fmri数据分析图像格式及转换问题——基于spm讨论
1.几大常用格式
这张ppt介绍了现在常用的三种格式:dicom主要由扫描器产生,一般是一个slice一个文件;analyze 格式= .img/.hdr spm下用的最多;nifti ,由fsl & afni & spm几个老大哥共同确定的格式,支持3d或者4d。
2.利用spm的dicom import 把dicom原始数据转换成分析格式。
一般从sanner拷出来的文件夹中,每一个文件夹里的dicom文件,代表一个被试一次run的结果。spm会自动将dicom转成hdr/img格式。
3.利用matlab从hdr/img中读取文件信息,绘图,抽取出矩阵数据等等。
学会使用spm自带的两条命令:spm_vol :读取相应的img文件的hdr文件信息;
spm_read_vols:按照矩阵格式,读取img文件内容。
4.利用matlab 批量读取img文件,然后自动转换成四维的数据。(这张ppt的spm_get命令似乎有问题,最好还是利用其他方法进行3d-》4d)
5.绘制时间序列
5.利用spm进行3d转4d:
hankfully, SPM has a semi-hidden utility for this conversion.
The GUI is located within the Batch Editor’s SPM>Util menu, and be default saves the specified 3D NIFTI images to a single 4D NIFTI image within the same directory.
6. 把nii格式转成hdr和img格式
利用mricron软件的import—》 convert nifti .nii to .hdr/.img