随笔分类 - Linux
摘要：用途说明 在执行Linux命令时，我们可以把输出重定向到文件中，比如 ls >a.txt，这时我们就不能看到输出了，如果我们既想把输出保存到文件中，又想在屏幕上看到输出内容，就可以使用tee命令了。tee命令读取标准输入，把这些内容同时输出到标准输出和（多个）文件中。要注意的是：在使用管道线时，前一
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摘要：文件排序 seq: 产生一系列的数字; man seq查看其具体使用。我们这使用seq产生下游分析所用到的输入文件。 # 产生从1到10的数，步长为1 $ seq 1 10 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 # 产生从1到10的数，步长为1，用空格分割 $ seq -s ' ' 1 10 1
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摘要：命令或文件名自动补全：在输入命令或文件名的前几个字母后，按Tab键，系统会自动补全或提示补全 上下箭头：使用上下箭头可以回溯之前的命令，增加命令的重用，减少输入工作量 !加之前输入过的命令的前几个字母，快速获取前面的命令 $ cut -f 1 -d ' ' ehbio.fa | tail -n 4
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摘要：监测命令的运行时间 time command $ time sleep 5 real 0m5.003s # 程序开始至结束的时间，包括其它进程占用的时间片和IO时间 user 0m0.001s # 进程真正执行占用CPU的时间 sys 0m0.002s # 进程在内核中调用所消耗的CPU时间 use
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摘要：通俗的讲，环境变量就是告诉电脑 (实际是操作系统)几个目录。这几个目录下存储几个执行文件，如前面显示的/usr/bin目录，大部分的系统命令都在这个目录下。 当我们输入命令mkdir时，系统就会在环境变量所代表的几个目录从前到后去查找，哪个里面有mkdir文件，然后去执行mkdir命令。 系统中环境
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摘要：# 下载最新版QIIME 2 docker pull qiime2/core:2017.7 # 测试是否安装成功 docker run -t -i -v $(pwd):/mnt/hgfs/2017 qiime2/core:2017.7 qiime # 启动docker命令行，挂载目录至/mnt/hg
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摘要：lsb_release 提示： No LSB modules are available 执行： sudo apt-get install lsb-core
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摘要：创建两个 shell 脚本文件。 test1.sh 代码如下： #!/bin/bash url="http://www.cnblogs.com/freescience" test2.sh 代码如下： #!/bin/bash #使用 . 号来引用test1.sh 文件 . ./test1.sh # 或
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摘要：打开自带Firefox浏览器，显示连接不上网，终端下 ping 也显示 unkown 解决方法： 1.打开虚拟机的“编辑”选项，选择“虚拟网络编辑器” 2.选择VMnet8（我不知道为啥VMnet8这么神奇，要是新建其他号还不行，暂且不管），点击右下角“更改设置” 3.同时打开 Windows下面的
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摘要：输出重定向 重定向一般通过在命令间插入特定的符号来实现。特别的，这些符号的语法如下所示 command1 >file1 上面这个命令执行command1然后将输出的内容存入file1。 注意任何file1内的已经存在的内容将被新内容替代。如果要将新内容添加在文件末尾，请使用>>操作符。 实例 执行下
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摘要：下面的例子定义了一个函数并进行调用： #!/bin/bash demoFun(){ echo "这是我的第一个 shell 函数!" } echo " 函数开始执行 " demoFun echo " 函数执行完毕 " 输出结果： 函数开始执行 这是我的第一个 shell 函数! 函数执行完毕 下面定
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摘要：和Java、PHP等语言不一样，sh的流程控制不可为空 if else if 语句语法格式： if condition then command1 command2 ... commandN fi 写成一行（适用于终端命令提示符）： if [ $(ps -ef | grep -c "ssh") -g
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摘要：Shell 的另一个输出命令 printf。默认 printf 不会像 echo 自动添加换行符，我们可以手动添加 \n。 #!/bin/bash printf "%-10s %-8s %-4s\n" 姓名 性别 体重kg printf "%-10s %-8s %-4.2f\n" 郭靖 男 66.1
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摘要：Shell中的 test 命令用于检查某个条件是否成立，它可以进行数值、字符和文件三个方面的测试 num1=100 num2=100 if test $[num1] -eq $[num2] then echo '两个数相等！' else echo '两个数不相等！' fi 输出结果： 两个数相等！
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摘要：显示变量 read 命令从标准输入中读取一行，并把输入行的每个字段的值指定给 shell 变量 #!/bin/sh read name echo "$name It is a test" 以上代码保存为 test.sh，name 接收标准输入的变量，结果将是： [root@www ~]# sh te
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摘要：原生bash不支持简单的数学运算，但是可以通过其他命令来实现，例如 awk 和 expr，expr 最常用。 expr 是一款表达式计算工具，使用它能完成表达式的求值操作。 例如，两个数相加(注意使用的是反引号 ` 而不是单引号 ')： #!/bin/bash val=`expr 2 + 2` ec
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摘要：我们可以在执行 Shell 脚本时，向脚本传递参数，脚本内获取参数的格式为：$n。n 代表一个数字，1 为执行脚本的第一个参数，2 为执行脚本的第二个参数，以此类推…… 以下实例我们向脚本传递三个参数，并分别输出，其中 $0 为执行的文件名： #!/bin/bash echo "Shell 传递参数
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摘要：第一个shell脚本 #! 是一个约定的标记，它告诉系统这个脚本需要什么解释器来执行，即使用哪一种 Shell 将上面的代码保存为 test.sh，并 cd 到相应目录 Shell 变量 除了显式地直接赋值，还可以用语句给变量赋值，如： 以上语句将 /etc 下目录的文件名循环出来 使用一个定义过的
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摘要：1、下载fastqc 2、解压 3、 给予执行权限，否则执行的时候会显示没有权限 cd FastQCchmod 755 fastqc 4、加入到PATH export PATH=/home/h/FastQC/:$PATH 4、加入到PATH 5、测试 fastqc --help 5、测试 使用例子
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摘要：1.创建一个本地项目，比如/d/text文件夹 2.建立本地仓库 首先进入text文件夹 初始化执行指令： 将所有文件添加到仓库执行指令： 执行指令（双引号内是提交注释）： git commit -m "提交文件" 执行指令（双引号内是提交注释）： 3.关联github仓库 到github text
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