超算中心账户使用

公告

随笔档案

提交任务

方法一：按照普通服务器使用方法提交任务

　　比如要提交的可执行命令是 run，在 209 的服务器上，提交方法是 nohup ./run > out.txt & ，如果是要杀死该进程，可以使用 ps rucx 查看当前程序的 PID，再使用 kill -9 PID 命令杀死该进程即可。

　　但是，超算中心工作人员告知我，直接提交是在 ln01 节点进行计算，性能要差一些，且不能调用多个节点。调用多个节点计算是需要事先声明的。

方法二：使用 qsub 提交任务

　　编写简单的 shell 文件，比如

1 #!/bin/bash
2 
3 cd /home/201767000006/hanX/tac_cdft_0.20
4 /home/201767000006/hanX/tac_cdft/run > 0.20_45.txt

　　这里第 3 行的进入某文件夹是需要的，否则会报错。但是超算中心的工作人员表示不允许这么提交任务。

方法三：使用 pbs 脚本提交任务

1 #PBS -N run0.40
2 #PBS -l nodes=1:ppn=1
3 #PBS -l walltime=999:00:00
4 #PBS -q cu
5 #PBS -V
6 #PBS -S /bin/bash
7 
8 cd /home/201767000006/hanX/tac_cdft_0.40
9 /home/201767000006/hanX/tac_cdft/run > 0.40_45.txt

　　其中第 1 行，设置程序名称；第二行，设置程序运行调用的资源，其中 nodes=1 表示调用一个节点， ppn=1 表示调用1个核，第 3 行表示申请的运行时间；第 4 行表示申请使用的节点名称；第 5 行暂且不管，默认如此；第 6 行设置识别 /bin/bash 命令；第 8 行进入程序所在的文件夹；第 9 行运行程序。注意，这里进入文件夹，以及使用绝对路径的命令都是必须的，否则是会报错的。

　　并行的程序是可以调用多个节点，多个核的，但是串行的程序不建议调用多个节点，因为节点与节点之间的通信需要时间，串行的程序也可以调用多个核，但是运行效率未必就是调用多个核更好，一般来说，串行的程序使用单核跑要比多核跑快。

　　写完该脚本后，使用 qsub han.psb 在终端提交任务即可。

查看任务与 kill 任务

　　使用 qstat 查看当前有哪些进程正在运行

1 Job ID                    Name             User            Time Use S Queue
2 ------------------------- ---------------- --------------- -------- - -----
3 24267.mu01                 run              201767000006    00:35:10 R cu             
4 24270.mu01                 run0.40          201767000006    00:15:42 R cu