摘要：
0、基本知识 正则12个元符号： backslash \ the caret ^ #match a position the dollar sign $ #matches at the end of the string， the period or dot . the vertical bar o
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posted @ 2019-04-17 15:26
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6.1、UPGMA 6.2、最小二乘(LS)法
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posted @ 2019-04-10 00:35
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5.1、系统发育树的种类 5.2、拓扑结构 5.3、构树方法
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posted @ 2019-04-08 21:57
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4.0、前言 估计同义突变和非同义替代发生的速率，比估计核苷酸替代数目要复杂的多。估算dS和dN,有很多种方法，归纳为三类：1、进化通经法；2、基于Kimura双参估计法；3、密码子替代模型的最大似然法 4.1、进化通经法 考虑2个DNA序列间每对同源密码子的所有可能进化通经，由此提出一种估算dS和
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posted @ 2019-04-07 17:20
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31、前言 3.1、两个序列间的核苷酸差异 来自同一祖先序列的两条后裔序列，之间的核苷酸的差异随着时间的增加而变大。简单的计量方法，p距离 3.2、核苷酸代替数的估计 3.3、Jukes和Cantor模型 该模型假定任一位点的核苷替代都已相同频率发生，且每一位点的核苷酸每年以α概率演变为其它任意3种
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posted @ 2019-04-06 19:21
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posted @ 2019-04-05 18:49
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posted @ 2019-04-05 00:45
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posted @ 2019-04-05 00:28
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posted @ 2019-03-28 10:00
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优秀文章： https://mp.weixin.qq.com/s?src=11×tamp=1554260729&ver=1523&signature=keeMF1gTq5PtTf6Vfz6VWughZtqPcwTEAGyDZiktR-JviXAMZna8oc*7y6peuLLf*pRvwE
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posted @ 2019-03-27 13:56
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1、查看前10行 head -10 file 2、查看后10行 tail -10 text 3、查看除了前10行之外的内容 tail -n +10 text 4、查看除了后10行之外的内容 head -n -10 text
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posted @ 2019-03-19 16:20
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posted @ 2019-03-11 21:08
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1、删除文件中的行（注意这样的话原始文件并没有发生变化，需要变化的话要加入-i参数） 2
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posted @ 2019-03-08 13:54
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posted @ 2019-02-27 22:55
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posted @ 2019-02-18 23:01
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1）介绍 linux中有三种标准输入输出，分别是STDIN，STDOUT，STDERR，对应的数字是0，1，2。 STDIN是标准输入，默认从键盘读取信息； STDOUT是标准输出，默认将输出结果输出至终端； STDERR是标准错误，默认将输出结果输出至终端。 由于STDOUT与STDERR都会默认
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posted @ 2019-02-17 23:06
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1、构建文件夹 2、状态 D 不可中断 Uninterruptible sleep (usually IO) R 正在运行，或在队列中的进程 S 处于休眠状态 T 停止或被追踪 Z 僵尸进程 W 进入内存交换（从内核2.6开始无效） X 死掉的进程< 高优先级 N 低优先级 L 有些页被锁进内存 s
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posted @ 2019-02-15 17:33
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posted @ 2019-02-14 13:59
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posted @ 2019-02-14 12:08
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posted @ 2019-02-09 20:40
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posted @ 2019-02-09 13:37
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:或者1、简单介绍 固定指数(FST)是一种由遗传结构决定的种群分化指标。它通常是由遗传多态性数据，如单核苷酸多态性(SNP)或微卫星估计。作为莱特f统计的一个特例，它是种群遗传学中最常用的统计方法之一。 2、Definition 两个最常用的FST定义是基于群体间等位基因频率的方差，以及由血统决定
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posted @ 2019-01-27 21:32
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1、GO资源简介 由于生物系统的惊人复杂性和需要分析的数据集的不断增加，生物医学研究越来越依赖于以可计算的形式存储的知识。基因本体论(GO)项目为基因功能和基因产物的可计算知识提供了目前最全面的资源。GO知识库由两个主要部分组成: 基因本体论Gene Ontology (GO),提供了生物功能(“术
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posted @ 2019-01-25 23:05
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1、简单介绍 BeeBase是一个在线生物信息学数据库，显示与Apis mellifera、欧洲蜜蜂以及一些病原体和其他物种有关的数据。它是与蜜蜂基因组测序联盟合作开发的。BeeBase是蜜蜂研究社区的一个综合序列数据源。目前寄主的基因组有蜜原Apis及其三种病原菌，以及Bombus terreli
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posted @ 2019-01-25 21:09
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posted @ 2019-01-25 13:58
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1、基本操作模式 awk 'BEGIN{ print "start" } pattern{ commands } END{ print "end" }' file 一个awk脚本通常由：BEGIN语句块、能够使用模式匹配的通用语句块、END语句块3部分组成，这三个部分是可选的。任意一个部分都可以不出
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posted @ 2019-01-21 15:47
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应用与： http://www.cnblogs.com/batteryhp/p/5232353.html 由于python中matplotlib包的画图功能比较基本，不怎么炫酷，所以想用R中的ggplot2来作图。用mysql作为数据中介，可以让python和R共享数据，这样数据处理起来能发挥各自优
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posted @ 2019-01-17 15:01
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posted @ 2019-01-15 14:49
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posted @ 2019-01-14 22:09
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1、taxonomy之简介 生物分类学是研究生物系统的一种强有力的组织原则。遗传、共同遗传的同源性以及在确定功能时保护序列和结构，这些都是生物学的中心思想，直接关系到任何一组生物体的进化史。因此，分类法在许多NCBI工具和数据库中扮演着重要的交联角色。NCBI分类法数据库是对GenBank中表示的所
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posted @ 2019-01-13 20:00
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1、基因系列中的data索引 2、基因ID之间的转换 对于生信，依托于别人的工具不如自己动手，由于研究发表的滞后性，往往很多工具提供的转换并不是最新的，况且开发者水平也参差不齐，理解原理才能让你来去自如。 今天主要记录几个ID转换的方式： 以果蝇为例 详细的了解阅读下面：ftp://ftp.ncbi
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posted @ 2019-01-13 19:20
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1、进入以下网址去下载 https://sourceforge.net/projects/npp-plugins/files/Hex%20Editor/Hex%20Editor%20Plugin%20v0.9.5/ 2、
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posted @ 2019-01-13 11:30
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1、数据库 orthodb数据： 2、odb10v0_levels.tab: 1. level NCBI taxonomy id 2. scientific name 3. total non-redundant count of genes in all underneath clustered
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posted @ 2019-01-12 16:56
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posted @ 2019-01-12 13:06
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http://www.tolweb.org/Arthropoda Hexapoda(六足类) Crustacea(甲壳类) Pauropoda(少脚纲) Myriapoda(多足类) Diplopoda(倍足纲) Chilopoda(唇足亚纲) Symphyla(综合纲) Arachnida(蛛形纲
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posted @ 2019-01-08 10:18
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1、随机变量( random variable)概念的引入 该数据来自杰克逊实验室。2组数据，每组12只老鼠，一组普通食物，另一组高脂肪(hf)饮食。几周后，科学家们称了每只老鼠的体重，得到了这个数据: 因此，食用hf的小鼠体重增加了10%我们做了什么?为什么我们需要p值和置信区间?原因是这些平均值
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posted @ 2019-01-06 21:44
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1、What is Maximum Likelihood? 极大似然是一种找到最可能解释一组观测数据的函数的方法。 在基本统计学中，通常给你一个模型来计算概率。例如，你可能被要求找出X大于2的概率，给定如下泊松分布:X ~ Poisson (2.4)。在这个例子中，已经给定了你泊松分布的参数 λ(2
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posted @ 2019-01-04 21:32
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数据库 IO类 统计类 描述性统计 回归（包括统计和机器学习） 假设检验 时间序列 生存分析 机器学习类 分类器 LDA、QDA SVM(支持向量机) 基于临近 贝叶斯 决策树 Assemble方法 聚类 关联规则 神经网络 概率图模型 文本、NLP 基本操作 主题模型 与其他分析/可视化/挖掘/报
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posted @ 2019-01-03 21:35
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摘要：
1、Wilcoxon Signed Rank Test Wilcoxon有符号秩检验(也称为Wilcoxon有符号秩和检验)是一种非参数检验。当统计数据中使用“非参数”一词时，并不意味着您对总体一无所知。这通常意味着总体数据没有正态分布。如果两个数据样本来自重复观察，那么它们是匹配的。利用Wilco
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posted @ 2019-01-03 21:06
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摘要：
1、What are “Parametric Statistics”? 统计中的参数指的是总体的一个方面，而不是统计中的一个方面，后者指的是样本的一个方面。例如，总体均值是一个参数，而样本均值是一个统计量。参数统计检验对总体参数和数据的分布进行假设。这些类型的测试包括学生的T测试和方差分析测试，假设
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posted @ 2019-01-02 21:33
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