学习笔记166—Circos增加区块属性【highlight 属性】

一、结果图展示（进入本节前，保证自己的circos已经安装成功，安装过程请参考之前的笔记！！！）：

二、配置文件：

1） 系统属性配置文件：circos.conf，breaks.conf，bands.conf，ideogram.conf，ideogram.label.conf，ideogram.position.conf

2）手动添加配置文件：karyotype.6regions.txt，highlight.txt，fid_Edge_connect_N.txt，ZNF.txt

3)  运行命令：perl E:\soft\toolbox\circos-0.69-6\bin\circos -conf C:\Users\heyi9\Desktop\cacheFile\circos_test\test1\circos.conf

三、以下是Circos.conf配置文件的完整信息：

<<include etc/colors_fonts_patterns.conf>>
<<include ideogram.conf>>
<<include ticks.conf>>
<<include bands.conf>>

# karyotype定义染色体的名字、ID、起始位置信息，是绘制图的根本

#导入自己路径下的karyotype

 karyotype = C:/Users/heyi9/Desktop/cacheFile/circos_test/test1/karyotype.6regions.txt

#格式例如：

# 定义输出

<image>
<<include etc/image.conf>>
</image>

# `chromosome_units`定义染色体一个单位的大小，缩写为`u`。若`chromosome_units=1000000`, 则`10u=10000000`。

# 后面会用到这个单位，尤其是ticks中
chromosomes_units           = 1000000
chromosomes_display_default = yes

# 大标签highlights，复数定义里面有多个highlight
<highlights>

# 高亮的区域放在 <highlight>标签中，配置简单，给定文件名和内外半径就好

# 文件格式见下面解释

<highlight>

# 导入自己路径下 highlight 文件
file=C:/Users/heyi9/Desktop/cacheFile/circos_test/test1/highlight.txt

#格式例如：

stroke_thickness = 2
stroke_color = black
#设置起始位置
r0=0.6r

#设置终点位置
r1=0.7r
z = 10
</highlight>      
</highlights>
<plots>
<plot>

# 设置刻度和字符
type   = text
color  = black

#导入自己路径下的ZNF.txt文件
file             = C:/Users/heyi9/Desktop/cacheFile/circos_test/test1/ZNF.txt

# 格式例如：

 # 设置起始位置
r0 = 0.7r

#设置终点位置
r1 = 1.5r
show_links     = yes
link_dims      = 4p,4p,8p,4p,4p
link_thickness = 2p
link_color     = red
label_size   = 24p
label_font   = condensed
padding  = 0p
rpadding = 0p
</plot>
</plots>  
<<include etc/housekeeping.conf>>

# 增加线条，可以定义多种类型的线条

<links>
<link>

# 导入某种线条的属性文件
file          = C:/Users/heyi9/Desktop/cacheFile/circos_test/test1/fid_Edge_connect_P.txt

#格式例如：

# 设置线条颜色
color         = ylorrd-8-seq-5

# 线头与环柱之间相对的位置
radius        = 0.6r

# 线条弧度
bezier_radius = 0.01r

# 线条粗细
thickness     = 4
</link>
#<link>
#file          = C:/Users/heyi9/Desktop/cacheFile/circos_test/test1/fid_Edge_connect_N.txt
#color         = gnbu-8-seq-6
#radius        = 0.6r #线头与环柱之间相对的位置
#bezier_radius = 0.01r
#thickness     = 4
#</link>
</links>

四、结果图解说：

注意：circos图中band的宽度设置如下：

1）当ideogram.position.conf中，thickness = 50p时，对应图中band的宽度如下：

 2）当ideogram.position.conf中，thickness = 100p时，对应图中band的宽度如下：

 

注意：circos图band中的label取消如下：

 1）将ideogram.label.conf中，show_label 设置为no，如下所示：

 2）结果如下所示：

参考连接：

http://circos.ca/documentation/tutorials/highlights/recipe2/images

https://www.plob.org/article/11851.html

http://circos.ca/documentation/tutorials/ideograms/labels/images 

http://circos.ca/tutorials/lessons/2d_tracks/text_1/ 

http://circos.ca/documentation/tutorials/