SX知识学习——IGV

IGV下载

　　http://software.broadinstitute.org/software/igv/download

　　注：根据自己需求下载相应版本

IGV使用

　　需要提前安装好java8

　　　　网址：https://java.com/zh_CN/download/win10.jsp

—>解压IGV_Win_2.4.14，点击进入文件，进到lib文件里面，复制路径（如：

　　D:\IGV_Win_2.4.14\IGV_Win_2.4.14\lib），

—>打开cmd命令，输入命令：java -Xmx750m -jar D:\IGV_Win_2.4.14\IGV_Win_2.4.14\lib\igv.jar，

　　按Enter键，

—>就会出现如下界面：

　　教程：http://www.omicshare.com/class/home/index/singlev?id=12

　　

—>选择（导入）参考基因数据

　　模式

　　点击Genomes选择相应的参考基因组，如下图

       

　　如果不是模式植物就自己点击file加载下载好的(如hg19.fa)参考基因组序列

—>导入特定格式的分析数据

　　vcf、gtf 

　　https://blog.csdn.net/u011808596/article/details/78306298

　　比对好的sam文件，用samtools软件转换成bam文件

　　　　(samtools view -b -S file.sam > file.bam)，

　　然后排序

　　　　(samtools sort file.bam file.sorted)，

　　建index

　　　　(samtools index file.sorted.bam)，

　　再将其转换成tdf文件

　　　　()

　　然后再将tdf文件导入IGV进行可视化

—>浏览数据，选取目标区域　

       

—>设置track属性，优化展示结果