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摘要: conda install ipyparams import ipyparamscurrentNotebook = ipyparams.notebook_name 阅读全文
posted @ 2023-01-29 13:50 emanlee 阅读(298) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 将bigwig转换为wig conda install -c bioconda ucsc-bigwigtowig bigWigToWig signal.bigWig signal.wig bigWigToWig : Convert bigWig to wig. http://hgdownload.c 阅读全文
posted @ 2023-01-28 23:55 emanlee 阅读(293) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 查看 anaconda3 安装了哪些虚拟环境 conda env list 或 conda info -e 确认当前存在什么虚拟环境。 [rin]# conda env list# conda environments:# /home/ji/software/Anaconda/base * /hom 阅读全文
posted @ 2023-01-28 15:27 emanlee 阅读(764) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: echo $PATH /usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.191.b12-1.el7_6.x86_64/jre/bin/home/software/anaconda3/envs/mydlenv/bin/home/software/anaconda3/conda 阅读全文
posted @ 2023-01-28 15:02 emanlee 阅读(282) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 远程访问jupyter notebook jupyter notebook是一个基于浏览器的python数据分析工具,使用起来非常方便,具有极强的交互方式和富文本的展示效果。它的安装也非常方便,一般Anaconda安装包中会自带。安装好以后直接输入jupyter notebook便可以在浏览器中使用 阅读全文
posted @ 2023-01-28 12:07 emanlee 阅读(287) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: grep 如何解决匹配前后的字符 echo "45645645645aaa45645646" | grep -o -P '.{0,3}aaa.{0,4}' 645aaa4564 前 3 个字符,后 4 个字符 哪些目录安装了anaconda3 locate anaconda3 | grep -o - 阅读全文
posted @ 2023-01-28 10:45 emanlee 阅读(340) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 下载 cmder https://cmder.app/ https://github.com/cmderdev/cmder/releases/download/v1.3.21/cmder.zip 阅读全文
posted @ 2023-01-23 13:20 emanlee 阅读(193) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: 测序数据分析中涉及的常用格式: 测序得到的是带有质量值的碱基序列(fastq格式),参考基因组是(fasta格式),用比对工具把fastq格式的序列比对到对应的fasta格式的参考基因序列,就可以产生sam格式的比对文件。把sam格式的文本文件压缩成二进制bam文件可以节省空间,如果对参考基因组上面 阅读全文
posted @ 2023-01-22 18:23 emanlee 阅读(1273) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: pickle是一个python中 压缩/保存/提取文件的模块,字典和列表都是能被保存的.但必须主意的是python2以ASCII形式保存,而在python3中pickle是使用转换二进制的数据压缩方法保存数据 ,在保存或者读取数据的时候,打开文件应该使用'wb''rb'的方式 import pick 阅读全文
posted @ 2023-01-17 21:33 emanlee 阅读(1116) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要: https://blog.sciencenet.cn/blog-3428464-1247194.html reshape函数(-1表示什么) 1.当原始数组A[4,6]为二维数组,代表4行6列。 A.reshape(-1,8):表示将数组转换成8列的数组,具体多少行我们不知道,所以参数设为-1。用我 阅读全文
posted @ 2023-01-17 21:21 emanlee 阅读(1908) 评论(0) 推荐(0) 编辑
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