命令行使用（调用） R 或 Bioconductor 脚本

windows下命令行调用R脚本
 
1、将R.exe所在路径加到环境变量path下，路径一般为C:\Program Files\R\R-3.0.1\bin

2、在windows 命令行中敲入 调用命令：r CMD BATCH D:\RWORKSPACE\CMD_TEST.R  （注意 CMD BATCH 都要大写）

命令的普遍形式为R CMD command file，command是别的工具，比如前面用到的批处理工具BATCH

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在Linux命令行中调用R函数

直接从 Linux命令行调用R函数而不进入R环境？
解决方法
一个简单的内置是以下BASH命令：

    export NUM=10
    R -q -e "rnorm($NUM)"

 
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①Linux下直接执行R命令
 R -e "with(mtcars, {summary(mpg, disp, wt)})"
 即通过“ R -e 'R command' ”的形式。
 
②Linux下执行R脚本
 R --no-save < terminalR.R
 
③Linux下静默执行R脚本
R --no-save -q < terminalR.R
R --no-save --slave < terminalR.R

④Windows DOS环境

脚本的执行需要借助R安装自带的“Rscript”程序。

# R命令
    cd C:\Program Files\R\R-3.4.0\bin
    Rscript -e "with(mtcars, {summary(mpg, disp, wt)})"
# R脚本
    "C:\Program Files\R\R-3.4.0\bin\R.exe" --no-save --slave < D:\R\terminalR.R

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linux命令行下使用R语言绘图

https://www.cnblogs.com/solohac/p/4154148.html
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REF

https://blog.csdn.net/sweeper_freedoman/article/details/71438348
https://blog.csdn.net/diyiziran/article/details/21379181