叨一叨 pip 和 conda：一场由安装 VTK 和 nibabel 引发的血案

磕磕绊绊用到现在，最近又发现了 conda 的一个大坑，决定跳回 pip 的怀抱，在此记录一下心路历程。注意有大量的冗余信息，不给过读下来应该对 pip 的理解还是有助益的，若仅需要安装上面两个包的话直接 pip 即可，前提是正确配置😝

• 之后的打算，只把 conda 用做简单的 VirtualEnvironment 管理工具，package 管理只用 pip。

涉及的问题有：

1. 如何安装 pip
2. 关于全局代理 ALL_PROXY 和 Python
3. 安装 VTK 和 nibabel 的正确姿势

关于这个故事

故事的起源是这样的：可视化课程上需要安装 VTK ，以及 Nifty data 需要的 nibabel 包

• VTK 和 Python 中的 VTK 包不太清楚有和关系，这里仅讨论 Python 版本的，官方网址在 https://pypi.org/project/vtk/

  • Orz 问题就在于 Tutorial 中给出了多种的安装方式，首先是官网 https://vtk.org/ 在 Download 中可看到最新是 9.0.0 版本，这里只给出了下载 Python Wheel 手动安装的方式，作为一个懒人忽略了这一方案；

  • Tutorial 中的第二个方案是基于 Anaconda 的 conda 安装 conda install -c anaconda vtk ，然而我改了清华源，所以就没有这个选项了；事实上，直接用 conda install vtk 在 3.8.3 版本下会报错

      - vtk -> python[version='2.7.*|>=2.7,<2.8.0a0|>=3.6,<3.7.0a0|>=3.7,<3.8.0a0|>=3.5,<3.6.0a0']
    

    于是，回到了 3.5 的 Python 下进行了安装，成功

• 之后就可以愉快安装 nibabel 包，事实证明自己想的太简单了

  • conda 安装显示找不到（至少在清华源下，感觉用了 anaconda 也不会有太大差，之前的经历告诉我 conda 包似乎不是很全也是我现在转向 pip 的原因）
  • 事实上，官网 https://pypi.org/project/nibabel/ 也是直接用 pip 来安装的 pip install nibabel
  • 然后是 pip，若果你看了我之前的 https://www.cnblogs.com/easonshi/p/12995863.html 这篇文的话，可知我在 .bash_profile 中配置过 export ALL_PROXY=socks5://127.0.0.1:1086 给一些常用的命令行工具设置代理，这样的设置在 base 环境下是 OK 的，默认安装了 pysocks 包，然而到自建的 Python 下则没有这个包，所以使用 pip（会调用 ALL_PROXY）会报错，参看 https://stackoverflow.com/questions/38794015/pythons-requests-missing-dependencies-for-socks-support-when-using-socks5-fro ；一个解决方案是 conda install pysocks 安装 pysocks 包即可；
  • 不过我对于 conda 有点放弃了，想要尝试 pip，可以这样安装
    • 官方的方式 https://pip.pypa.io/en/latest/installing/ 先用 crul curl https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py -o get-pip.py 把文件下下来，然后 python get-pip.py 进行安装
    • 现在想到，或许可以 conda install pip 来安装？
  • 另外，中途学到了如何在 Shell 中删除变量，只需 unset variable_name 即可

• 仅仅是这样的折腾还算可以，不过让人吐血的是，在这些都安装（python=3.5）完成之后，我突发奇想试着用 pip 在 3.8 中安装 tvk，结果直接成功了，上面的报错让人疑惑……

正确的解决方案

所以，事实上若是需要安装上面的两个包，解决方案仅仅是在正确配置 pip 的情况下的一行代码

pip install vtk nibabel

网上似乎也有说混用 pip 和 conda 可能存在一些问题，当然我这里遇到的是应该不能算是冲突，只能说明 conda 的一些问题：1. 包库不全；2. 安装慢。不过也需要过用 pip 安装的包在 conda 下无法卸载的情况，不知道是不是一种表现。（卸载命令 pip uninstall package_name）

下面是一些参考文档

• https://vtk.org/documentation/ VTK 的官方 document
• https://nipy.org/nibabel/manual.html 这里有 nibabel 的 manual #慢慢看吧

关于配置 pip 和 conda 的源

就这样结束的话太短了，复制一下之前写的内容吧~

• 配置 conda 的话可以在 Terminal 输入下面两条命令添加源：

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --set show_channel_urls yes

当然也可以直接修改 ~/.condarc 文件

channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
  - defaults
show_channel_urls: true

conda doc: Using the .condarc conda configuration file

• 配置 pip 需要新建 ~/.pip/pip.conf ，例如豆瓣源：

[global]
index-url = http://pypi.douban.com/simple
[install]
trusted-host=pypi.douban.com

其他的国内源包括

阿里云 ：http://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/
中国科学技术大学：https://pypi.mirrors.ustc.edu.cn/simple/
清华大学：https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple/
豆瓣：http://pypi.douban.com/simple