从创建方式上来说：区别在于：一种是FILE->NEW->PROJECT->ASP.NET WEB APPLICATION ;另一种是：FILE->NEW->WEBSITE；
从组织方式上来说：WP型创建时会生成一个项目文件 *.csproj，来记录一些编译调试设置。而WS型没有。对于WP来说，项目可能只需要一个编译好的dll程序集就可以响应整个项目的所有应用请求。（我猜的！）而对于WS来说，项目根文件夹下的所有部分都视为是WEB应用程序的一部分。
从编译方式上来说：运行一个WP时，VS会在启动浏览器之前把所有代码，所有页面都编译成一个程序集（Bin目录下）。但是也不要被编译全部代码吓到，据说VS采用了一种增量编译模式，也不会很慢。而对于WS来说，不需要预编译代码。每个页面在第一次请求时才进行编译。
细节上来说，Web Project 的页面中的Page指令中，使用了CodeBehind 属性，而在Web Site页面中，使用的是 CodeFile 属性，来指明该页面的代码文件名。示例如下：
WP:<%@ Page Language="C#" AutoEventWireup="true" CodeBehind="Default.aspx.cs" Inherits="MyWebProject._Default" Trace="False" %>
WS:<%@ Page Language="C#" AutoEventWireup="true" CodeFile="Default.aspx.cs" Inherits="_Default" %>
另外， Web Project 中的每一个页面除了ASPX文件，同名CS文件，还有一个叫： *.aspx.desinger.cs 文件，它里面包含了页面上所有控件的声明。而Web Site类型的APP中就没有这样东西。因为这部分代码由ASP.NET在编译时生成。
在程序集引用这一方面上，WS的所有程序集引用都是记录在 web.config 文件里面的，这样ASP.NET在编译时解析引用时使用。 但是 WP 中的程序集引用是保存在项目文件 *.csproj中的，VS在编译代码时要使用它们。但有两个例外：System.core.dll System.Web.Extension.dll 对引用是放在web.config中的，因为它们包含指定新的配置设置所需要的类。
WS 型开发的优点：
部署简单，只要把网站目录整个复制到WEB服务器即可。
简化了文件管理，任何页面文件，增删随意，不需要编辑项目文件，或者运用VS。
简化了团队协作，可以不同人写不同的页面，到时直接放过来就可以了。
简化了调试，WP型项目中，即使只修改了某个页面，也必须重新编译整个应用程序。而WS中每个文件都单独编译，并且页面只在第一次请求它的时候才编译。
允许混合使用语言。
WP型开发的优点：
文件管理比较严格，不会有什么乱七八糟的东西出现，部署的时候不需要源代码文件，因为已经被预编译进DLL中了。当然WS型也可以使用预编译工具预编译后再部署。
允许自定义部署过程，可以和MSBuild工具一起使用，允许项目的自动化和定制化编译。此外，可以对生成的程序集进行更有效的控制，可以进行合适的命名或者签名。而WS生成随机的程序集名，需要通过插件WebDeployment才可以生成单一程序集
WP型项目更容易迁移。
看了这么多，它们的一个小小的共同点是 都需要使用 web.config 配置文件。
最后，微软官方推荐使用 WS 方式进行开发。还有，WS,WP之间的互转，应该还是比较麻烦的，真碰到了再看。
