学习笔记166—Circos增加区块属性【highlight 属性】
一、结果图展示（进入本节前，保证自己的circos已经安装成功，安装过程请参考之前的笔记！！！）：
二、配置文件：
1） 系统属性配置文件：circos.conf，breaks.conf，bands.conf，ideogram.conf，ideogram.label.conf，ideogram.position.conf
2）手动添加配置文件：karyotype.6regions.txt，highlight.txt，fid_Edge_connect_N.txt，ZNF.txt
3) 运行命令：perl E:\soft\toolbox\circos-0.69-6\bin\circos -conf C:\Users\heyi9\Desktop\cacheFile\circos_test\test1\circos.conf
三、以下是Circos.conf配置文件的完整信息：
<<include etc/colors_fonts_patterns.conf>>
<<include ideogram.conf>>
<<include ticks.conf>>
<<include bands.conf>>
# karyotype定义染色体的名字、ID、起始位置信息，是绘制图的根本
#导入自己路径下的karyotype
karyotype = C:/Users/heyi9/Desktop/cacheFile/circos_test/test1/karyotype.6regions.txt
#格式例如：
# 定义输出
<image>
<<include etc/image.conf>>
</image>
# `chromosome_units`定义染色体一个单位的大小，缩写为`u`。若`chromosome_units=1000000`, 则`10u=10000000`。
# 后面会用到这个单位，尤其是ticks中
chromosomes_units = 1000000
chromosomes_display_default = yes
# 大标签highlights，复数定义里面有多个highlight
<highlights>
# 高亮的区域放在 <highlight>标签中，配置简单，给定文件名和内外半径就好
# 文件格式见下面解释
<highlight>
# 导入自己路径下 highlight 文件
file=C:/Users/heyi9/Desktop/cacheFile/circos_test/test1/highlight.txt
#格式例如：
stroke_thickness = 2
stroke_color = black
#设置起始位置
r0=0.6r
#设置终点位置
r1=0.7r
z = 10
</highlight>
</highlights>
<plots>
<plot>
# 设置刻度和字符
type = text
color = black
#导入自己路径下的ZNF.txt文件
file = C:/Users/heyi9/Desktop/cacheFile/circos_test/test1/ZNF.txt
# 格式例如：
# 设置起始位置
r0 = 0.7r
#设置终点位置
r1 = 1.5r
show_links = yes
link_dims = 4p,4p,8p,4p,4p
link_thickness = 2p
link_color = red
label_size = 24p
label_font = condensed
padding = 0p
rpadding = 0p
</plot>
</plots>
<<include etc/housekeeping.conf>>
# 增加线条，可以定义多种类型的线条
<links>
<link>
# 导入某种线条的属性文件
file = C:/Users/heyi9/Desktop/cacheFile/circos_test/test1/fid_Edge_connect_P.txt
#格式例如：
# 设置线条颜色
color = ylorrd-8-seq-5
# 线头与环柱之间相对的位置
radius = 0.6r
# 线条弧度
bezier_radius = 0.01r
# 线条粗细
thickness = 4
</link>
#<link>
#file = C:/Users/heyi9/Desktop/cacheFile/circos_test/test1/fid_Edge_connect_N.txt
#color = gnbu-8-seq-6
#radius = 0.6r #线头与环柱之间相对的位置
#bezier_radius = 0.01r
#thickness = 4
#</link>
</links>
四、结果图解说：
注意：circos图中band的宽度设置如下：
1）当ideogram.position.conf中，thickness = 50p时，对应图中band的宽度如下：
2）当ideogram.position.conf中，thickness = 100p时，对应图中band的宽度如下：
注意：circos图band中的label取消如下：
1）将ideogram.label.conf中，show_label 设置为no，如下所示：
2）结果如下所示：
参考连接：
