随笔分类 -  分子进化与系统发育

• Bayesian 系统发育比较方法：以马尔可夫链方法研究离散特征演化模型
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• phytools画系统发育树
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• 系统发育树处理
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• figtre可视化
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• weblogo3
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  posted @ 2019-09-14 12:31 发那个太丢人 阅读(4) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• 序列比对及模型选择
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  posted @ 2019-09-12 17:44 发那个太丢人 阅读(7) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• 系统发育基本概念
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  posted @ 2019-04-27 08:17 发那个太丢人 阅读(15) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• 第六章 系统发育推断：距离法
  摘要：6.1、UPGMA 6.2、最小二乘(LS)法 阅读全文
  posted @ 2019-04-10 00:35 发那个太丢人 阅读(437) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• 第五章 系统发育树
  摘要：5.1、系统发育树的种类 5.2、拓扑结构 5.3、构树方法 阅读全文
  posted @ 2019-04-08 21:57 发那个太丢人 阅读(323) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• 第四章 同义与非同义的核苷酸替代
  摘要：4.0、前言 估计同义突变和非同义替代发生的速率，比估计核苷酸替代数目要复杂的多。估算dS和dN,有很多种方法，归纳为三类：1、进化通经法；2、基于Kimura双参估计法；3、密码子替代模型的最大似然法 4.1、进化通经法 考虑2个DNA序列间每对同源密码子的所有可能进化通经，由此提出一种估算dS和 阅读全文
  posted @ 2019-04-07 17:20 发那个太丢人 阅读(2793) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• 第三章，DNA序列的进化演变
  摘要：31、前言 3.1、两个序列间的核苷酸差异 来自同一祖先序列的两条后裔序列，之间的核苷酸的差异随着时间的增加而变大。简单的计量方法，p距离 3.2、核苷酸代替数的估计 3.3、Jukes和Cantor模型 该模型假定任一位点的核苷替代都已相同频率发生，且每一位点的核苷酸每年以α概率演变为其它任意3种 阅读全文
  posted @ 2019-04-06 19:21 发那个太丢人 阅读(1642) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• Signal, Noise, and Reliability in Molecular Phylogenetic Analyses
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  posted @ 2019-04-05 18:49 发那个太丢人 阅读(10) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• 进化
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  posted @ 2019-03-28 10:00 发那个太丢人 阅读(4) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• 昆虫分类
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  posted @ 2019-02-09 20:40 发那个太丢人 阅读(11) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• 第二章 氨基酸序列的进化演变
  摘要：1、导读 分子进化的重要原理如基因进化的重复进化(gene duplication)、分子钟等(moleculer clock)都是通过研究氨基酸序列发现的。 这里之所以先介绍氨基酸进化的原因： 1）比DNA序列更加保守 2）蛋白质编码基因的DNA序列的对位排列分析上，需要氨基酸序列矫正 3）氨基酸 阅读全文
  posted @ 2018-11-01 21:43 发那个太丢人 阅读(2764) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• 第一章 进化的分子基础
  摘要：1.1 生命之树 1、生物学家的梦想 一句话：构建生命之树。 2、方法与途径 最理想的途径是通过化石证据，然而化石之零散和不完整，因此大多数研究者转为比较形态学和比较生理学。通过这两个途径，基本可以得出有机体进化历史的主题框架。但是，形态及生理性状进化之复杂，不可能产生一副清晰的图像。 相比比较形态 阅读全文
  posted @ 2018-10-25 22:15 发那个太丢人 阅读(621) 评论(0) 推荐(0) 编辑