| PAUP | PAUP（简约法和其他方法的亲缘分析）是由简约法、最大似然法和距离法用于亲缘分析的程序，为系统发育分析提供一个简单的，带有菜单界面的，与平台无关的，拥有多种功能（包括进化树图）的程序。 |
| WINIPAUP 1.0 | PAUP软件WINDOWS介面软件。 |
| Phylip 3.695 | 进行进化树分析。它可以分析DNA与蛋白序列， 限制位点等，并可绘制进化树。程序含有许多选项可以精确控制与分析。 |
| TreeView 1.6.6 | 是用来生成与打印进化树的软件，它可以读取NEXUS与PHYLIP生成的进化树格式文件，生成进化树,并输出到打印机。 |
| GeneTree 1.3 | 是用来比较基因与种系进化树的程序。 |
| NDE 0.5.0 | NDE是用来编辑NEXUS格式文件的程序，见上TREEVIEW。 |
| TreeMap 3.0b | 用来可视地比较主、从进化树。 |
| Phyltools 1.32 | 是Phylogenetic Computer Tools的缩写，是一个与进化树软件Phylip共同使用的软件，用来计算与处理进化树数据的软件，包括RFLP、RAPD与AFLP数据。 |
| tree-puzzle 5.2 | 核酸序列、蛋白序列相似性分析及进化树构建工具。根据序列数据的最大相似性构建进化树，可对大量数据进行快速分析构建，程序还包含数个统计测试。解压后，有详细使用手册及程序源代码。 |
| Archaeopteryx 0.9813 | 是一个Java语言编写的工具，用来显示"New Hampshire"与NHX格式的进化树文件。 |
| TREECON 1.3b Demo | 是一个主要用来构建和绘制进化树的软件包，还可进行序列距离评估计算、文件格式转换等工作。演示版不能打印与存储，只能配合截图工具使用。 |
| COMPONENT 2.0 | 分析进化树免费软件。 |
| NJplot 2.4 | 一个小巧的显示进化树的免费软件。 |
| MEGA 5.2.2 | 免费分子进化遗传分析软件，也是文献中经常用到的软件。该版本对使用界面做了优化，并有多种统计学算法。 |
| TreeSAAP 3.2 | (Selection on Amino Acid Properties的缩写)蛋白序列进化分析软件。 |
| mesquite 2.75 | 进化分析软件，JAVA语言写成需要安装java环境。 |
| PAL 1.51 | Phylogenetic Analysis Library的首字母缩写，进化分析java程序库。 |
| Vanilla 1.2 | 使用PAL编写的进化分析命令行程序。 |
| SplitsTree 4.13.1 | JAVA程序编写的分析和显示进化数据软件。需要安装TCL/TK程序方可运行。 |
| TCS 1.21 | JAVA程序所写的进化网络分析软件。 |
| GEODIS 2.6 | 进化分析软件。 |
| RDP 4.46 Beta | 重组分析软件。 |
| FastME 2.0.7 | 非常快速精确的进化树软件。 |
| T-REX 4.01 | 进化树构建分析软件。 |
| FSTAT 2.9.3.2 | 基因差异分析软件。 |
| ProfDist 0.9.9Beta | 构建大进化树软件。 |
| STC 1.2 | 新的算法构建进化分析软件。 |
| PVT | Phylogenetic Visualization tool，进化树显示工具。 |
| PHASE 2.0 | PHylogenetics And Sequence Evolution的缩写，序列进化分析软件。 |
| BAMBE 4.01a | Bayesian Analysis in Molecular Biology and Evolution的缩写，分子生物进化分析软件。 |
| jMODELTEST 2.1.7 | 核苷酸替换DNA进化最优模型分析软件。 |
| ModelPie 1.01 | MODELTEST 的WINDOWS图形操作介面软件。 |
| Clann 3.2.2 | 以色列科学家编写进化树分析软件。 |
| Phylogenetic Independence 2.0 | 进化独立性分析软件。 |
| Jevtrace2 v3.16 | 需要到原始网站注册。JAVA语言写的进化分析软件。 |
| NimbleTree 2.6 | 需要到原始网站注册注册下载，建立进化树软件。 |
| Phyl-O-Gen 1.1 | 构建进化树软件。 |
| BEAST 2.2.1 | 贝叶斯进化分析软件。 |
| MESA 1.9.23 | (MacroEvolutionary analysis and SimulAtion) 宏进化分析和模拟软件。 |
| TreeJuxtaposer 2.1 | 进化树比较分析软件，JAVA语言编写。 |
| TreeExplorer 2.12 | 进化树绘制显示软件。 |
| TreeMe 07/2008 | 进化树生成和显示软件。 |
| DNATREE 1.3 | DNA序列进化分析软件。 |
| Genie 3.0 | (Genealogy Interval Explorer)系谱间隔分析软件，用于病毒基因或其它序列数据的进化分析。 |
| Pebble v1.0 | 进化分析软件； |
| ArboDraw 2006 | 进化树绘图软件 |
| MrBayes 3.2.5 | 进化树分析软件； |
| Network 4.613 | 进化树生成软件； |
| PhyDE 0.9971 | 进化数据编辑器； |
| PRAP 2.0b3 | Parsimony ratchet分析软件 |
| PPG 1.2.0 | 制作系统发育图谱软件。 |
| CopyCat 2.03 | 联合进化树分析工具 |
| Dendroscope 3.2.10 | 大进化树显示软件 |
| TreeGraph 2.4.0-456 beta | 进化树图编辑软件 |
| SeqState 1.41 | 进化DNA数据的引物设计序列统计软件 |
| CDTree 3.1 | 蛋白序列进化树分析绘图软件。 |
| TreeDyn 198.3 | 进化树分析动态作图标记软件。 |
| Baobab 3.31 | Java语言编写的大进化树编辑软件。 |
| Bosque 2.0 alpha | 增加图形化进化分析软件。 |
| DoubleTree 0.7 | 比较两个系统进化树软件。 |
| figtree 1.4.2 | 进化树图像显示软件。 |
| DensiTree 2.2.1 | 进化树集定量分析，后验分布显示工具软件。 |
| Leaphy 1.0 | 大相似算法maximum likelihood (ML)分析进化树软件。 |
| Phylodendron 0.8d | 进化树绘制软件 。 |
| RASP 3.2 | 系统发育祖先性状重构软件 |
转载自：https://mp.weixin.qq.com/s?src=3×tamp=1570280746&ver=1&signature=Jhpg4WnkVS8bztw9izdaxj4tivAh1vLAt*tE4A2sGbL-gvs7ovf52Ydgxk1RisVIaq1l1S536sxnDE7N21CEur3cAcSGL9WscnGSfO5LZoWR9t*WXCc6bcpfQpsjtT1v14XdRFHBBTN0HTmHNQyPuJV5NFixioFFqkiElodKtsg=
