群体遗传软件Genepop及格式转换软件PGDSpider的安装与使用

1、下载并安装genepop

wget http://kimura.univ-montp2.fr/%7Erousset/GenepopV4.tar.gz
gunzip GenepopV4.tar.gz
tar zxvf sources.tar.gz 
for i in {Genepop，bootstrap，conversions,CT_tests,F_est,GenepopS,HW_tests,multimig,proba,RGenepo,tools,settings};do g++ -std=c++11 -o $i *.cpp -O3;done

2、下载并安装PGDSpider（非常强大的格式转化文件）

是格式转换软件，而不是数据处理文件。注意，PGDSpider并不将整个输入文件加载到内存中，这可能会导致内存问题。但是，PGDSpider允许将这些NGS文件的特定子集转换为任何其他格式，并且这种方法可用于对大型NGS文件执行滑动窗口分析。

wget http://cmpg.unibe.ch/software/PGDSpider/PGDSpider_2.1.1.5.zip
unzip PGDSpider_2.1.1.5.zip
mv PGDSpider_2.1.1.5.zip  PGDSpider
chmod  755 PGDSpider2.sh
./PGDSpider2.sh
java -Xmx1024m -Xms512m -jar PGDSpider2.jar

3、