pandas数据规整:聚合、合并和重塑

在许多应用中,数据可能分散在许多文件或数据库中,存储的形式也不利于分析。本章关注可以聚合、合并、重塑数据的方法。
首先,我会介绍pandas的层次化索引,它广泛用于以上操作。然后,我深入介绍了一些特殊的数据操作。在第14章,你可以看到这些工具的多种应用。

层次化索引

层次化索引(hierarchical indexing)是pandas的一项重要功能,它使你能在一个轴上拥有多个(两个以上)索引级别。抽象点说,它使你能以低维度形式处理高维度数据。我们先来看一个简单的例子:创建一个Series,并用一个由列表或数组组成的列表作为索引:

import pandas as pd

data = pd.Series(np.random.randn(9),
                   index=[['a', 'a', 'a', 'b', 'b', 'c', 'c', 'd', 'd'],
                           [1, 2, 3, 1, 3, 1, 2, 2, 3]])
data
a  1   -1.631597
   2    0.565528
   3    1.349319
b  1   -0.364927
   3   -0.069814
c  1    0.866054
   2   -0.007507
d  2   -1.166422
   3   -1.620899
dtype: float64

看到的结果是经过美化的带有MultiIndex索引的Series的格式。索引之间的“间隔”表示“直接使用上面的标签”:

data.index
MultiIndex(levels=[['a', 'b', 'c', 'd'], [1, 2, 3]],
           labels=[[0, 0, 0, 1, 1, 2, 2, 3, 3], [0, 1, 2, 0, 2, 0, 1, 1, 2]])

对于一个层次化索引的对象,可以使用所谓的部分索引,使用它选取数据子集的操作更简单:

data['b']
1   -0.364927
3   -0.069814
dtype: float64
data['b':'c']
b  1   -0.364927
   3   -0.069814
c  1    0.866054
   2   -0.007507
dtype: float64
data.loc[['b', 'd']]

b  1   -0.364927
   3   -0.069814
d  2   -1.166422
   3   -1.620899
dtype: float64

有时甚至还可以在“内层”中进行选取

data.loc["a",2]
0.5655279622354669
data.loc[:, 2]
a    0.565528
c   -0.007507
d   -1.166422
dtype: float64

层次化索引在数据重塑和基于分组的操作(如透视表生成)中扮演着重要的角色。例如,可以通过unstack方法将这段数据重新安排到一个DataFrame中:

data.unstack()
 
 123
a -1.631597 0.565528 1.349319
b -0.364927 NaN -0.069814
c 0.866054 -0.007507 NaN
d NaN -1.166422 -1.620899

unstack的逆运算是stack:

data.unstack().stack()

a  1   -1.631597
   2    0.565528
   3    1.349319
b  1   -0.364927
   3   -0.069814
c  1    0.866054
   2   -0.007507
d  2   -1.166422
   3   -1.620899
dtype: float64

stack和unstack将在本章后面详细讲解。

对于一个DataFrame,每条轴都可以有分层索引

frame = pd.DataFrame(np.arange(12).reshape((4, 3)),
                        index=[['a', 'a', 'b', 'b'], [1, 2, 1, 2]],
                         columns=[['Ohio', 'Ohio', 'Colorado'],
                                 ['Green', 'Red', 'Green']])
frame
 
  OhioColorado
  GreenRedGreen
a1 0 1 2
2 3 4 5
b1 6 7 8
2 9 10 11

各层都可以有名字(可以是字符串,也可以是别的Python对象)。如果指定了名称,它们就会显示在控制台输出中:

frame.index.names = ['key1', 'key2']
frame.columns.names = ['state', 'color']
frame
 
 stateOhioColorado
 colorGreenRedGreen
key1key2   
a1 0 1 2
2 3 4 5
b1 6 7 8
2 9 10 11

注意:小心区分索引名state、color与行标签。

有了部分列索引,因此可以轻松选取列分组

frame['Ohio']
 
 colorGreenRed
key1key2  
a1 0 1
2 3 4
b1 6 7
2 9 10

可以单独创建MultiIndex然后复用。上面那个DataFrame中的(带有分级名称)列可以这样创建:

m_index1 = pd.MultiIndex.from_arrays([['Ohio', 'Ohio', 'Colorado'], ['Green', 'Red', 'Green']],
                       names=['state', 'color'])
m_index1
MultiIndex(levels=[['Colorado', 'Ohio'], ['Green', 'Red']],
           labels=[[1, 1, 0], [0, 1, 0]],
           names=['state', 'color'])
df1=pd.DataFrame(np.arange(12).reshape(4,3),columns=m_index1)
df1
 
stateOhioColorado
colorGreenRedGreen
0 0 1 2
1 3 4 5
2 6 7 8
3 9 10 11

重排与分级排序

有时,你需要重新调整某条轴上各级别的顺序,或根据指定级别上的值对数据进行排序。swaplevel接受两个级别编号或名称,并返回一个互换了级别的新对象(但数据不会发生变化):

frame
 
 stateOhioColorado
 colorGreenRedGreen
key1key2   
a1 0 1 2
2 3 4 5
b1 6 7 8
2 9 10 11
frame.swaplevel('key1', 'key2')
 
 stateOhioColorado
 colorGreenRedGreen
key2key1   
1a 0 1 2
2a 3 4 5
1b 6 7 8
2b 9 10 11

而sort_index则根据单个级别中的值对数据进行排序。交换级别时,常常也会用到sort_index,这样最终结果就是按照指定顺序进行字母排序了:

frame.sort_index(level=1)
 
 stateOhioColorado
 colorGreenRedGreen
key1key2   
a1 0 1 2
b1 6 7 8
a2 3 4 5
b2 9 10 11
frame.swaplevel(0, 1).sort_index(level=0)
 
 stateOhioColorado
 colorGreenRedGreen
key2key1   
1a 0 1 2
b 6 7 8
2a 3 4 5
b 9 10 11

根据级别汇总统计

许多对DataFrame和Series的描述和汇总统计都有一个level选项,它用于指定在某条轴上求和的级别。再以上面那个DataFrame为例,我们可以根据行或列上的级别来进行求和:

frame.sum(level='key2')
 
stateOhioColorado
colorGreenRedGreen
key2   
1 6 8 10
2 12 14 16
frame.sum(level='color', axis=1)
 
 colorGreenRed
key1key2  
a1 2 1
2 8 4
b1 14 7
2 20 10

这其实是利用了pandas的groupby功能,本书稍后将对其进行详细讲解。

使用DataFrame的列进行索引

人们经常想要将DataFrame的一个或多个列当做行索引来用,或者可能希望将行索引变成DataFrame的列。以下面这个DataFrame为例:

frame = pd.DataFrame({'a': range(7), 'b': range(7, 0, -1),
                        'c': ['one', 'one', 'one', 'two', 'two',
                                'two', 'two'],
                         'd': [0, 1, 2, 0, 1, 2, 3]})
    
frame   
 
 abcd
0 0 7 one 0
1 1 6 one 1
2 2 5 one 2
3 3 4 two 0
4 4 3 two 1
5 5 2 two 2
6 6 1 two 3

DataFrame的set_index函数会将其一个或多个列转换为行索引,并创建一个新的DataFrame:

frame2 = frame.set_index(['c', 'd'])

frame2
 
  ab
cd  
one0 0 7
1 1 6
2 2 5
two0 3 4
1 4 3
2 5 2
3 6 1

默认情况下,那些列会从DataFrame中移除,但也可以将其保留下来:

frame.set_index(['c', 'd'], drop=False)
 
  abcd
cd    
one0 0 7 one 0
1 1 6 one 1
2 2 5 one 2
two0 3 4 two 0
1 4 3 two 1
2 5 2 two 2
3 6 1 two 3

reset_index的功能跟set_index刚好相反,层次化索引的级别会被转移到列里面:

frame2.reset_index()
 
 cdab
0 one 0 0 7
1 one 1 1 6
2 one 2 2 5
3 two 0 3 4
4 two 1 4 3
5 two 2 5 2
6 two 3 6 1

合并数据集

pandas对象中的数据可以通过一些方式进行合并:

  • pandas.merge可根据一个或多个键将不同DataFrame中的行连接起来。SQL或其他关系型数据库的用户对此应该会比较熟悉,因为它实现的就是数据库的join操作。

  • pandas.concat可以沿着一条轴将多个对象堆叠到一起。

  • 实例方法combine_first可以将重复数据拼接在一起,用一个对象中的值填充另一个对象中的缺失值。

我将分别对它们进行讲解,并给出一些例子。本书剩余部分的示例中将经常用到它们。

数据库风格的DataFrame合并

数据集的合并(merge)或连接(join)运算是通过一个或多个键将行连接起来的。这些运算是关系型数据库(基于SQL)的核心。pandas的merge函数是对数据应用这些算法的主要切入点。

以一个简单的例子开始:

df1 = pd.DataFrame({'key': ['b', 'b', 'a', 'c', 'a', 'a', 'b'],
                    'data1': range(7)})
    
df2 = pd.DataFrame({'key': ['a', 'b', 'd'],
                  'data2': range(3)})


df1
 
 keydata1
0 b 0
1 b 1
2 a 2
3 c 3
4 a 4
5 a 5
6 b 6
df2
 
 keydata2
0 a 0
1 b 1
2 d 2

这是一种多对一的合并。df1中的数据有多个被标记为a和b的行,而df2中key列的每个值则仅对应一行。对这些对象调用merge即可得到

pd.merge(df1, df2)
 
 keydata1data2
0 b 0 1
1 b 1 1
2 b 6 1
3 a 2 0
4 a 4 0
5 a 5 0

注意,我并没有指明要用哪个列进行连接。如果没有指定,merge就会将重叠列的列名当做键。不过,最好明确指定一下:

pd.merge(df1, df2, on='key')
 
 keydata1data2
0 b 0 1
1 b 1 1
2 b 6 1
3 a 2 0
4 a 4 0
5 a 5 0

如果两个对象的列名不同,也可以分别进行指定:

df3 = pd.DataFrame({'lkey': ['b', 'b', 'a', 'c', 'a', 'a', 'b'],
                   'data1': range(7)})

df4 = pd.DataFrame({'rkey': ['a', 'b', 'd'],
                  'data2': range(3)})
pd.merge(df3, df4, left_on='lkey', right_on='rkey')
 
 lkeydata1rkeydata2
0 b 0 b 1
1 b 1 b 1
2 b 6 b 1
3 a 2 a 0
4 a 4 a 0
5 a 5 a 0

可能你已经注意到了,结果里面c和d以及与之相关的数据消失了。默认情况下,merge做的是“内连接”;结果中的键是交集。其他方式还有"left"、“right"以及"outer”。外连接求取的是键的并集,组合了左连接和右连接的效果:

pd.merge(df1, df2, how='outer')
 
 keydata1data2
0 b 0.0 1.0
1 b 1.0 1.0
2 b 6.0 1.0
3 a 2.0 0.0
4 a 4.0 0.0
5 a 5.0 0.0
6 c 3.0 NaN
7 d NaN 2.0

这些选项进行了总结。

选项说明
inner 使用两个表都有的键
left 使用左表中所有的键
right 使用右表中所有的键
outer 使用两个表中所有的键

多对多的合并有些不直观。看下面的例子:

df1 = pd.DataFrame({'key': ['b', 'b', 'a', 'c', 'a', 'b'],
                    'data1': range(6)})


df2 = pd.DataFrame({'key': ['a', 'b', 'a', 'b', 'd'],
                  'data2': range(5)})
df1
 
 keydata1
0 b 0
1 b 1
2 a 2
3 c 3
4 a 4
5 b 5
df2
 
 keydata2
0 a 0
1 b 1
2 a 2
3 b 3
4 d 4
pd.merge(df1, df2, on='key', how='left')
 
 keydata1data2
0 b 0 1.0
1 b 0 3.0
2 b 1 1.0
3 b 1 3.0
4 a 2 0.0
5 a 2 2.0
6 c 3 NaN
7 a 4 0.0
8 a 4 2.0
9 b 5 1.0
10 b 5 3.0

多对多连接产生的是行的笛卡尔积。由于左边的DataFrame有3个"b"行,右边的有2个,所以最终结果中就有6个"b"行。连接方式只影响出现在结果中的不同的键的值:

pd.merge(df1, df2, how='inner')
 
 keydata1data2
0 b 0 1
1 b 0 3
2 b 1 1
3 b 1 3
4 b 5 1
5 b 5 3
6 a 2 0
7 a 2 2
8 a 4 0
9 a 4 2

要根据多个键进行合并,传入一个由列名组成的列表即可

left = pd.DataFrame({'key1': ['foo', 'foo', 'bar'],
                     'key2': ['one', 'two', 'one'],
                      'lval': [1, 2, 3]})

right = pd.DataFrame({'key1': ['foo', 'foo', 'bar', 'bar'],
                         'key2': ['one', 'one', 'one', 'two'],
                          'rval': [4, 5, 6, 7]})


left
 
 key1key2lval
0 foo one 1
1 foo two 2
2 bar one 3
right
 
 key1key2rval
0 foo one 4
1 foo one 5
2 bar one 6
3 bar two 7
pd.merge(left, right, on=['key1', 'key2'], how='outer')
 
 key1key2lvalrval
0 foo one 1.0 4.0
1 foo one 1.0 5.0
2 foo two 2.0 NaN
3 bar one 3.0 6.0
4 bar two NaN 7.0

结果中会出现哪些键组合取决于所选的合并方式,你可以这样来理解:多个键形成一系列元组,并将其当做单个连接键(当然,实际上并不是这么回事)。

注意:在进行列-列连接时,DataFrame对象中的索引会被丢弃。

对于合并运算需要考虑的最后一个问题是对重复列名的处理。虽然你可以手工处理列名重叠的问题(查看前面介绍的重命名轴标签),但merge有一个更实用的suffixes选项,用于指定附加到左右两个DataFrame对象的重叠列名上的字符串:

pd.merge(left, right, on='key1')
 
 key1key2_xlvalkey2_yrval
0 foo one 1 one 4
1 foo one 1 one 5
2 foo two 2 one 4
3 foo two 2 one 5
4 bar one 3 one 6
5 bar one 3 two 7
pd.merge(left, right, on='key1', suffixes=('_left', '_right'))
 
 key1key2_leftlvalkey2_rightrval
0 foo one 1 one 4
1 foo one 1 one 5
2 foo two 2 one 4
3 foo two 2 one 5
4 bar one 3 one 6
5 bar one 3 two 7

merge的参数请参见表。使用DataFrame的行索引合并是下一节的主题。

参数说明
left 参与合并的左侧DataFrame
right 参与合并的右侧DataFrame
how “inner”,“outer”.“left”,“right"其中之一,默认"inner”
on 用于连接的列名。必须存在于左右两个DataFrame对象中。如果未指定,则以left和right列名的交集作为连接键
left_on 左侧DtatFrame中用作连接键的列
right_on 右侧DtatFrame中用作连接键的列
left_index 左侧的行索引用作其连接键
right_index 类似于left_index
sort 根据连接键对合并后的数据进行排序,默认True,有时在处理大数集时,禁用该选项可获得更好的性能
suffixes 字符串值元组,用于追加到重叠列名的末尾
copy 设置为False,可以在某些特殊情况下避免将数据复制到结果数组中。默认总是复制

indicator 添加特殊的列_merge,它可以指明每个行的来源,它的值有left_only、right_only或both,根据每行的合并数据的来源。

索引上的合并

有时候,DataFrame中的连接键位于其索引中。在这种情况下,你可以传入left_index=True或right_index=True(或两个都传)以说明索引应该被用作连接键:

left1 = pd.DataFrame({'key': ['a', 'b', 'a', 'a', 'b', 'c'],
                         'value': range(6)})

right1 = pd.DataFrame({'group_val': [3.5, 7]}, index=['a', 'b'])
left1
 
 keyvalue
0 a 0
1 b 1
2 a 2
3 a 3
4 b 4
5 c 5
right1
 
 group_val
a 3.5
b 7.0
pd.merge(left1, right1, left_on='key', right_index=True)
 
 keyvaluegroup_val
0 a 0 3.5
2 a 2 3.5
3 a 3 3.5
1 b 1 7.0
4 b 4 7.0

由于默认的merge方法是求取连接键的交集,因此你可以通过外连接的方式得到它们的并集:

pd.merge(left1, right1, left_on='key', right_index=True, how='outer')
 
 keyvaluegroup_val
0 a 0 3.5
2 a 2 3.5
3 a 3 3.5
1 b 1 7.0
4 b 4 7.0
5 c 5 NaN

对于层次化索引的数据,事情就有点复杂了,因为索引的合并默认是多键合并:

lefth = pd.DataFrame({'key1': ['Ohio', 'Ohio', 'Ohio',
                                 'Nevada', 'Nevada'],
                      'key2': [2000, 2001, 2002, 2001, 2002],
                      'data': np.arange(5.)})


righth = pd.DataFrame(np.arange(12).reshape((6, 2)),
                        index=[['Nevada', 'Nevada', 'Ohio', 'Ohio',
                                 'Ohio', 'Ohio'],
                               [2001, 2000, 2000, 2000, 2001, 2002]],
                        columns=['event1', 'event2'])
lefth
 
 key1key2data
0 Ohio 2000 0.0
1 Ohio 2001 1.0
2 Ohio 2002 2.0
3 Nevada 2001 3.0
4 Nevada 2002 4.0
righth
 
  event1event2
Nevada2001 0 1
2000 2 3
Ohio2000 4 5
2000 6 7
2001 8 9
2002 10 11

这种情况下,你必须以列表的形式指明用作合并键的多个列(注意用how='outer’对重复索引值的处理):

 pd.merge(lefth, righth, left_on=['key1', 'key2'], right_index=True)
 
 key1key2dataevent1event2
0 Ohio 2000 0.0 4 5
0 Ohio 2000 0.0 6 7
1 Ohio 2001 1.0 8 9
2 Ohio 2002 2.0 10 11
3 Nevada 2001 3.0 0 1
 pd.merge(lefth, righth, left_on=['key1', 'key2'],
          right_index=True, how='outer')
 
 key1key2dataevent1event2
0 Ohio 2000 0.0 4.0 5.0
0 Ohio 2000 0.0 6.0 7.0
1 Ohio 2001 1.0 8.0 9.0
2 Ohio 2002 2.0 10.0 11.0
3 Nevada 2001 3.0 0.0 1.0
4 Nevada 2002 4.0 NaN NaN
4 Nevada 2000 NaN 2.0 3.0

同时使用合并双方的索引也没问题:

left2 = pd.DataFrame([[1., 2.], [3., 4.], [5., 6.]],
                         index=['a', 'c', 'e'],
                        columns=['Ohio', 'Nevada'])
right2 = pd.DataFrame([[7., 8.], [9., 10.], [11., 12.], [13, 14]],
                       index=['b', 'c', 'd', 'e'],
                         columns=['Missouri', 'Alabama'])
left2
 
 OhioNevada
a 1.0 2.0
c 3.0 4.0
e 5.0 6.0
right2
 
 MissouriAlabama
b 7.0 8.0
c 9.0 10.0
d 11.0 12.0
e 13.0 14.0
pd.merge(left2, right2, how='outer', left_index=True, right_index=True)
 
 OhioNevadaMissouriAlabama
a 1.0 2.0 NaN NaN
b NaN NaN 7.0 8.0
c 3.0 4.0 9.0 10.0
d NaN NaN 11.0 12.0
e 5.0 6.0 13.0 14.0

DataFrame还有一个便捷的join实例方法,它能更为方便地实现按索引合并。它还可用于合并多个带有相同或相似索引的DataFrame对象,但要求没有重叠的列。在上面那个例子中,我们可以编写:

left2.join(right2, how='outer')
 
 OhioNevadaMissouriAlabama
a 1.0 2.0 NaN NaN
b NaN NaN 7.0 8.0
c 3.0 4.0 9.0 10.0
d NaN NaN 11.0 12.0
e 5.0 6.0 13.0 14.0

因为一些历史版本的遗留原因,DataFrame的join方法默认使用的是左连接,保留左边表的行索引。它还支持在调用的DataFrame的列上,连接传递的DataFrame索引:

left1.join(right1, on='key')
 
 keyvaluegroup_val
0 a 0 3.5
1 b 1 7.0
2 a 2 3.5
3 a 3 3.5
4 b 4 7.0
5 c 5 NaN

最后,对于简单的索引合并,你还可以向join传入一组DataFrame,下一节会介绍更为通用的concat函数,也能实现此功能:

another = pd.DataFrame([[7., 8.], [9., 10.], [11., 12.], [16., 17.]],
                           index=['a', 'c', 'e', 'f'],
                         columns=['New York',
'Oregon'])

another
 
 New YorkOregon
a 7.0 8.0
c 9.0 10.0
e 11.0 12.0
f 16.0 17.0
left2.join([right2, another])
 
 OhioNevadaMissouriAlabamaNew YorkOregon
a 1.0 2.0 NaN NaN 7.0 8.0
c 3.0 4.0 9.0 10.0 9.0 10.0
e 5.0 6.0 13.0 14.0 11.0 12.0
left2.join([right2, another], how='outer')
/root/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/pandas/core/frame.py:6369: FutureWarning: Sorting because non-concatenation axis is not aligned. A future version
of pandas will change to not sort by default.

To accept the future behavior, pass 'sort=False'.

To retain the current behavior and silence the warning, pass 'sort=True'.

  verify_integrity=True)
 
 OhioNevadaMissouriAlabamaNew YorkOregon
a 1.0 2.0 NaN NaN 7.0 8.0
b NaN NaN 7.0 8.0 NaN NaN
c 3.0 4.0 9.0 10.0 9.0 10.0
d NaN NaN 11.0 12.0 NaN NaN
e 5.0 6.0 13.0 14.0 11.0 12.0
f NaN NaN NaN NaN 16.0 17.0

轴向连接

另一种数据合并运算也被称作连接(concatenation)、绑定(binding)或堆叠(stacking)。NumPy的concatenation函数可以用NumPy数组来做:

arr = np.arange(12).reshape((3, 4))
arr
array([[ 0,  1,  2,  3],
       [ 4,  5,  6,  7],
       [ 8,  9, 10, 11]])
np.concatenate([arr, arr], axis=1)
array([[ 0,  1,  2,  3,  0,  1,  2,  3],
       [ 4,  5,  6,  7,  4,  5,  6,  7],
       [ 8,  9, 10, 11,  8,  9, 10, 11]])

对于pandas对象(如Series和DataFrame),带有标签的轴使你能够进一步推广数组的连接运算。具体点说,你还需要考虑以下这些东西:

  • 如果对象在其它轴上的索引不同,我们应该合并这些轴的不同元素还是只使用交集?
  • 连接的数据集是否需要在结果对象中可识别?
  • 连接轴中保存的数据是否需要保留?许多情况下,DataFrame默认的整数标签最好在连接时删掉。

pandas的concat函数提供了一种能够解决这些问题的可靠方式。我将给出一些例子来讲解其使用方式。假设有三个没有重叠索引的Series:

s1 = pd.Series([0, 1], index=['a', 'b'])

s2 = pd.Series([2, 3, 4], index=['c', 'd', 'e'])

s3 = pd.Series([5, 6], index=['f', 'g'])

对这些对象调用concat可以将值和索引粘合在一起:

pd.concat([s1, s2, s3])
a    0
b    1
c    2
d    3
e    4
f    5
g    6
dtype: int64

默认情况下,concat是在axis=0上工作的,最终产生一个新的Series。如果传入axis=1,则结果就会变成一个DataFrame(axis=1是列):

pd.concat([s1, s2, s3], axis=1)
/root/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/ipykernel_launcher.py:1: FutureWarning: Sorting because non-concatenation axis is not aligned. A future version
of pandas will change to not sort by default.

To accept the future behavior, pass 'sort=False'.

To retain the current behavior and silence the warning, pass 'sort=True'.

  """Entry point for launching an IPython kernel.
 
 012
a 0.0 NaN NaN
b 1.0 NaN NaN
c NaN 2.0 NaN
d NaN 3.0 NaN
e NaN 4.0 NaN
f NaN NaN 5.0
g NaN NaN 6.0

这种情况下,另外的轴上没有重叠,从索引的有序并集(外连接)上就可以看出来。传入join='inner’即可得到它们的交集:

s4 = pd.concat([s1, s3])
s4
a    0
b    1
f    5
g    6
dtype: int64
pd.concat([s1, s4], axis=1)
/root/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/ipykernel_launcher.py:1: FutureWarning: Sorting because non-concatenation axis is not aligned. A future version
of pandas will change to not sort by default.

To accept the future behavior, pass 'sort=False'.

To retain the current behavior and silence the warning, pass 'sort=True'.

  """Entry point for launching an IPython kernel.
 
 01
a 0.0 0
b 1.0 1
f NaN 5
g NaN 6
pd.concat([s1, s4], axis=1, join='inner')
 
 01
a 0 0
b 1 1

在这个例子中,f和g标签消失了,是因为使用的是join='inner’选项。

你可以通过join_axes指定要在其它轴上使用的索引:

pd.concat([s1, s4], axis=1, join_axes=[['a', 'c', 'b', 'e']])
 
 01
a 0.0 0.0
c NaN NaN
b 1.0 1.0
e NaN NaN

不过有个问题,参与连接的片段在结果中区分不开。假设你想要在连接轴上创建一个层次化索引。使用keys参数即可达到这个目的:

result = pd.concat([s1, s1, s3], keys=['one','two', 'three'])
result
one    a    0
       b    1
two    a    0
       b    1
three  f    5
       g    6
dtype: int64
result.unstack()
 
 abfg
one 0.0 1.0 NaN NaN
two 0.0 1.0 NaN NaN
three NaN NaN 5.0 6.0

如果沿着axis=1对Series进行合并,则keys就会成为DataFrame的列头:

pd.concat([s1, s2, s3], axis=1, keys=['one','two', 'three'])
/root/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/ipykernel_launcher.py:1: FutureWarning: Sorting because non-concatenation axis is not aligned. A future version
of pandas will change to not sort by default.

To accept the future behavior, pass 'sort=False'.

To retain the current behavior and silence the warning, pass 'sort=True'.

  """Entry point for launching an IPython kernel.
 
 onetwothree
a 0.0 NaN NaN
b 1.0 NaN NaN
c NaN 2.0 NaN
d NaN 3.0 NaN
e NaN 4.0 NaN
f NaN NaN 5.0
g NaN NaN 6.0

同样的逻辑也适用于DataFrame对象:

df1 = pd.DataFrame(np.arange(6).reshape(3, 2), index=['a', 'b', 'c'],
                    columns=['one', 'two'])


df2 = pd.DataFrame(5 + np.arange(4).reshape(2, 2), index=['a', 'c'],
                       columns=['three', 'four'])

df1
 
 onetwo
a 0 1
b 2 3
c 4 5
df2
 
 threefour
a 5 6
c 7 8
pd.concat([df1, df2], axis=1, keys=['level1', 'level2'])
/root/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/ipykernel_launcher.py:1: FutureWarning: Sorting because non-concatenation axis is not aligned. A future version
of pandas will change to not sort by default.

To accept the future behavior, pass 'sort=False'.

To retain the current behavior and silence the warning, pass 'sort=True'.

  """Entry point for launching an IPython kernel.
 
 level1level2
 onetwothreefour
a 0 1 5.0 6.0
b 2 3 NaN NaN
c 4 5 7.0 8.0

如果传入的不是列表而是一个字典,则字典的键就会被当做keys选项的值:

pd.concat({'level1': df1, 'level2': df2}, axis=1)
/root/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/ipykernel_launcher.py:1: FutureWarning: Sorting because non-concatenation axis is not aligned. A future version
of pandas will change to not sort by default.

To accept the future behavior, pass 'sort=False'.

To retain the current behavior and silence the warning, pass 'sort=True'.

  """Entry point for launching an IPython kernel.
 
 level1level2
 onetwothreefour
a 0 1 5.0 6.0
b 2 3 NaN NaN
c 4 5 7.0 8.0

此外还有两个用于管理层次化索引创建方式的参数(参见表)。举个例子,我们可以用names参数命名创建的轴级别:

pd.concat([df1, df2], axis=1, keys=['level1', 'level2'],
            names=['upper', 'lower'])
/root/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/ipykernel_launcher.py:2: FutureWarning: Sorting because non-concatenation axis is not aligned. A future version
of pandas will change to not sort by default.

To accept the future behavior, pass 'sort=False'.

To retain the current behavior and silence the warning, pass 'sort=True'.
 
upperlevel1level2
loweronetwothreefour
a 0 1 5.0 6.0
b 2 3 NaN NaN
c 4 5 7.0 8.0

最后一个关于DataFrame的问题是,DataFrame的行索引不包含任何相关数据:

df1 = pd.DataFrame(np.random.randn(3, 4), columns=['a', 'b', 'c', 'd'])


df2 = pd.DataFrame(np.random.randn(2, 3), columns=['b', 'd', 'a'])

df1
 
 abcd
0 0.177684 -0.333667 0.845828 2.385357
1 -1.223687 1.056661 0.900190 0.144737
2 0.004082 0.694430 -0.314125 2.032626
df2
 
 bda
0 1.083106 1.116694 -0.413869
1 -0.671038 0.892496 0.414917

在这种情况下,传入ignore_index=True即可:

pd.concat([df1, df2], ignore_index=True, sort=False)
 
 abcd
0 0.177684 -0.333667 0.845828 2.385357
1 -1.223687 1.056661 0.900190 0.144737
2 0.004082 0.694430 -0.314125 2.032626
3 -0.413869 1.083106 NaN 1.116694
4 0.414917 -0.671038 NaN 0.892496

concat函数的参数

参数说明
objs 参与连接的pandas对象的列表或字典。唯一必需的参数
axis 指明连接的轴向,默认0
join inner,outer其中之一,默认是outer。指明其他轴上的索引是按交集(inner)还是并集(outer)进行合并
join_axes 指明用于其他n-1条轴的索引,不执行并集/交集运算
keys 与连接对象有关的值,用于形成连接轴上的层次化索引
levels 指定用作层次化索引各级别上的索引,如果设置了keys的话
names 用于创建分层级别的名称,如果设置了keys或(和)levels的话
verify_intergrity 检查结果对象新轴上的重复情况,默认False允许重复
ignore_index 不保留连接轴上的索引,产生一组新索引range(total_length)

合并重叠数据

还有一种数据组合问题不能用简单的合并(merge)或连接(concatenation)运算来处理。比如说,你可能有索引全部或部分重叠的两个数据集。举个有启发性的例子,我们使用NumPy的where函数,它表示一种等价于面向数组的if-else:

a = pd.Series([np.nan, 2.5, np.nan, 3.5, 4.5, np.nan],
              index=['f', 'e', 'd', 'c', 'b', 'a'])

b = pd.Series(np.arange(len(a), dtype=np.float64),
                  index=['f', 'e', 'd', 'c', 'b', 'a'])


b[-1] = np.nan
    
a  
f    NaN
e    2.5
d    NaN
c    3.5
b    4.5
a    NaN
dtype: float64
b
f    0.0
e    1.0
d    2.0
c    3.0
b    4.0
a    NaN
dtype: float64
np.where(pd.isnull(a), b, a)
array([0. , 2.5, 2. , 3.5, 4.5, nan])

Series有一个combine_first方法,实现的也是一样的功能,还带有pandas的数据对齐:

b[:-2].combine_first(a[2:])
a    NaN
b    4.5
c    3.0
d    2.0
e    1.0
f    0.0
dtype: float64

对于DataFrame,combine_first自然也会在列上做同样的事情,因此你可以将其看做:用传递对象中的数据为调用对象的缺失数据“打补丁”:

df1 = pd.DataFrame({'a': [1., np.nan, 5., np.nan],
                    'b': [np.nan, 2., np.nan, 6.],
                    'c': range(2, 18, 4)})
    
    
df2 = pd.DataFrame({'a': [5., 4., np.nan, 3., 7.],
                  'b': [np.nan, 3., 4., 6., 8.]})
df1
 
 abc
0 1.0 NaN 2
1 NaN 2.0 6
2 5.0 NaN 10
3 NaN 6.0 14
df2
 
 ab
0 5.0 NaN
1 4.0 3.0
2 NaN 4.0
3 3.0 6.0
4 7.0 8.0
df1.combine_first(df2)
 
 abc
0 1.0 NaN 2.0
1 4.0 2.0 6.0
2 5.0 4.0 10.0
3 3.0 6.0 14.0
4 7.0 8.0 NaN

重塑和轴向旋转

有许多用于重新排列表格型数据的基础运算。这些函数也称作重塑(reshape)或轴向旋转(pivot)运算。

重塑层次化索引

层次化索引为DataFrame数据的重排任务提供了一种具有良好一致性的方式。主要功能有二:

  • stack:将数据的列“旋转”为行。
  • unstack:将数据的行“旋转”为列。

我将通过一系列的范例来讲解这些操作。接下来看一个简单的DataFrame,其中的行列索引均为字符串数组:

data = pd.DataFrame(np.arange(6).reshape((2, 3)),
        index=pd.Index(['Ohio','Colorado'], name='state'),
        columns=pd.Index(['one', 'two', 'three'],name='number'))


data
 
numberonetwothree
state   
Ohio 0 1 2
Colorado 3 4 5

对该数据使用stack方法即可将列转换为行,得到一个Series:

result = data.stack()

result
state     number
Ohio      one       0
          two       1
          three     2
Colorado  one       3
          two       4
          three     5
dtype: int64

对于一个层次化索引的Series,你可以用unstack将其重排为一个DataFrame:

result.unstack()
 
numberonetwothree
state   
Ohio 0 1 2
Colorado 3 4 5

默认情况下,unstack操作的是最内层(stack也是如此)。传入分层级别的编号或名称即可对其它级别进行unstack操作

result.unstack(0)
 
stateOhioColorado
number  
one 0 3
two 1 4
three 2 5
result.unstack('state')
 
stateOhioColorado
number  
one 0 3
two 1 4
three 2 5

如果不是所有的级别值都能在各分组中找到的话,则unstack操作可能会引入缺失数据:

s1 = pd.Series([0, 1, 2, 3], index=['a', 'b', 'c', 'd'])
    

s2 = pd.Series([4, 5, 6], index=['c', 'd', 'e'])

data2 = pd.concat([s1, s2], keys=['one', 'two'])


data2


one  a    0
     b    1
     c    2
     d    3
two  c    4
     d    5
     e    6
dtype: int64
data2.unstack()
 
 abcde
one 0.0 1.0 2.0 3.0 NaN
two NaN NaN 4.0 5.0 6.0

stack默认会滤除缺失数据,因此该运算是可逆的:

data2.unstack()
 
 abcde
one 0.0 1.0 2.0 3.0 NaN
two NaN NaN 4.0 5.0 6.0
data2.unstack().stack()
one  a    0.0
     b    1.0
     c    2.0
     d    3.0
two  c    4.0
     d    5.0
     e    6.0
dtype: float64
data2.unstack().stack(dropna=False)
one  a    0.0
     b    1.0
     c    2.0
     d    3.0
     e    NaN
two  a    NaN
     b    NaN
     c    4.0
     d    5.0
     e    6.0
dtype: float64

在对DataFrame进行unstack操作时,作为旋转轴的级别将会成为结果中的最低级别:

df = pd.DataFrame({'left': result, 'right': result + 5},
                    columns=pd.Index(['left', 'right'], name='side'))
df
 
 sideleftright
statenumber  
Ohioone 0 5
two 1 6
three 2 7
Coloradoone 3 8
two 4 9
three 5 10
df.unstack('state')
 
sideleftright
stateOhioColoradoOhioColorado
number    
one 0 3 5 8
two 1 4 6 9
three 2 5 7 10

当调用stack,我们可以指明轴的名字:

df.unstack('state').stack('side')
 
 stateColoradoOhio
numberside  
oneleft 3 0
right 8 5
twoleft 4 1
right 9 6
threeleft 5 2
right 10 7

将“长格式”旋转为“宽格式”

多个时间序列数据通常是以所谓的“长格式”(long)或“堆叠格式”(stacked)存储在数据库和CSV中的。我们先加载一些示例数据,做一些时间序列规整和数据清洗:

data = pd.read_csv('examples/macrodata.csv')

data.head()
 
 yearquarterrealgdprealconsrealinvrealgovtrealdpicpim1tbilrateunemppopinflrealint
0 1959.0 1.0 2710.349 1707.4 286.898 470.045 1886.9 28.98 139.7 2.82 5.8 177.146 0.00 0.00
1 1959.0 2.0 2778.801 1733.7 310.859 481.301 1919.7 29.15 141.7 3.08 5.1 177.830 2.34 0.74
2 1959.0 3.0 2775.488 1751.8 289.226 491.260 1916.4 29.35 140.5 3.82 5.3 178.657 2.74 1.09
3 1959.0 4.0 2785.204 1753.7 299.356 484.052 1931.3 29.37 140.0 4.33 5.6 179.386 0.27 4.06
4 1960.0 1.0 2847.699 1770.5 331.722 462.199 1955.5 29.54 139.6 3.50 5.2 180.007 2.31 1.19
periods = pd.PeriodIndex(year=data.year, quarter=data.quarter,
                       name='date')
periods
PeriodIndex(['1959Q1', '1959Q2', '1959Q3', '1959Q4', '1960Q1', '1960Q2',
             '1960Q3', '1960Q4', '1961Q1', '1961Q2',
             ...
             '2007Q2', '2007Q3', '2007Q4', '2008Q1', '2008Q2', '2008Q3',
             '2008Q4', '2009Q1', '2009Q2', '2009Q3'],
            dtype='period[Q-DEC]', name='date', length=203, freq='Q-DEC')
columns = pd.Index(['realgdp', 'infl', 'unemp'], name='item')

columns
Index(['realgdp', 'infl', 'unemp'], dtype='object', name='item')
data = data.reindex(columns=columns)

data.head()
 
itemrealgdpinflunemp
0 2710.349 0.00 5.8
1 2778.801 2.34 5.1
2 2775.488 2.74 5.3
3 2785.204 0.27 5.6
4 2847.699 2.31 5.2
data.index = periods.to_timestamp('D', 'end')

data.head()
 
itemrealgdpinflunemp
date   
1959-03-31 2710.349 0.00 5.8
1959-06-30 2778.801 2.34 5.1
1959-09-30 2775.488 2.74 5.3
1959-12-31 2785.204 0.27 5.6
1960-03-31 2847.699 2.31 5.2
ldata = data.stack().reset_index().rename(columns={0: 'value'})

ldata.head()
 
 dateitemvalue
0 1959-03-31 realgdp 2710.349
1 1959-03-31 infl 0.000
2 1959-03-31 unemp 5.800
3 1959-06-30 realgdp 2778.801
4 1959-06-30 infl 2.340

这就是多个时间序列(或者其它带有两个或多个键的可观察数据,这里,我们的键是date和item)的长格式。表中的每行代表一次观察。

关系型数据库(如MySQL)中的数据经常都是这样存储的,因为固定架构(即列名和数据类型)有一个好处:随着表中数据的添加,item列中的值的种类能够增加。在前面的例子中,date和item通常就是主键(用关系型数据库的说法),不仅提供了关系完整性,而且提供了更为简单的查询支持。有的情况下,使用这样的数据会很麻烦,你可能会更喜欢DataFrame,不同的item值分别形成一列,date列中的时间戳则用作索引。DataFrame的pivot方法完全可以实现这个转换:

pivoted = ldata.pivot('date', 'item', 'value')


pivoted.head()
 
iteminflrealgdpunemp
date   
1959-03-31 0.00 2710.349 5.8
1959-06-30 2.34 2778.801 5.1
1959-09-30 2.74 2775.488 5.3
1959-12-31 0.27 2785.204 5.6
1960-03-31 2.31 2847.699 5.2

前两个传递的值分别用作行和列索引,最后一个可选值则是用于填充DataFrame的数据列。假设有两个需要同时重塑的数据列:

ldata['value2'] = np.random.randn(len(ldata))

ldata.head()
 
 dateitemvaluevalue2
0 1959-03-31 realgdp 2710.349 -0.201684
1 1959-03-31 infl 0.000 -0.821067
2 1959-03-31 unemp 5.800 -0.520952
3 1959-06-30 realgdp 2778.801 1.085979
4 1959-06-30 infl 2.340 0.879421

如果忽略最后一个参数,得到的DataFrame就会带有层次化的列:

pivoted = ldata.pivot('date', 'item')

pivoted[:5]
 
 valuevalue2
iteminflrealgdpunempinflrealgdpunemp
date      
1959-03-31 0.00 2710.349 5.8 -0.821067 -0.201684 -0.520952
1959-06-30 2.34 2778.801 5.1 0.879421 1.085979 -0.013487
1959-09-30 2.74 2775.488 5.3 1.103906 0.496249 0.645224
1959-12-31 0.27 2785.204 5.6 -1.825783 -0.190713 1.630975
1960-03-31 2.31 2847.699 5.2 -0.625469 0.529104 -1.600850
pivoted['value'][:5]
 
iteminflrealgdpunemp
date   
1959-03-31 0.00 2710.349 5.8
1959-06-30 2.34 2778.801 5.1
1959-09-30 2.74 2775.488 5.3
1959-12-31 0.27 2785.204 5.6
1960-03-31 2.31 2847.699 5.2

注意,pivot其实就是用set_index创建层次化索引,再用unstack重塑:

ldata.set_index(['date', 'item']).head()
 
  valuevalue2
dateitem  
1959-03-31realgdp 2710.349 -0.201684
infl 0.000 -0.821067
unemp 5.800 -0.520952
1959-06-30realgdp 2778.801 1.085979
infl 2.340 0.879421
unstacked = ldata.set_index(['date', 'item']).unstack('item')

unstacked[:7]
 
 valuevalue2
iteminflrealgdpunempinflrealgdpunemp
date      
1959-03-31 0.00 2710.349 5.8 -0.821067 -0.201684 -0.520952
1959-06-30 2.34 2778.801 5.1 0.879421 1.085979 -0.013487
1959-09-30 2.74 2775.488 5.3 1.103906 0.496249 0.645224
1959-12-31 0.27 2785.204 5.6 -1.825783 -0.190713 1.630975
1960-03-31 2.31 2847.699 5.2 -0.625469 0.529104 -1.600850
1960-06-30 0.14 2834.390 5.2 -1.478618 -1.189062 0.675593
1960-09-30 2.70 2839.022 5.6 -0.659115 -0.061352 0.118526

将“宽格式”旋转为“长格式”

旋转DataFrame的逆运算是pandas.melt。它不是将一列转换到多个新的DataFrame,而是合并多个列成为一个,产生一个比输入长的DataFrame。看一个例子:

df = pd.DataFrame({'key': ['foo', 'bar', 'baz'],
                      'A': [1, 2, 3],
                       'B': [4, 5, 6],
                       'C': [7, 8, 9]})

df
 
 keyABC
0 foo 1 4 7
1 bar 2 5 8
2 baz 3 6 9

key列可能是分组指标,其它的列是数据值。当使用pandas.melt,我们必须指明哪些列是分组指标。下面使用key作为唯一的分组指标:

melted = pd.melt(df, ['key'])
melted
 
 keyvariablevalue
0 foo A 1
1 bar A 2
2 baz A 3
3 foo B 4
4 bar B 5
5 baz B 6
6 foo C 7
7 bar C 8
8 baz C 9

使用pivot,可以重塑回原来的样子:

reshaped = melted.pivot('key', 'variable', 'value')
reshaped
 
variableABC
key   
bar 2 5 8
baz 3 6 9
foo 1 4 7

因为pivot的结果从列创建了一个索引,用作行标签,我们可以使用reset_index将数据移回列:

reshaped.reset_index()
 
variablekeyABC
0 bar 2 5 8
1 baz 3 6 9
2 foo 1 4 7

你还可以指定列的子集,作为值的列:

pd.melt(df, id_vars=['key'], value_vars=['A', 'B'])
 
 keyvariablevalue
0 foo A 1
1 bar A 2
2 baz A 3
3 foo B 4
4 bar B 5
5 baz B 6

pandas.melt也可以不用分组指标:

pd.melt(df, value_vars=['A', 'B', 'C'])
 
 variablevalue
0 A 1
1 A 2
2 A 3
3 B 4
4 B 5
5 B 6
6 C 7
7 C 8
8 C 9
pd.melt(df, value_vars=['key', 'A', 'B'])
 
 variablevalue
0 key foo
1 key bar
2 key baz
3 A 1
4 A 2
5 A 3
6 B 4
7 B 5
8 B 6

总结

现在你已经掌握了pandas数据导入、清洗、重塑,我们可以进一步学习matplotlib数据可视化。我们在稍后会回到pandas,学习更高级的分析。

posted @ 2020-09-18 10:33  傻白甜++  阅读(619)  评论(0编辑  收藏  举报
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