openclinica学习遇到的问题

最近学习openclinica，第一次接触嘛，难免会遇到问题，废话不多说，先从安装入手：

openclinica官网：http://www.openclinica.com

安装的时候我是界面我的老大的博文安装的，地址是 http://blog.csdn.net/zhu_900213/article/details/35987209

以下是他写的^_^,jdk什么的大家可以下最新的

（

在下载之前先建立目录 mkdir -p /usr/local/oc/install
cd /usr/local/oc/install

OpenClinica3.2部署的环境要求：1、Tomcat 7，2、PostgreSQL8.4（本人亲测8.4以上任意版本均可）3、JDK7

所需的源文件的下载地址：

OpenClinica3.2：https://community.openclinica.com/project/openclinica

Tomcat 7：http://svn.akazaresearch.com/oc/software/OpenClinica-3.2/linux/apache-tomcat-7.0.52.tar.gz

PostgreSQL8.4： http://svn.akazaresearch.com/oc/software/OpenClinica-3.2/linux/postgresql-8.4.1-1-linux.bin

JDK7 ：http://svn.akazaresearch.com/oc/software/OpenClinica-3.2/linux/jdk-7u51-linux-i586.gz

注意：以上版本均为32位。

64位下载地址：

Tomcat 7 ：http://svn.akazaresearch.com/oc/software/OpenClinica-3.2/linux/apache-tomcat-7.0.52.tar.gz

PostgreSQL8.4：http://svn.akazaresearch.com/oc/software/OpenClinica-3.2/linux/postgresql-8.4.1-1-linux-x64.bin

JDK7：http://svn.akazaresearch.com/oc/software/OpenClinica-3.2/linux/jdk-7u51-linux-x64.gz

二、开始安装OpenClinica

2.1、安装JDK

2.1.1、首先需要进入到JDK安装程序所在的目录

cd /usr/local/oc/install

2.1.2、运行JAVA编译程序

tar -zxvf jdk-7*

2.1.3、为以后使用方便建立连接文件夹

mv jdk1* /usr/local/

ln -s /usr/local/jdk1* /usr/local/java

2.1.4、配置JAVA环境变量

vim /etc/environment

在其中加入：PATH＝"......:/usr/local/java/bin"

　　　　　　CLASSPATH=.:/usr/local/java/lib

　　　　　　JAVA_HOME=/usr/local/java

 

 

 

 

 

 

2.2、安装Tomcat

2.2.1、首先需要进入Tomcat安装程序所在的目录

cd /usr/local/oc/install

2.2.1、运行安装Tomcat

tar -zxvf apache-tomcat-*

mv apache-tomcat-* /usr/local/

ln -s /usr/local/apache-tomcat-7.0.52 /usr/local/tomcat

/usr/sbin/adduser tomcat

2.2.1、把不需要的webapps下的文件备份到其他位置

mkdir /usr/local/tomcat/oldwebapps

mv /usr/local/tomcat/webapps/* /usr/local/tomcat/oldwebapps

到此为止Tomcat安装完成

2.3、安装PostgreSQL

2.3.1、本文提供两种安装PostgreSQL的方式：

1、通过apt-get安装 apt-get install postgresql 这种方式比较简单，再次不再详述。注意，此方法安装的是postgresql的最新版本9.2。

2、通过在OpenClinica官网SVN中下载的Postgresql8.4安装

2.3.2安装PostgreSQL8.4

1、进入PostgreSQL安装文件所在目录

cd /usr/local/oc/install

2、开始安装PostgreSQL8.4

chmod a+x postgresql-8.4.*

./postgresql-8.4.* --mode text

3、在安装过程中需要进行如下选择

 

Prompt	Action
Installation Directory [/opt/PostgreSQL/8.4]	Press Enter to accept.
Data Directory [/opt/PostgreSQL/8.4/data]	Press Enter to accept.
Password	Enter a password for the PostgreSQL database superuser, then press Enter. Record the password because you will need it again in this installation.
Retype Password	Type the password again, then pressEnter.
Port [5432]	Press Enter to accept.
Please choose an option [1]	Press Enter to accept.
Install pl/pgsql in template1 database? [Y/n]	Type n, then press Enter.
Do you want to continue? [Y/n]	Press Enter to accept.
Setup has finished installing PostgreSQL on your computer. Stack Builder may be used to download and install additional tools, drivers and applications to complement your PostgreSQL installation. [Y/n]	Type n, then press Enter.

 

至此PostgreSQL8.4安装完成。

2.4、为OpenClinica建立数据库以及用户

2.4.1、建立用户clinica，密码为clinica

/opt/PostgreSQL/8.4/bin/psql -U postgres -c "CREATE ROLE clinica LOGIN ENCRYPTED PASSWORD 'clinica' SUPERUSER NOINHERIT NOCREATEDB NOCREATEROLE"

2.4.2、建立数据库openclinica，字符集为utf-8，所有者为clincia

/opt/PostgreSQL/8.4/bin/psql -U postgres -c "CREATE DATABASE openclinica WITH ENCODING='UTF8' OWNER=clinica"

2.4.3、如果需要更改clinica用户的密码，请按照以下操作进行

/opt/PostgreSQL/8.4/bin/psql -U postgres

ALTER USER clinica WITH PASSWORD 'XXXX';

XXXX填写你想要更改的密码。

\q 退出

2.5、部署OpenClinica到Tomcat

2.5.1、进入OpenClinica源文件所在目录

cd /usr/local/oc/install

2.5.2、部署OpenClinica到Tomcat

unzip OpenClinica-v.x*

cd OpenClinica-v.x*/distribution

unzip OpenClinica.war -d OpenClinica

cp -rf OpenClinica* /usr/local/tomcat/webapps

2.6、部署OpenClinica-ws到Tomcat

注意，千万不要偷懒省略部署该程序，不然导出数据集功能将不能正常使用。（当初差点折腾死我~~~哎~~~）

2.6.1、进入OpenClinica-ws源文件所在目录

cd /usr/local/oc/install

2.6.2、部署OpenClinica-ws到Tomcat

unzip OpenClinica-ws-v.x*

cd OpenClinica-ws-v.x*/distribution

unzip OpenClinica-ws.war -d OpenClinica-ws

cp -rf OpenClinica* /usr/local/tomcat/webapps

至此，OpenClinica完整的部署到Tomcat中。

2.7、Tomcat的启动与停止

启动：  /usr/local/tomcat/bin/startup.sh

停止：  /usr/local/tomcat/bin/shutdown.sh

2.8、为Tomcat做最后的准备

OpenClinica正常运行的最低内存要求为2GB，虽然官网上说低于2GB也可以，但是笔者亲测低于2GB会报内存溢出的错误。

配置Tomcat内存

编辑/usr/local/tomcat/bin/catalina.sh，在第一行加入JAVA_OPTS='-server -d64 -Xms2g -Xmx20g -XX:PermSize=1g -XX:MaxPermSize=4g -XX:-UseGCOverheadLimit'

2.9重启服务器

3.0启动Tomcat，在浏览器中输入http://localhost:8080/OpenClinica，成功看到OpenClinica欢迎界面

）

这个安装在虚拟机之后可能会很久都没显示，可能是卡的，要等待…………

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好了安装完了，之后就要用啊

首先说以下登录密码和用户名吧，他默认的用户名是root，密码是12345678，

登录之后就需要修改密码啦。之后显示的界面