01 2019 档案

• Fixation index
  摘要：:或者1、简单介绍 固定指数(FST)是一种由遗传结构决定的种群分化指标。它通常是由遗传多态性数据，如单核苷酸多态性(SNP)或微卫星估计。作为莱特f统计的一个特例，它是种群遗传学中最常用的统计方法之一。 2、Definition 两个最常用的FST定义是基于群体间等位基因频率的方差，以及由血统决定 阅读全文
  posted @ 2019-01-27 21:32 发那个太丢人 阅读(1526) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• GO注释
  摘要：1、GO资源简介 由于生物系统的惊人复杂性和需要分析的数据集的不断增加，生物医学研究越来越依赖于以可计算的形式存储的知识。基因本体论(GO)项目为基因功能和基因产物的可计算知识提供了目前最全面的资源。GO知识库由两个主要部分组成: 基因本体论Gene Ontology (GO),提供了生物功能(“术 阅读全文
  posted @ 2019-01-25 23:05 发那个太丢人 阅读(4776) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• beebase
  摘要：1、简单介绍 BeeBase是一个在线生物信息学数据库，显示与Apis mellifera、欧洲蜜蜂以及一些病原体和其他物种有关的数据。它是与蜜蜂基因组测序联盟合作开发的。BeeBase是蜜蜂研究社区的一个综合序列数据源。目前寄主的基因组有蜜原Apis及其三种病原菌，以及Bombus terreli 阅读全文
  posted @ 2019-01-25 21:09 发那个太丢人 阅读(369) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• R各种数据类型的转换
  摘要：1、列表转化为数据框 阅读全文
  posted @ 2019-01-25 13:58 发那个太丢人 阅读(364) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• awk
  摘要：1、基本操作模式 awk 'BEGIN{ print "start" } pattern{ commands } END{ print "end" }' file 一个awk脚本通常由：BEGIN语句块、能够使用模式匹配的通用语句块、END语句块3部分组成，这三个部分是可选的。任意一个部分都可以不出 阅读全文
  posted @ 2019-01-21 15:47 发那个太丢人 阅读(178) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• ggplot2
  摘要：应用与： http://www.cnblogs.com/batteryhp/p/5232353.html 由于python中matplotlib包的画图功能比较基本，不怎么炫酷，所以想用R中的ggplot2来作图。用mysql作为数据中介，可以让python和R共享数据，这样数据处理起来能发挥各自优 阅读全文
  posted @ 2019-01-17 15:01 发那个太丢人 阅读(181) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• 非模式物种的注释
  该文被密码保护。
  posted @ 2019-01-15 14:49 发那个太丢人 阅读(1921) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• org注释包
  摘要：1、注释包 阅读全文
  posted @ 2019-01-14 22:09 发那个太丢人 阅读(494) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• NCB之taxonomy系列
  摘要：1、taxonomy之简介 生物分类学是研究生物系统的一种强有力的组织原则。遗传、共同遗传的同源性以及在确定功能时保护序列和结构，这些都是生物学的中心思想，直接关系到任何一组生物体的进化史。因此，分类法在许多NCBI工具和数据库中扮演着重要的交联角色。NCBI分类法数据库是对GenBank中表示的所 阅读全文
  posted @ 2019-01-13 20:00 发那个太丢人 阅读(622) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• NCBI之gene系列
  摘要：1、基因系列中的data索引 2、基因ID之间的转换 对于生信，依托于别人的工具不如自己动手，由于研究发表的滞后性，往往很多工具提供的转换并不是最新的，况且开发者水平也参差不齐，理解原理才能让你来去自如。 今天主要记录几个ID转换的方式： 以果蝇为例 详细的了解阅读下面：ftp://ftp.ncbi 阅读全文
  posted @ 2019-01-13 19:20 发那个太丢人 阅读(2132) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• notepad++查看二进制文件
  摘要：1、进入以下网址去下载 https://sourceforge.net/projects/npp-plugins/files/Hex%20Editor/Hex%20Editor%20Plugin%20v0.9.5/ 2、 阅读全文
  posted @ 2019-01-13 11:30 发那个太丢人 阅读(3067) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• orthodb
  摘要：1、数据库 orthodb数据： 2、odb10v0_levels.tab: 1. level NCBI taxonomy id 2. scientific name 3. total non-redundant count of genes in all underneath clustered 阅读全文
  posted @ 2019-01-12 16:56 发那个太丢人 阅读(977) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• Genomic signatures of evolutionary transitions from solitary to group living（独居到社会性的转变）
  该文被密码保护。
  posted @ 2019-01-12 13:06 发那个太丢人 阅读(61) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• 昆虫
  摘要：http://www.tolweb.org/Arthropoda Hexapoda(六足类) Crustacea(甲壳类) Pauropoda(少脚纲) Myriapoda(多足类) Diplopoda(倍足纲) Chilopoda(唇足亚纲) Symphyla(综合纲) Arachnida(蛛形纲 阅读全文
  posted @ 2019-01-08 10:18 发那个太丢人 阅读(114) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• 用R理解统计学
  摘要：1、随机变量( random variable)概念的引入 该数据来自杰克逊实验室。2组数据，每组12只老鼠，一组普通食物，另一组高脂肪(hf)饮食。几周后，科学家们称了每只老鼠的体重，得到了这个数据: 因此，食用hf的小鼠体重增加了10%我们做了什么?为什么我们需要p值和置信区间?原因是这些平均值 阅读全文
  posted @ 2019-01-06 21:44 发那个太丢人 阅读(1787) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• Maximum Likelihood及Maximum Likelihood Estimation
  摘要：1、What is Maximum Likelihood? 极大似然是一种找到最可能解释一组观测数据的函数的方法。 在基本统计学中，通常给你一个模型来计算概率。例如，你可能被要求找出X大于2的概率，给定如下泊松分布:X ~ Poisson (2.4)。在这个例子中，已经给定了你泊松分布的参数 λ(2 阅读全文
  posted @ 2019-01-04 21:32 发那个太丢人 阅读(2040) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• R包和python对应的库
  摘要：数据库 IO类 统计类 描述性统计 回归（包括统计和机器学习） 假设检验 时间序列 生存分析 机器学习类 分类器 LDA、QDA SVM(支持向量机) 基于临近 贝叶斯 决策树 Assemble方法 聚类 关联规则 神经网络 概率图模型 文本、NLP 基本操作 主题模型 与其他分析/可视化/挖掘/报 阅读全文
  posted @ 2019-01-03 21:35 发那个太丢人 阅读(1760) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• Wilcoxon Signed Rank Test
  摘要：1、Wilcoxon Signed Rank Test Wilcoxon有符号秩检验(也称为Wilcoxon有符号秩和检验)是一种非参数检验。当统计数据中使用“非参数”一词时，并不意味着您对总体一无所知。这通常意味着总体数据没有正态分布。如果两个数据样本来自重复观察，那么它们是匹配的。利用Wilco 阅读全文
  posted @ 2019-01-03 21:06 发那个太丢人 阅读(23658) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• Parametric Statistics
  摘要：1、What are “Parametric Statistics”? 统计中的参数指的是总体的一个方面，而不是统计中的一个方面，后者指的是样本的一个方面。例如，总体均值是一个参数，而样本均值是一个统计量。参数统计检验对总体参数和数据的分布进行假设。这些类型的测试包括学生的T测试和方差分析测试，假设 阅读全文
  posted @ 2019-01-02 21:33 发那个太丢人 阅读(1380) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• Chi-Square Statistic/Distribution
  摘要：、 1、What is a Chi Square Test? 卡方检验有两种类型。两者使用卡方统计量和分布的目的不同。 第一种：卡方拟合优度检验确定样本数据是否与总体匹配。(这里不介绍) 第二种：独立性的卡方检验比较列联表中的两个变量，看看它们是否相关。在更一般的意义上，它测试分类变量的分布是否不同 阅读全文
  posted @ 2019-01-01 15:57 发那个太丢人 阅读(1752) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• Z-Score
  摘要：1、 What is a Z-Score? 简单地说，z分数就是数据距离均值有多少个标准差。但更严格地说，它衡量的是一个数值偏离总体均值以上或以下多少个标准差。z分数也称为标准分数，可以放在正态分布曲线上。z分数范围从-3个标准差(落在正态分布曲线的最左边)到+3个标准差(落在正态分布曲线的最右边) 阅读全文
  posted @ 2019-01-01 15:03 发那个太丢人 阅读(2119) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• T分布(T-Distribution)
  摘要：1、What is the T Distribution? T分布(也叫Student 's T分布)是一组与正态分布曲线几乎相同的分布，只是更短更胖一点。当有小样本时，使用t分布而不是正态分布。样本容量越大，t分布越接近正态分布。事实上，对于大于20的样本容量(如自由度)，其分布与正态分布几乎完全 阅读全文
  posted @ 2019-01-01 13:36 发那个太丢人 阅读(5499) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• Confidence Interval
  摘要：1、what is the Definition of a Confidence Interval? 置信区间是特定统计量的不确定性。置信区间通常有误差范围。它告诉你，你有多大的信心，从民意调查或调查的结果，反映出你会发现什么，如果有可能调查整个群体。置信区间与置信水平(confidence lev 阅读全文
  posted @ 2019-01-01 11:14 发那个太丢人 阅读(933) 评论(0) 推荐(1) 编辑