TopHat

TopHat 是将 RNA-Seq 数据允许 gap 的 mapping 到 ref seq 上！是转录组分析的必备工具之一！

此帖的内容涵盖了tophat的介绍，安装、使用、异常处理等，是tophat使用的完全手册!

1,介绍
转录组数据分析之tophat篇 http://seq.cn/1650-79
TopHat是一个快速的寻找可变剪接的回贴工具。http://seq.cn/318-79
适合打印：自己排版整理的PDF版Tophat Manual http://seq.cn/6365-79


2,安装
部署二代测序数据分析流程系列贴（2）-- 安装tophat http://seq.cn/678-79
tophat安装遇到的问题及解决方法 http://seq.cn/5382-26118
扫盲帖：TopHat的安装与使用 http://seq.cn/5857-79

3,使用
tophat 参数r优劣判定方法 http://seq.cn/4169-79
Tophat使用技巧: iteration of tophat http://seq.cn/4899-79
tophat是否会自动扔掉<20bp的reads http://seq.cn/4560-79
RNA-seq 数据经tophat 比对后，怎么计算map 到exon、intron...的reads http://seq.cn/3434-79
TopHat输入Pair-end Reads必须是一一对应吗？http://seq.cn/4438-79
tophat输出结果统计 http://seq.cn/6148-79

4,异常处理
tophat运行失败-- gzip: stdout: Broken pipe http://seq.cn/5733-79
Tophat运行失败---Error retrieving prep_reads info http://seq.cn/5880-79
tophat运行失败，切分输入文件后运行正常 http://seq.cn/6428-79

 

cited from: http://blog.csdn.net/shmilyringpull/article/details/8453144