摘要: 1.摘要 分子设计策略是药物发现的组成部分。在过去的三十年里,分子从头设计的计算方法已经被开发出来。最近,随着机器学习(ML)和人工智能(AI)的进步,药物发现领域获得了新的实践经验。在这里,我们回顾了这些经验,并根据分子表示的程度,介绍了从头设计的方法:即基于原子、基于片段、基于反应的分子设计方法 阅读全文
posted @ 2022-08-11 20:07 努力修复BUG中 阅读(251) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 参考资料:遗传算法入门详解 染色体chromosome/个体individual表示一个解,用位串表示。位串的每一位是一个基因。染色体的集合称为群体population。适应度函数用于对个体进行度量,通常是个体在群体中使用的次数。 C:个体编码方案,E:适应度函数,P0初始种群,M:种群大小,T:遗 阅读全文
posted @ 2022-08-11 11:24 努力修复BUG中 阅读(103) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 度量两个集合之间的相似程度的方法。 A=[1,2,3,4] 列表长度:4 B=[1,2,7] 列表长度:3 C = A & B = [1,2] 列表长度:2 T = Nc / ( Na + Nb -Nc) = len(c) / ( len(a) + len(b) - len(c)) = 2 / (4 阅读全文
posted @ 2022-08-11 08:15 努力修复BUG中 阅读(146) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 编码器:概率生成模型 解码器:后验模型 可以用梯度下降法求解下列函数: 阅读全文
posted @ 2022-08-11 08:14 努力修复BUG中 阅读(151) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 一、查看镜像源 方法1 conda config --show channels 方法2 vim ~/.condarc 二、镜像源的添加/删除 2.1 添加镜像源 conda config --add channels 网址(以/结尾) 例如常见的清华源: conda config --add ch 阅读全文
posted @ 2022-08-09 17:38 努力修复BUG中 阅读(3824) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 如果一个图的每个点都引出了相同数目的线,我们就说这个图是一个“正则图”(regular graph)。如果一个正则图有 v 个点,每个点都引出了 k 条线,并且它额外地满足,任意两个相邻的点之间都恰好有 λ 个公共邻点,任意两个不相邻的点之间都恰好有 μ 个公共邻点,我们就说这个图是一个“强正则图” 阅读全文
posted @ 2022-07-14 19:30 努力修复BUG中 阅读(709) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 如果一个前馈神经网络具有线性输出层和至少一层隐藏层,只要给予网络足够数量的神经元,便可以实现以足够高精度来逼近任意一个在 ℝn 的紧子集 (Compact subset) 上的连续函数。 阅读全文
posted @ 2022-07-08 10:46 努力修复BUG中 阅读(250) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 又称为相对熵,是描述两种分布之间差异的一种方法。具有非对称性。分布一致时KL散度为0。在VAE,EM,GAN中都有用到。 相对熵和交叉熵的关系 交叉熵的公式: 相对熵的公式: 阅读全文
posted @ 2022-07-06 17:22 努力修复BUG中 阅读(67) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: G=(V,E) 其中V=X∪Y,且X中任意节点与Y中任意节点有且只有一条边(反之亦然) 阅读全文
posted @ 2022-07-05 11:00 努力修复BUG中 阅读(616) 评论(0) 推荐(0) 编辑