06 2018 档案

• Musle比对软件（windows）
  摘要：下载地址：http://www.drive5.com/muscle/downloads.htm 1）运行: win+R然后输入cmd，然后cd进入muscle目录 2) 比对: muscle3.8.31_i86win32.exe -in four_mioto.fasta -out four_miot 阅读全文
  posted @ 2018-06-30 14:11 发那个太丢人 阅读(693) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• windows本地blast
  摘要：详细可参考https://www.jianshu.com/p/2f125cdf8262；https://blog.csdn.net/qq_34296043/article/details/54427786两篇文章 1）下载网址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/exe 阅读全文
  posted @ 2018-06-29 19:26 发那个太丢人 阅读(554) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• 绘制pathway富集散点图
  摘要：本文转载自http://www.omicshare.com/forum/forum.php?mod=viewthread&tid=146&extra=page%3D1%26filter%3Dtypeid%26typeid%3D18 library(ggplot2)pathway = read.tab 阅读全文
  posted @ 2018-06-23 13:36 发那个太丢人 阅读(689) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• 计算相关性系数
  摘要：转自：http://www.omicshare.com/forum/thread-741-1-1.html 范例文件（txt）是一个20个样本，30个基因的表达量表格矩阵。每一行是1个基因，每一列对应1个样本。 这是一个典型的数据框文件。现在我要计算两两样本间的表达量的相关系数，并且对相关系数的结果 阅读全文
  posted @ 2018-06-23 11:56 发那个太丢人 阅读(1004) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• LPSN获取菌python脚本
  摘要：本文转载于https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzIxNzEzODA5NQ==&mid=2649373408&idx=1&sn=232c2cb36dfde647a5c1f5103d213ddd&chksm=8fe0cc20b897453613450906548a7344 阅读全文
  posted @ 2018-06-23 09:34 发那个太丢人 阅读(483) 评论(1) 推荐(0) 编辑
• 秩和检验
  摘要：转自http://wiki.mbalib.com/wiki/%E7%A7%A9%E5%92%8C%E6%A3%80%E9%AA%8C 什么是秩和检验 秩和检验方法最早是由维尔克松提出，叫维尔克松两样本检验法。后来曼—惠特尼将其应用到两样本容量不等（）的情况，因而又称为曼—惠特尼U检验。这种方法主要用 阅读全文
  posted @ 2018-06-20 14:00 发那个太丢人 阅读(1914) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• 用R包中heatmap画热图
  摘要：一：导入R包及需要画热图的数据 library(pheatmap) data<- read.table("F:/R练习/R测试数据/heatmapdata.txt",head = T,row.names=1,sep="\t") 二：画图 1）pheatmap(data)#默认参数 2）pheatma 阅读全文
  posted @ 2018-06-07 20:27 发那个太丢人 阅读(12271) 评论(4) 推荐(1) 编辑
• 用R画韦恩图
  摘要：#导入R包 library(grid)library(futile.logger)library(VennDiagram) #建立测试数据集 A = 1:150B = c(121:170,300:320)C = c(20:40,141:200)Length_A<-length(A)Length_B< 阅读全文
  posted @ 2018-06-04 20:04 发那个太丢人 阅读(346) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• 箱型图
  摘要：箱型图是在1977年由美国的统计学家约翰·图基(John Tukey)发明的。它由五个数值点组成：最小值(min)，下四分位数(Q1)，中位数(median)，上四分位数(Q3)，最大值(max)。也可 以往盒图里面加入平均值(mean)。如上图。下四分位数、中位数、上四分位数组成一个“带有隔间的盒 阅读全文
  posted @ 2018-06-01 14:00 发那个太丢人 阅读(548) 评论(0) 推荐(0) 编辑