无需超级用户mpi多机运行
在之前的一篇博文中(Linux下mpi环境配置与运行步骤(Ubuntu为例) ),有讨论过怎样使用MPI在两个不同的机器上运行程序,在那篇博文中使用了超级用户权限。不幸的是。有些情况下,我们不能拥有操作系统的超级用户权限,导致我们不能改动除用户文件夹以外的文件夹。因此写这篇博文讨论怎样使用普通用户来实现mpi程序的编译和双机器运行。如果知道了如果双机器运行,多机器道理是相通的。
此文针对没有多少linux经验的读者,仅仅要你会打开终端。这个问题能够被非常好的解决。
前提
如果有两台机器,两台机器的主机名称分别为A、B,而且知道两台机器的IP(如果你不知道,请咨询管理员)。如果A机器的IP为192.168.1.5,机器B的ip为192.168.1.6。
如果在两台机器上有同一个username,为讲述方便,临时如果这个username为demo;
如果两台机器上安装了全然同样的mpi版本号。
不满足如果条件,请绕行。
步骤
完毕无需超级用户mpi程序的编译和运行。分以下几步:
1、设置两台机器上PATH。使得在两台机器上分别能够运行mpicc --version命令。
2、设置两台机器相互之间能够免password登陆。
3、运行自己的程序
1、设置两台机器上的PATH
如果你如今在A机器上,使用的是demo账户。
打开终端(Terminal),运行例如以下命令:
mpicc --version
如果上面的命令得到相似例如以下结果。直接能够去第2步:
gcc (Ubuntu 4.8.2-19ubuntu1) 4.8.2 Copyright (C) 2013 Free Software Foundation, Inc. This is free software; see the source for copying conditions. There is NO warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
如果得到相似例如以下结果,则继续。
mpicc: command not found
打开终端,运行例如以下命令
echo "export PATH=`locate mpicc | grep -v '^/home/' | grep -E '/mpicc$' | sed 's/\/mpicc$//'`:$PATH" >> ~/.bashrc
关闭终端。打开一个新的终端,再运行mpicc --version看看结果是否正确。如果还是不对,这里就临时不写此种情况下的解决方式了(穷尽全部情况太麻烦了)。
运行例如以下命令来登陆B机器(前提中如果了B机器的IP为192.168.1.6),在提示输入password的时候。输入用户的password。由于我们如果用的是demo用户,你此时要输入的是demo的password。注意password并不显示。输入完毕后,直接敲击回车就可以。
ssh demo@192.168.1.6
如果成功登陆。运行例如以下命令:
echo "export PATH=`locate mpicc | grep -v '^/home/' | grep -E '/mpicc$' | sed 's/\/mpicc$//'`:$PATH" >> ~/.bashrc
然后运行exit命令退出机器B。
2、设置两台机器之间相互无password登陆。
仍然如果如今用的是机器A(IP为192.168.1.5),打开终端,运行例如以下命令
ssh-keygen -t rsa
上面的命令在运行的时候可能要等待你的输入,不要输入不论什么内容,直接敲击回车就可以。
运行例如以下命令:
ssh demo@192.168.1.6 mkdir -p .ssh
运行上述命令后,会等待你输入demo在机器B(如果的IP为192.168.1.6)上的password。输入password后,敲击回车。
运行例如以下命令:
cat .ssh/id_rsa.pub | ssh demo@192.168.1.6 'cat >> .ssh/authorized_keys'
运行例如以下命令,以登陆B机器:
ssh demo@192.168.1.6
继续运行例如以下命令:
ssh-keygen -t rsa
遇到让输入yes或者no的地方是如yes或者y。遇到其它情况的等待输入,一律敲击回车。
cat .ssh/id_rsa.pub | ssh demo@192.168.1.5 'cat >> .ssh/authorized_keys'
最后运行例如以下命令,以推出机器B
exit
完毕上面的命令后。就能够实现demo用户在两个机器之间无password相互登陆了。
3、运行自己的程序
仍然如果你在A机器上,ip的相关如果继续保持。
将程序复制到A机器上。对于没有linux经验的读者。请特别注意你拷贝的程序在哪个文件夹下,如果你不能在终端下找到自己的程序,那么这一切你都白做了。
如果你的程序复制到了A机器的/home/demo/文件夹下,那么你打开终端之后。运行 cd ~/ 就可以进入这个文件夹。
在终端中进入源码文件夹后,如果你的程序有Makefile,直接运行make命令就可以(一般人写的makefile,这样运行会产生可运行文件的。如果不是一般人写的,请咨询写makefile的人)。
由于我们使用的两个机器是独立的,他们之间没有共享磁盘,你若要使用mpi在两个机器上运行,你必须将在A机器上生成的可运行程序复制到B机器上。
如果你不了解mpi的运行方式,请保证在两个机器上的可运行程序存放在同一个文件夹下。
为方便,你能够把程序放到用户根文件夹(~/ 就是用户根文件夹),然后再复制到B机器上。
拷贝程序的命令例如以下(如果你的程序叫main.exe)
scp ~/main.exe demo@192.168.1.6:~/
以下你要新建一个文本文件,这个文本文件第一行写A机器的IP,第二行写B机器的IP。文件名称任意。最好使用英文。
我门如果的A、B两个机器的IP各自是192.168.1.5和 192.168.1.6,所以我们的文件里能够这样写
192.168.1.5 192.168.1.6
如果我门命名这个文件为hosts,而且保存在~/文件夹下,那么我门就能够打开终端。启动我们的程序了。
cd ~/ mpiexec -f ./hosts -n 2 ./main.exe
结束语
如果你是linux新手(不知道怎么使用终端的都是新手),一定要严格运行每个命令,依照说明一步步运行。注意命令中的下划线,短线。英文点 .。大写和小写字母,/,~等。这篇博文临时写完了,剩下的就是祝你好运了。
posted on 2017-04-20 13:06 gavanwanggw 阅读(1210) 评论(0) 编辑 收藏 举报