发那个太丢人

kegg富集分析之：KEGGREST包（9大功能）

摘要：这个包依赖极有可能是这个：https://www.kegg.jp/kegg/docs/keggapi.html ，如果可以看懂会很好理解由于KEGG数据库分享数据的策略改变，因此KEGG.db包不在能用，推荐KEGGREST包 But a number of years ago,KEGG chan 阅读全文

posted @ 2018-09-12 15:01 发那个太丢人阅读(8726) 评论(0) 推荐(0) 编辑

KEGG数据库介绍

摘要： 1、KEGG简介 KEGG 数据库于 1995 年由 Kanehisa Laboratories 推出 0.1 版，目前发展为一个综合性数据库，其中最核心的为 KEGG PATHWAY 和 KEGG ORTHOLOGY 数据库。在 KEGG ORTHOLOGY 数据库中，将行使相同功能的基因聚在一起阅读全文

posted @ 2018-09-12 11:13 发那个太丢人阅读(8730) 评论(0) 推荐(1) 编辑

topGO

摘要：前面我们讲过GO.db这个包，现在接着延伸topGO包，该包是用来协助GO富集分析 1）安装 2）使用方法该包主要有三个使用步骤： 2.1、Data preparation:准备数据集，用于构建 topGOdata.对象。 2.1.1、包括gene标识符(List of genes identiﬁ 阅读全文

posted @ 2018-09-11 09:59 发那个太丢人阅读(2309) 评论(0) 推荐(0) 编辑

GO.db

摘要：相似的基因在不同物种中，其功能往往保守的。显然，需要一个统一的术语用于描述这些跨物种的同源基因及其基因产物的功能，否则，不同的实验室对相同的基因的功能的描述不同，将极大限制学术的交流。而 Gene Ontology (GO) 项目正是为了能够使对各种数据库中基因获基因产物功能描述相一致的努力结果。一阅读全文

posted @ 2018-09-10 10:35 发那个太丢人阅读(2200) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Bioconductor应用领域之基因芯片

摘要：引用自https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU4NjU4ODQ2MQ==&mid=2247484662&idx=1&sn=194668553f954e231f4526f5c944a195&chksm=fdf84cb4ca8fc5a2c0e8355377f9d6abdc 阅读全文

posted @ 2018-09-10 09:08 发那个太丢人阅读(1348) 评论(0) 推荐(0) 编辑

org.Hs.eg.db包简介(转换NCBI、ensemble等数据库中基因ID，symbol等之间的转换)

摘要： 1）安装载入 if("org.Hs.eg.db" %in% rownames(installed.packages()) == FALSE) {source("http://bioconductor.org/biocLite.R");biocLite("org.Hs.eg.db")}suppress 阅读全文

posted @ 2018-09-09 10:15 发那个太丢人阅读(12491) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Bioconductor的历史

摘要： Bioconductor 1）简介Bioconductor项目始于2001年达纳法伯癌症研究所。高科技产业多学科研究基金会为该项目提供支持。 2）目的Bioconductor项目的广泛目标是在计算生物学中实现良好的数据分析和推理实践，并提供一个平台，使科学家（生物学家和统计学家）能够开发和快速部署阅读全文

posted @ 2018-09-08 21:33 发那个太丢人阅读(243) 评论(0) 推荐(0) 编辑

pip批量更新安装的包

摘要： pip批量更新库 1）查看过期的库 pip list --outdated 更新单一的库： pip install --upgrade 库名批量升级更新所有过期的库 import pipfrom pip._internal.utils.misc import get_installed_distr 阅读全文

posted @ 2018-08-31 10:57 发那个太丢人阅读(184) 评论(0) 推荐(0) 编辑

hmm 软件的使用

摘要： 1)使用HMM模型搜索序列数据库(以青蟹蛋白库为例，简写为qingxie.pep),同源参考序列(query.fas)hmmbuild：用多重比对序列构建HMM模型；hmmsearch：使用HMM模型搜索序列库；步骤1： 1、pfam下载多重比对文件的种子序列(PF02898_seed_NOS. 阅读全文

posted @ 2018-08-30 10:53 发那个太丢人阅读(3620) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Seqtk/Seqkit软件简介

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posted @ 2018-08-29 11:45 发那个太丢人阅读(75) 评论(0) 推荐(0) 编辑

ensembl数据库的使用方法

摘要： 1）下载各种数据bam、gtf、fasta、ded等的地址 ftp://ftp.ensembl.org/../pub/release-93/ 阅读全文

posted @ 2018-08-29 10:21 发那个太丢人阅读(1303) 评论(0) 推荐(0) 编辑

bedtools简介及应用

摘要： 1)背景处理基因组数据中，比较基因组不同区域，例如寻找overlap等，是一种基本的且常见的问题。虽然UCSC 中‘Table Browser’或者Galaxy可以用来处理，但是当这些工具面对大的数据的时候就会显得力不从心。因此，需要一款快速、灵活的软件来批量处理数据集。 bedtools是一款用C 阅读全文

posted @ 2018-08-28 11:36 发那个太丢人阅读(2919) 评论(0) 推荐(0) 编辑

samtools软件的使用

摘要： 1）samtools简介背景：前面我们讲过sam/bam格式，sam文件虽然是可读的文本文件形式，但是通常是非常大，因此一般会对其压缩来节省磁盘空间，且对于很多软件来说，相比于对sam文件，对bam文件进行处理更加有效。SAMtools 是一款优秀的用以解析、处理sam/bam格式文件的一种软件包阅读全文

posted @ 2018-08-27 10:37 发那个太丢人阅读(1692) 评论(0) 推荐(0) 编辑

matplotlib画图

摘要： 1）plt.subplots() fig,ax = plt.subplots()的意思是，建立一个fig对象，建立一个axis对象。 pyplot有当前的图形（figure）和当前的轴（axes）的概念，所有的作图命令都是对当前的对象作用。 2)matplotlib各部分的讲解首先一幅Matplo 阅读全文

posted @ 2018-08-21 17:24 发那个太丢人阅读(165) 评论(0) 推荐(0) 编辑

blast及其格式输出简介

摘要： 1）blast产生背景双序列比对可以采用是基于动态规划算法的Needleman-Wunsch（NW）和Smith-Waterman algorithm（SW）算法，虽然精度高，但计算消耗大。当与数据库比对的时候，该算法就显得不切实际。因此TASTA，blast采用启发式算法使得通过大幅度丢失灵敏度阅读全文

posted @ 2018-08-21 11:54 发那个太丢人阅读(21621) 评论(0) 推荐(0) 编辑

vcf格式简介及处理

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posted @ 2018-08-20 11:51 发那个太丢人阅读(185) 评论(0) 推荐(0) 编辑

linux 常用命令

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posted @ 2018-08-19 15:39 发那个太丢人阅读(108) 评论(0) 推荐(0) 编辑

bed文件格式解读

摘要： 1）BED文件 BED 文件(Browser Extensible Data)格式是ucsc 的genome browser的一个格式 ,提供了一种灵活的方式来定义的数据行，以用来描述注释信息。BED行有3个必须的列和9个额外可选的列。每行的数据格式要求一致(见下图)。每条线的字段数目必须是任意单阅读全文

posted @ 2018-08-19 11:43 发那个太丢人阅读(7337) 评论(0) 推荐(1) 编辑

gff/gtf格式

摘要： 1）gff3及gtf2简介一个物种的基因组测序完成后，需要对这些数据进行解读，首先要先找到这些序列中转录起始位点、基因、外显子、内含子等组成元件在染色体中的位置信息(即注释)后才能再进行深入的分析。gff/gtf是贮存这些注释信息的两种文件格式。 GFF(general feature forma 阅读全文

posted @ 2018-08-18 16:36 发那个太丢人阅读(13312) 评论(0) 推荐(0) 编辑

sam/bam格式

摘要： 1）Sam (Sequence Alignment/Map) 1) SAM 文件产生背景随着Illumina/Solexa, AB/SOLiD and Roche/454测序技术不断的进步，各种比对工具产生，被用来高效的将reads比对到参考基因组。因为这些比对工具产生不同格式的文件，导致下游分析阅读全文

posted @ 2018-08-17 21:32 发那个太丢人阅读(1639) 评论(0) 推荐(0) 编辑

fasta/fastq格式解读

摘要： 1）知识简介 1.1）测序质量值首先在了解fastq，fasta之前，了解一下什么是质量值。phred软件在对reads进行base calling的时候会给出每一个碱基的质量值，这个质量值的计算与测序预期错误率相关(estimated probability of error)：除此之外还有s 阅读全文

posted @ 2018-08-17 16:16 发那个太丢人阅读(10570) 评论(0) 推荐(0) 编辑

blat

摘要： 1) 产生背景 2002年的时候，随着人类基因组项目不断推进，需要将大量ESTs(300万) 及mouse基因组的reads (130万)比对到人类基因组来进行注释，而这项任务需要在2周内完成 (90 CPU Linux 集群），因为blast工具速度相对偏慢，结果也不易处理，无法提供intron 阅读全文

posted @ 2018-08-16 21:51 发那个太丢人阅读(1018) 评论(0) 推荐(0) 编辑

R语言学习（基本知识）

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posted @ 2018-08-14 14:37 发那个太丢人阅读(54) 评论(0) 推荐(0) 编辑

lrzsz的安装与配置

摘要： 1）下载http://freshmeat.sourceforge.net/projects/lrzsz/ 2）tar zxvf lrzsz-0.12.20.tar.gz 3）mv lrzsz-0.12.20/ lrzsz 4）./configure –prefix=/home/jxdong/bios 阅读全文

posted @ 2018-08-08 19:18 发那个太丢人阅读(165) 评论(0) 推荐(0) 编辑

利用R求分位数及画出箱型图

摘要： 1）数据集 data<-c(75.0,64.0,47.4,66.9,62.2,62.2,58.7,63.5,66.6,64.0,57.0,69.0,56.9,50.0,72.0) 默认是四分位：quantile(data) 求某个百分位：例如90% 求两个百分位：例如，10%，90% 产生一系列的等阅读全文

posted @ 2018-08-03 16:18 发那个太丢人阅读(605) 评论(0) 推荐(0) 编辑

利用R产生随机数

摘要：生成随机数有两个函数runif()和rnorm(),其中r表示的是random随机的意思，unif表示的是均匀分布，而norm表示的是正态分布。 1）生成10个2到3之间的，服从均匀分布的随机数：runif(10,2,3)；服从正态分布的随机数：rnorm(10,2,3) 因为是随机的，所以每次的结阅读全文

posted @ 2018-08-03 15:47 发那个太丢人阅读(1633) 评论(0) 推荐(0) 编辑

第二章描述性统计

摘要： 2.1 描述定性数据的图形法和数值法定义2.1 类(或组)频数：落入这个类中的观测值的个数类(或组)相对频率：落入这个类中的观测值的个数相对于观测值总数的比例定性数据描述常用条形图和饼图条形图：给出每一类的频数(或频率)，长方形的高度或长度与类频数(或频率)成比例饼图：一个整圆分成几份，每阅读全文

posted @ 2018-08-01 20:57 发那个太丢人阅读(331) 评论(0) 推荐(0) 编辑

第一章：统计学概论

摘要： 1.1 ：统计学：数据的科学定义1.1 统计学：是数据的科学，包括数据的收集、分类、概括、整理、分析以及解释。统计学经常用于两种类型问题的解决： 1、概括，描述以及探索数据。（对应为描述性统计学） 2、利用样本数据推断被选取样本的数据集的性质。（对应为推断统计学）定义1.2 描述性统计学：致力阅读全文

posted @ 2018-07-29 22:57 发那个太丢人阅读(699) 评论(0) 推荐(0) 编辑

ubuntu中vim的设置

摘要：问题：刚安装的VIM中，backspace不能删除字符，且上下左右箭头没反应。解决方法： sudo vi /etc/vim/vimrc.tiny 修改 set compatible为set nocompatible 设置是否兼容添加 set backspace=2 设置 backspace可以删除阅读全文

posted @ 2018-07-27 16:52 发那个太丢人阅读(103) 评论(0) 推荐(0) 编辑

安装ubuntu系统

摘要：参考https://jingyan.baidu.com/article/3c48dd348bc005e10be358eb.html 1）下载最新版本地址：http://releases.ubuntu.com/18.04/ 2）下载并安装UltraISO软件，安装后插入U盘 3）然后打开软件，点击文件阅读全文

posted @ 2018-07-26 16:53 发那个太丢人阅读(154) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Ubuntu 18.04上安装R及Rstudio

摘要：安装R引用自：https://www.howtoing.com/how-to-install-r-on-ubuntu-18-04 安装Rstudio引用自：https://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/ 由于R是一个快速移动的项目，阅读全文

posted @ 2018-07-26 15:23 发那个太丢人阅读(4858) 评论(0) 推荐(1) 编辑

Ubuntu下Anaconda3的安装

摘要： 1）去https://www.anaconda.com/download/#download下载Anaconda安装文件（python3.6的版本）。 2）进入到Anaconda3-5.0.1-Linux-x86_64.sh文件所在的路径下，运行命令：sudo bash Anaconda3-5.0. 阅读全文

posted @ 2018-07-26 15:16 发那个太丢人阅读(1441) 评论(0) 推荐(0) 编辑

在Ubuntu上安装微信

摘要： 1) 从https://github.com/geeeeeeeeek/electronic-wechat/releases地址中下载 linux-x64.tar.gz文件到/opt/wechat文件夹 2) 然后解包到该文件夹: tar -zxvf ./electronic-wechat-linux 阅读全文

posted @ 2018-07-25 22:47 发那个太丢人阅读(195) 评论(0) 推荐(0) 编辑

HTTP Response Code 中文详解

摘要：引自：https://blog.csdn.net/lplj717/article/details/70053560 1xx - 信息提示这些状态代码表示临时的响应。客户端在收到常规响应之前，应准备接收一个或多个 1xx 响应。 · 100 - Continue 初始的请求已经接受，客户应当继续发送请阅读全文

posted @ 2018-07-18 14:53 发那个太丢人阅读(251) 评论(0) 推荐(0) 编辑

urllib.parse.urldefrag(url)的解释

摘要：引自https://www.cnblogs.com/ublue/articles/4471210.html 1、URL hash（片段标识符）任一带#的URL称为片段URL（通常称为URL hash）。#左边部分是浏览器可以下载的资源，#右边部分称为片段标识符，表示资源内的某一位置。举个例子：阅读全文

posted @ 2018-07-18 14:37 发那个太丢人阅读(268) 评论(0) 推荐(0) 编辑

极大似然估计

摘要：极大似然估计以前多次接触过极大似然估计，但一直都不太明白到底什么原理，最近在看贝叶斯分类，对极大似然估计有了新的认识，总结如下：贝叶斯决策首先来看贝叶斯分类，我们都知道经典的贝叶斯公式：其中：p(w)：为先验概率，表示每种类别分布的概率；：类条件概率，表示在某种类别前提下，某事发生的概率；而阅读全文

posted @ 2018-07-11 14:24 发那个太丢人阅读(313) 评论(0) 推荐(0) 编辑

多序列比对后可视化之texshade

摘要：一：准备工作 1）中文的 LaTeX - CTEX 2）LaTeX 的*.tex 的编辑工具-Texmarker 3）TEXshade宏包二：安装 1）直接双击运行下载的CTEX，安装过程中，可以不安装Ghostscript、GSview和WinEdt三个组件 2）双击安装Texmaker，直阅读全文

posted @ 2018-07-08 10:51 发那个太丢人阅读(1900) 评论(0) 推荐(0) 编辑

Musle比对软件（windows）

摘要：下载地址：http://www.drive5.com/muscle/downloads.htm 1）运行: win+R然后输入cmd，然后cd进入muscle目录 2) 比对: muscle3.8.31_i86win32.exe -in four_mioto.fasta -out four_miot 阅读全文

posted @ 2018-06-30 14:11 发那个太丢人阅读(692) 评论(0) 推荐(0) 编辑

windows本地blast

摘要：详细可参考https://www.jianshu.com/p/2f125cdf8262；https://blog.csdn.net/qq_34296043/article/details/54427786两篇文章 1）下载网址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/exe 阅读全文

posted @ 2018-06-29 19:26 发那个太丢人阅读(554) 评论(0) 推荐(0) 编辑

绘制pathway富集散点图

摘要：本文转载自http://www.omicshare.com/forum/forum.php?mod=viewthread&tid=146&extra=page%3D1%26filter%3Dtypeid%26typeid%3D18 library(ggplot2)pathway = read.tab 阅读全文

posted @ 2018-06-23 13:36 发那个太丢人阅读(689) 评论(0) 推荐(0) 编辑

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