生信分析常用代码总结

循环

while

循环处理文件夹下系列文本，并更改名字。一下以将bed文件转为bw文件为示例。

hg18_chrom_bed="genome.fa.fai"
find . -maxdepth 1 -name '*.bed' -user "$USER" | while IFS='' read -r id
do
filename="$(basename -s .bed "$id")"
sortBed -i "${id}" > "$filename"_sort.bed
bedtools genomecov -i "$filename"_sort.bed -g "$hg18_chrom_bed" -bg > "$filename".bedgraph
bedGraphToBigWig "$filename".bedgraph "$hg18_chrom_bed" > "$filename".bw
rm "$filename"_sort.bed "$filename".bedgraph
done