摘要：
本系列文章采用的数据集与代码来自https://github.com/MareesAT/GWA_tutorial。 该教程获得了许多人的推荐，是一份很详细的step-by-step guide。 本文将介绍该教程中的QC部分（1_QC_GWAS.zip），后续或将继续添加有关QC的其他细节。 0. 阅读全文
摘要：
1BL/1RS是指通过将黑麦的1R染色体短臂，易位到小麦1B染色体长臂，而形成的小麦-黑麦易位染色体。由于1R短臂上带有抗小麦叶锈病、秆锈病、条锈病和白粉病基因，含有1BL/1RS的种质在世界小麦育种中得到了广泛应用。我国广泛利用的1B/1R系主要来自70年代初引入的“洛类”品种。 然而，随着时间推 阅读全文
摘要：
在装好了环境（SnpHub搭建 | CentOS 7下配置SnpHub所需系统环境）、准备好了数据（SnpHub搭建 | 数据预处理与样本描述文件准备）、填好配置文件（SnpHub搭建 | 手动处理数据后的配置文件填写）之后，就可以准备将SnpHub实例上线使用了。 0. 目录 1. Shiny-S 阅读全文
摘要：
在完成了数据的手动预处理和样本描述文件的准备（处理教程：SnpHub搭建 | 数据预处理与样本描述文件准备）之后，就可以开始配置SnpHub实例了。 0. 目录 1. SnpHub框架下载 可以从GitHub上进行SnpHub框架的下载。下载方法可以是直接用git clone，也可以下载为zip文件 阅读全文
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1. VCF文件中出现了position顺序不对（未排好序） 使用bcftools sort进行排序 bcftools sort xxx.vcf -Oz -o xxx.sorted.vcf.gz 2. bcftools在写文件时，因为contig未出现在header中而报错 使用bcftools r 阅读全文
摘要：
SnpHub提供了一个自动化的数据预处理脚本，在填写了配置文件后运行脚本即可（细节在这里https://esctrionsit.github.io/snphub_tutorial/content/Setup/quick_deploy.html）。 但是，对于某些情况，手动预处理数据仍有优势。因此，本 阅读全文
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SnpHub（主页：http://guoweilong.github.io/SnpHub/）是一款针对大规模基因组变异数据的数据库模型，提供在线的快速检索与轻量级的分析、可视化功能。目前，SnpHub已于GigaScience杂志在线发表doi: 10.1093/gigascience/giaa06 阅读全文
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Martin O C. Distribution of Parental Genome Blocks in Recombinant Inbred Lines[J]. Genetics, 2011, 189(2): 645-654. 整体上，作者通过理论计算，得出了RIL群体中，单倍型块的长度分布、数 阅读全文
摘要：
安装python-3.8.1: 系统环境：Centos 7 在python官网上下载相应的Linux版本：https://www.python.org/downloads/source/。这里首先安装Python-3.8.1，下载，解压: wget https://www.python.org/ft 阅读全文
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隐含马尔可夫模型（Hidden Markov Model，HMM）最初是在20世纪60年代后半期，由Leonard E. Baum和其他一些作者在一系列统计学论文中描述的。其最初应用于语音识别领域。 1980年代后半期，HMM开始应用到生物序列，尤其是DNA序列的分析中。随后，在生物信息学领域，HM 阅读全文
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在装好了环境（SnpHub搭建 | Cent... 阅读全文
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在完成了数据的手动预处理和样本描述文件的准备... 阅读全文
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1. VCF文件中出现了position顺序... 阅读全文
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SnpHub提供了一个自动化的数据预处理脚本... 阅读全文
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SnpHub（主页：http://guowe... 阅读全文
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Martin O C. Distributi... 阅读全文
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安装python-3.8.1:系统环境：Ce... 阅读全文
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本系列文章采用的数据集与代码来自https:... 阅读全文
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隐含马尔可夫模型（Hidden Markov... 阅读全文