mrtrix3 for getting the connectome matrix

Cortical segmentation(Freesurfer)

recon-all -s caso002 -i /datos/pruebas_daniel/estructural/T1s/caso002/caso002_T1.nii
recon-all -s caso002 -all

I move and change the name of the file apar+aseg.

cp /datos/pruebas_daniel/estructural/Freesurfer_cortical_parcelation/caso002/mri/aparc+aseg.mgz 
   /datos/pruebas_daniel/estructural/Freesurfer_segmentacion_cortical_resultado/caso002/caso002_cortical_seg.mgz

I change the format nii to mgz.(Freesurfer)

mri_convert /datos/pruebas_daniel/estructural/Freesurfer_segmentacion_cortical_resultado/caso002/caso002_cortical_seg.mgz 
            /datos/pruebas_daniel/estructural/Freesurfer_segmentacion_cortical_resultado/caso002/caso002_cortical_seg.nii

I change the real volume to a volume 256x256x256 so later I can calculate a deformation.(Freesurfer)

mri_convert -c /datos/pruebas_daniel/estructural/T1s/caso002/caso002_T1.nii 
               /datos/pruebas_daniel/estructural/T1s_256x256x256/caso002/caso002_T1_256.nii.gz

I extract the brain because the skull can cause problems(FSL)

bet /datos/pruebas_daniel/estructural/T1s_256x256x256/caso002/caso002_T1_256.nii.gz 
    /datos/pruebas_daniel/estructural/T1s_256x256x256/caso002/caso002_T1_256_masked.nii.gz -R

---

DWI PROCESS

I obtain a mask for future propose(MRtrix)

dwi2mask /datos/pruebas_daniel/difusion/DWIs/caso002/caso002_dwi.nii 
         /datos/pruebas_daniel/difusion/MRTRIX_brain_mask/caso002/caso002_MRTRIX_brain_mask.nii
-fslgrad /datos/pruebas_daniel//difusion/b_values_61_direcciones.bvec 
         /datos/pruebas_daniel//difusion/b_values_61_direcciones.bval

I obtain a 5tt format so i can do the tractography with the option act(MRtrix)

5ttgen freesurfer -nocrop /datos/pruebas_daniel/estructural/T1s_256x256x256/caso002/caso002_ T1_256.nii.gz 
                          /datos/pruebas_daniel/estructural/T1s_256x256x256/caso002/caso002_5tt.nii.gz

I obtain the response function (MRtrix)

dwi2response tournier -fslgrad /datos/pruebas_daniel/difusion/b_values_61_direcciones.bvec 
                               /datos/pruebas_daniel/difusion/b_values_61_direcciones.bval /datos/pruebas_daniel/difusion/DWIs/caso002/caso002_dwi.nii 
                               /datos/pruebas_daniel/difusion/MRTRIX_spherical_deconvolution/caso002/caso002_sph_dec_response 
                        -mask  /datos/pruebas_daniel/difusion/MRTRIX_brain_mask/caso002/caso002_MRTRIX_brain_mask.nii

I obtain the Fiber orientation distribution(MRtrix)

dwi2fod csd -fslgrad /datos/pruebas_daniel/difusion/b_values_61_direcciones.bvec
                     /datos/pruebas_daniel/difusion/b_values_61_direcciones.bval /datos/pruebas_daniel/difusion/DWIs/caso002/caso002_dwi.nii 
                     /datos/pruebas_daniel/difusion/MRTRIX_spherical_deconvolution/caso002/caso002_sph_dec_response 
                     /datos/pruebas_daniel/difusion/MRTRIX_spherical_deconvolution/caso002/caso002_sph_dec_output_fod.nii 
               -mask /datos/pruebas_daniel/difusion/MRTRIX_brain_mask/caso002/caso002_MRTRIX_brain_mask.nii

I obtain a lot of parameters(tensors), including the FA. (MRtrix)

dtifit -k /datos/pruebas_daniel/difusion/DWIs/caso002/caso002_dwi.nii
       -o /datos/pruebas_daniel/difusion/tensores_con_FSL/caso002/caso002
       -m /datos/pruebas_daniel/difusion/MRTRIX_brain_mask/caso002/caso002_MRTRIX_brain_mask.nii
       -r /datos/pruebas_daniel/difusion/b_values_61_direcciones.bvec 
       -b /datos/pruebas_daniel/difusion/b_values_61_direcciones.bval

I do the parcellation.(MRtrix)

labelconvert /datos/pruebas_daniel/estructural/Freesurfer_segmentacion_cortical_resultado/caso002/caso002_cortical_seg.nii  
             $FREESURFER_HOME/FreeSurferColorLUT.txt  
             /opt/shared/MRtrix/mrtrix3/src/connectome/tables/fs_default.txt 
             /datos/pruebas_daniel/estructural/Freesurfer_segmentacion_cortical_resultado/caso002/caso002_cortical_seg_lut.nii  

Now, i realize the orientation of the T1 and FA are different of the DWI, so i use the next comands(FSL)

flirt -in /datos/pruebas_daniel/difusion/tensores_con_FSL/caso002/caso002_FA 
     -ref /datos/pruebas_daniel/estructural/T1s_256x256x256/caso002/caso002_T1_256_masked 
     -out /datos/pruebas_daniel/difusion/MRTRIX_conectomica/caso002/caso002_FA_over_T1 
    -omat /datos/pruebas_daniel/difusion/MRTRIX_conectomica/caso002/caso002_transf_FA_over_T1.mat 
     -dof 12 -searchrx -180 180 -searchry -180 180 -searchrz -180 180 
convert_xfm -omat /datos/pruebas_daniel/difusion/MRTRIX_conectomica/caso002/caso002_transf_inv_FA_over_T1.mat 
         -inverse /datos/pruebas_daniel/difusion/MRTRIX_conectomica/caso002/caso002_transf_FA_over_T1.mat
flirt -in /datos/pruebas_daniel/estructural/Freesurfer_segmentacion_cortical_resultado/caso002/caso002_cortical_seg_lut.nii 
     -ref /datos/pruebas_daniel/difusion/tensores_con_FSL/caso002/caso002_FA 
     -out /datos/pruebas_daniel/difusion/MRTRIX_conectomica/caso002/caso002_cortical_seg_lut_warped 
    -init /datos/pruebas_daniel/difusion/MRTRIX_conectomica/caso002/caso002_transf_inv_FA_over_T1.mat 
    -interp nearestneighbour -applyxfm
flirt -in /datos/pruebas_daniel/estructural/T1s_256x256x256/caso002/caso002_5tt.nii.gz 
     -ref /datos/pruebas_daniel/difusion/tensores_con_FSL/caso002/caso002_FA 
     -out /datos/pruebas_daniel/estructural/T1s_256x256x256/caso002/caso002_5tt_warped 
    -init /datos/pruebas_daniel/difusion/MRTRIX_conectomica/caso002/caso002_transf_inv_FA_over_T1.mat
  -interp nearestneighbour -applyxfm

Tractography(MRtrix)

tckgen -act /datos/pruebas_daniel/estructural/T1s_256x256x256/caso002/caso002_5tt_warped.nii.gz 
            /datos/pruebas_daniel/difusion/MRTRIX_spherical_deconvolution/caso002/caso002_sph_dec_output_fod.nii 
            /datos/pruebas_daniel/difusion/MRTRIX_whole_brain_tractography/caso002/caso002_act_2000000_fibras.tck 
-seed_image /datos/pruebas_daniel/difusion/MRTRIX_brain_mask/caso002/caso002_MRTRIX_brain_mask.nii -number  2000000

Connectome Matrix (MRtrix)

tck2connectome /datos/pruebas_daniel/difusion/MRTRIX_whole_brain_tractography/caso002/caso002_act_2000000_fibras.tck 
               /datos/pruebas_daniel/difusion/MRTRIX_conectomica/caso002/caso002_cortical_seg_lut_warped.nii.gz 
               /datos/pruebas_daniel/difusion/MRTRIX_conectomica/caso002/caso002_conectomica_fiber_count.csv

摘录自:http://community.mrtrix.org/t/problems-with-connectomics/757/4