大基因组作物基因功能特征的路线图_来自多倍体小麦的启示
题目
A roadmap for gene functional characterisation in crops with large genomes: Lessons from polyploid wheat
知识点
1.小麦公开数据库：
- Ensembl Plants (https://plants.ensembl.org)：整合了许多关于小麦的公开数据
- 其他数据库：整合了类似但互补的小麦遗传、基因组和表型数据
- URGI (https://wheat-urgi.versailles.inra.fr/; Alaux et al., 2018)
- Wheat Information System (WheatIS; http://www.wheatis.org/）
- GrainGenes (https://wheat.pw.usda.gov/GG3/; Blake et al.,2019)
2.关于Homoeologs和Paralogs
3.六倍体和四倍体小麦注释基因组组装的比较。
4.基因ID命名法描述
HC和LC基因在其他方面显示相同的唯一标识符，但它们不是相同的位点，也不是按顺序排列的。因此，TraesCS5B02G236400和TraesCS5B02G236400LC都位于5B染色体上，但它们不是同一基因，在物理上也不相邻。同样，具有相同后续数字标识符的同源染色体的基因不一定是同源基因。例如，TraesCS5A02G236400、TraesCS5B02G236400和TraesCS5D02G236400都不是同源基因。
5.小麦的四个expression browsers：
- expVIP (http://www.wheat-expression.com; Borrill et al., 2016)：包括来自36项研究(1016个RNA-Seq样本)的表达数据，这些研究涵盖了不同的小麦组织、发育阶段、品种和环境条件，包括各种非生物和生物胁迫处理。它可以同时显示多达250个基因的表达数据，这在处理一个基因家族、一个QTL区间内的基因或涉及相同调控过程的基因时特别有用。
- wheat eFP browser (http://bar.utoronto.ca/efp_wheat/cgi-bin/efpWeb.cgi; Ramı ´rez-Gonza ´lez et al., 2018)：提供了一个简单的视觉评估的表达数据使用图片根据基因的相对表达水平着色。eFP表达式浏览器可用于几种作物(如马铃薯、大豆、大麦)和最近的小麦(http://bar.utoronto.ca/efp_wheat/cgi-bin/efpWeb.cgi)。包括209个RNA-Seq样本(也在expVIP中)，代表22个组织类型，这些组织类型来自一个单一的六倍体春小麦品种(‘Azhurnaya’)的籽粒、根、叶和穗样本，跨越多个时间点。
- EBI Gene Expres-sion Atlas (https://www.ebi.ac.uk/gxa/experiments?species=triticum+aestivum)
- WheatExp(https://wheat.pw.usda.gov/WheatExp; Pearce et al., 2015)
6.由于小麦的多倍体性质，在同种生物学之间往往存在功能冗余(Borrill et al.， 2015)。
7.在优良的面包小麦品种中，遗传变异相对较低，特别是在D基因组上。这典型地反映了在很长一段时间内从地方品种的适应和选择，以及二倍体和四倍体祖先小麦物种间罕见的自然杂交事件所带来的遗传瓶颈效应，这些遗传瓶颈效应导致了六倍体小麦的进化。
8.目前可用的小麦四倍体和六倍体基因组，以及中国春参考基因组。
9.利用现有资源对小麦基因功能特性的研究的案例
点评
关于小麦基因功能研究的综述，内容还是比较全面的。
关键字
wheat ，gene functional characterisation，roadmap
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