09 2017 档案
摘要：导出Feature/OTU表 wget -O feature-table.qza https://data.qiime2.org/2017.7/tutorials/exporting/feature-table.qza qiime tools export \ feature-table.qza \
阅读全文
摘要：导入带质量值的测序数据 地球微生物组标准混样单端数据 “EMP protocol” multiplexed single-end fastq 此类数据标准包括两个文件，扩展名均为fastq.gz，一个是barcode文件，一个是样品混样测序文件。 # 建样品目录 mkdir -p emp-singl
阅读全文
摘要：QIIME2是微生物组分析流程QIIME(截止17.7.13被引7771次)的全新版(不是升级版)，采用python3全新编写，并于2018年1月全面接档QIIME，是代表末来的分析方法标准(大牛们制定方法标准，我们跟着用就好了)。 安装 安装方法比较简单，参照官网：https://docs.qii
阅读全文
摘要：GEO数据库 GEO数据库隶属于NCBI，是最大最全面的基因表达数据库，主要是芯片和转录组测序数据。除储存数据外，也提供一些数据挖掘工具，因此利用好这个数据库，没有实验，没有自己的数据也能发好文章！ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ SRA文件的存放 从NCNI的这
阅读全文
摘要：(green) short pairwise alignment / detailed edit model; (yellow) database search / divergent homology detection; (red) whole genome alignment / alignm
阅读全文
摘要：一般情况下，从Illumina平台上得到的测序，其数据格式是Fastq格式，可以称之为原始数据（Raw data）。事实上直接的下机数据是显微拍摄得到的图像信息。但是一般都会用Bcl2Fastq软件将图像信息转化成Fastq文件。 如果测序是SE：则只有一个fastq文件，如果是PE测序，则得到两个
阅读全文
摘要：用途说明 在执行Linux命令时，我们可以把输出重定向到文件中，比如 ls >a.txt，这时我们就不能看到输出了，如果我们既想把输出保存到文件中，又想在屏幕上看到输出内容，就可以使用tee命令了。tee命令读取标准输入，把这些内容同时输出到标准输出和（多个）文件中。要注意的是：在使用管道线时，前一
阅读全文
