随笔分类 -  [25] 生物信息学

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计算生物信息学,计算生物学,生物统计学,生物数学,分子生物学,遗传学,医学遗传学
摘要:传统的全基因组关联分析(GWAS)计算的是单个SNP与表型的相关性,除此之外,我们还可以进行SNP之间的互作效应与表型的相关性分析。 上位效应的公式为:Y ~ b0 + b1.A + b2.B + b3.AB + e Y为表型,A和B分别为两个变异位点,在GWAS中通常指SNP,如果b3为显著,则说 阅读全文
posted @ 2023-10-15 10:21 emanlee 阅读(109) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:vi /etc/gbrowse2_dspsp/GBrowse.conf # Performance settingsslave_timeout = 45global_timeout = 60search_timeout = 15 REF: http://generic-model-organism- 阅读全文
posted @ 2023-10-15 09:50 emanlee 阅读(9) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:REF https://www.docin.com/p-728828156.html 阅读全文
posted @ 2021-11-04 11:09 emanlee 阅读(101) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:下面的图来自文章 https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867415005498 Allon M. Klein, Linas Mazutis, Ilke Akartuna, Naren Tallapragada, Adrian 阅读全文
posted @ 2021-10-26 22:44 emanlee 阅读(1761) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:苏木精 — 伊红染色法 ( hematoxylin-eosin staining ) ,简称HE染色法 ,石蜡切片技术里常用的染色法之一 。苏木精染液为碱性 ,主要使细胞核内的染色质与胞质内的核酸着紫蓝色 ;伊红为酸性染料 ,主要使细胞质和细胞外基质中的成分着红色 。HE染色法是组织学、胚胎学、病理 阅读全文
posted @ 2021-10-25 10:39 emanlee 阅读(12164) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:使用 UnifiedGenotyper注意如下:(1) 输入:.recalibration.bam(2)输入:.recalibration.bai(3)dbSNP: vcfdbsnp,有头部;有与DNA一样的染色体顺序;有idx文件;UnifiedGenotyper Unable to read i 阅读全文
posted @ 2021-08-23 21:17 emanlee 阅读(427) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:http://samtools.sourceforge.net/pileup.shtmlhttp://blog.sina.com.cn/s/blog_5d5f892a0102we4t.htmlhttp://sihua.us/samtools.htm Pileup Format Pileup form 阅读全文
posted @ 2021-08-23 20:58 emanlee 阅读(269) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:https://www.bilibili.com/video/BV1s741117Sk 0:56‘’ 阅读全文
posted @ 2021-06-30 23:12 emanlee 阅读(195) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:https://www.bilibili.com/video/BV1s741117Sk 阅读全文
posted @ 2021-06-30 23:04 emanlee 阅读(205) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:https://www.bilibili.com/video/BV1s741117Sk 分离细胞:导致细胞活性下降 beads捕获mRNA效率不同 逆转录和扩增:偏好 每个细胞内线粒体基因的比例(含量)<10% 每个细胞中基因检测(表达)的数量(2000-4000)??? 每个细胞中RNA 的cou 阅读全文
posted @ 2021-06-30 22:37 emanlee 阅读(571) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:Q1、10X单细胞测序可以研究什么RNA? 10X单细胞测序利用polyT标记polyA,因此含有polyA的mRNA可以通过10X单细胞测序方法进行研究,包括真核生物的mRNA,部分lncRNA,以及有polyA的部分病毒的RNA。不含有polyA的RNA,如miRNA,circRNA、原核生物的 阅读全文
posted @ 2021-06-30 17:28 emanlee 阅读(1133) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:在有些情况下,细胞是很难完整分离的,比如长期保存的组织,或者大脑细胞和脂肪细胞。在分离细胞时所用的酶和破坏力往往会影响其他细胞区室的内容。此时,单核RNA测序就显得特别重要。 细胞核转录组是否代表了整个细胞的转录组,以及在snRNA-seq中发现的基因是否或多或少与特定研究相关。一些比较单细胞RNA 阅读全文
posted @ 2021-06-30 12:47 emanlee 阅读(1794) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:From: https://mp.weixin.qq.com/s/4dtXwK1KTLXndGvO5m2BEQ 单细胞测序主要涉及单细胞基因组测序和转录组测序两个方面,分别针对单细胞DNA及RNA进行序列分析和比较。单细胞测序一直是科学家关注的一个热点。单细胞基因组测序目前主要有两种扩增方法:MAL 阅读全文
posted @ 2021-06-30 09:19 emanlee 阅读(3848) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:来自https://spatialtranscriptomics.com/workflow/ 1. Histology 将准备好的新鲜冷冻组织切片放置于空间转录组芯片上。每个细胞中的RNA分子都包含着基因表达的信息。组织切片成像,以检索组织学信息。这样就可以看到一个细胞或一组细胞在组织中的位置。 2 阅读全文
posted @ 2021-06-27 23:27 emanlee 阅读(1259) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:空间转录组测序 概述 在多细胞生物中,单个细胞的基因表达严格按特定的时间和空间顺序发生,即基因表达具有时间特异性和空间特异性。时间特异性可以通过对不同时间点的样本取材,使用单细胞转录组测序技术来解析时间维度上细胞类型和基因表达模式。空间特异性信息则相对较难获得。常规转录组测序和单细胞转录组测序都难以 阅读全文
posted @ 2021-06-27 20:36 emanlee 阅读(7029) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:单细胞测序 缺失值填充技术数据校正的另一种类型是缺失值填充(也称为降噪或插补, denoising or imputation)。单细胞转录组的数据包含各种噪声。这种噪音的一个特别突出的来源是dropout。推断dropouts事件,用推断出的合适的表达值替换这些零以减少数据集中的噪声成为几种最新工 阅读全文
posted @ 2021-06-27 18:04 emanlee 阅读(1249) 评论(0) 推荐(1) 编辑
摘要:单细胞测序 Trajectory analysis 轨迹推断细胞多样性不能通过离散的分类系统(例如细胞聚类)充分描述。观察到的细胞异质性发展的生物进程是一个连续过程(Tanay&Regev,2017)。因此,为了捕获细胞身份之间的过渡状态、不同的分化分支或生物学功能的渐进式非同步变化,我们需要动态的 阅读全文
posted @ 2021-06-27 17:59 emanlee 阅读(3269) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:单细胞测序 基因调控网络 Gene regulatory networks基因不是独立发挥作用的。相反,基因的表达水平是由与其他基因和小分子之间的复杂调控决定的。揭示这些调控作用是基因调控网络(GRN)推断方法的目标(SCENIC | 从单细胞数据推断基因调控网络和细胞类型)。 基因调控网络推断是基 阅读全文
posted @ 2021-06-27 17:48 emanlee 阅读(737) 评论(0) 推荐(0) 编辑
摘要:单细胞测序 rare cell 理解一个器官的发育和功能需要对组成该器官的所有细胞类型的特性有一个清晰的认识。传统发现和分离细胞亚群的方法是基于几个已知的标记基因表达出来的信使RNA或蛋白质实现的。但是对于一些罕见的细胞类型来说,鉴定出它们特定的标记基因目前仍存在很大挑战。而发现一些罕见的细胞类型, 阅读全文
posted @ 2021-06-27 17:13 emanlee 阅读(1056) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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