2022年7月14日
常用参考文献
摘要： 期刊 World Psy | NEjM Psy | Lancet Psy | JAMA Psy | AJ Psy | Molecular Psy | Biological Psy | Brain NG Rev | NG | NC | | AJHG | PG | BMC Nature | Scienc 阅读全文
posted @ 2022-07-14 15:29 艾易 阅读(702) 评论(0) 推荐(0) 编辑
常用方法工具
摘要： FINEMAP 【Finemap】|【PAINTOR】|【SOJO】|【PolyFun】 COLOC 【COLOC】|【eCAVIAR】|【Hyprcoloc】|【moloc】|【gwas-pw】|【Fastenloc】 "X"WAS TWAS 【PrediXcan】|【MetaXcan】|【FUS 阅读全文
posted @ 2022-07-14 14:14 艾易 阅读(3050) 评论(0) 推荐(0) 编辑
2022年1月4日
文献阅读：me-QTL和p-QTL研究
摘要： 背景： GWAS发现的与复杂疾病或性状关联的遗传变异大多数位于非编码区域，而大部分SNP的作用机制尚且未知，所以post-GWAS时代中一个主要的挑战是理解和注释遗传变异与复杂性状/疾病关联的内在机制，而QTL研究是解构这种机制的一种重要研究方法，常见的QTL包括eqtl,pqtl,meqtl,sq 阅读全文
posted @ 2022-01-04 14:44 艾易 阅读(5097) 评论(0) 推荐(0) 编辑
2021年7月6日
小知识点
摘要： MAF/REF的定义 EAF规定 回文SNP GWAS summary data 格式 PVE/R2计算 PRS的计算与SNPclump HLA基因区域命名 全基因组关联META分析的质量控制 SNPID转CHR:POS human reference hg38 GWAS VCF文件格式转换：Mun 阅读全文
posted @ 2021-07-06 17:55 艾易 阅读(364) 评论(0) 推荐(0) 编辑
2020年6月15日
GO KEGG富集分析绘图
摘要： 柱状图 setwd("C:/Users/acer/Desktop/数据处理/富集分析-lung/") 读取数据 Data <- read.csv("富集分析-lung/lung-enrichment.csv",header=TRUE) 转换term为因子 GO_term_order=factor(a 阅读全文
posted @ 2020-06-15 01:01 艾易 阅读(2000) 评论(0) 推荐(0) 编辑
2020年5月9日
TWAS--FUSION相关软件(LDSC plink2R) 安装常见错误及解决方法
摘要： 【以下问题是在虚拟机ubantu18.04上操作是遇到的问题】 安装转换GWAS summary data.txt文件为.sumstats文件的软件LDSC： 1、git clone 下载提示错误： error: RPC failed; curl 18 transfer closed with ou 阅读全文
posted @ 2020-05-09 19:30 艾易 阅读(3287) 评论(1) 推荐(0) 编辑