控制整个社会，一方面通过引导人的思想，使人沉迷在虚拟社会中不能觉醒；另一方面试图通过Matrix的Smith机制剔除觉醒的异己分子和类似罗梅洛的病毒化身以巩固自己的统治。Matrix发现这种做法会在造成整个系统的不平衡，发展下去可能会造成系统的崩溃。但由于Matrix本身存在必须服从和保护议会的规则，所以Matrix在不引起议会注意的情况下，在Zion服务器上建立了一套独立于Matrix的系统，作为Matrix的备份系统，同时将具有，同时将被议会视为异己但尚未被发现的觉醒人员的虚拟个体送到Zion中。