转录组（六）：reads计数

排序&转换

#按name排序
#for i in `seq 56 62`;do samtools sort -n ../SRR35899${i}.bam -o SRR35899${i}_nsort.bam;done

#转换为sam文件
for i in `seq 56 62`;do samtools view -h SRR35899${i}_nsort.bam > SRR35899${i}_count.sam;done

我比较了下比对玩的bam和这里的bam的顺序，有小的差别。

reads计数

for i in `seq 59 62`;do htseq-count ~/rna_seq_AKAP95/data/rna_seq_test/aligned/SRR35899${i}_count.sam ~/rna_seq_AKAP95/data/reference/genome/mm10/gencode.vM10.annotation.gtf > SRR35899${i}.matrix;done

用法
htseq-count [options] alignment_file gff_file

由于reads较少，所以count上的reads很少。
参考
http://www.biotrainee.com/thread-1747-1-1.html

https://www.jianshu.com/p/24cf44b610a7