随笔分类 -  软件使用方法

• UCSC工具
  该文被密码保护。
  posted @ 2019-12-28 15:08 发那个太丢人 阅读(2) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• deeptools 处理bam文件
  该文被密码保护。
  posted @ 2019-12-27 23:42 发那个太丢人 阅读(13) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• 安装picard
  摘要：1、下载 wget https://github.com/broadinstitute/picard/releases/download/2.21.6/picard.jar alias picard='java -jar /home/share/biosoft/picard/picard.jar' 阅读全文
  posted @ 2019-12-20 22:46 发那个太丢人 阅读(1218) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• 处理NCBI-blast-taxon等，taxonkit ，csvtk及配套数据库
  该文被密码保护。
  posted @ 2019-12-20 16:11 发那个太丢人 阅读(13) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• guppy
  摘要：1、下载 wget https://mirror.oxfordnanoportal.com/software/analysis/ont-guppy-cpu_3.4.1_linux64.tar.gz 阅读全文
  posted @ 2019-12-16 21:03 发那个太丢人 阅读(749) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• 群体遗传软件Genepop及格式转换软件PGDSpider的安装与使用
  摘要：1、下载并安装genepop wget http://kimura.univ-montp2.fr/%7Erousset/GenepopV4.tar.gz gunzip GenepopV4.tar.gz tar zxvf sources.tar.gz for i in {Genepop，bootstr 阅读全文
  posted @ 2019-12-14 19:28 发那个太丢人 阅读(2355) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• nanopor软件列表
  摘要：1、软件 阅读全文
  posted @ 2019-12-05 11:19 发那个太丢人 阅读(86) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• bioawk
  摘要：https://github.com/lh3/bioawk 1、基本思想 使用： usage: bioawk [-F fs] [-v var=value] [-c fmt] [-tH] [-f progfile | 'prog'] [file ...] bioawk基本思想是把组成不同类型的文件（s 阅读全文
  posted @ 2019-11-15 12:39 发那个太丢人 阅读(205) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• 比对软件综述
  摘要：https://www.ecseq.com/support/ngs/what-is-the-best-ngs-alignment-software 阅读全文
  posted @ 2019-05-07 10:30 发那个太丢人 阅读(97) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• Mummer的用法
  该文被密码保护。
  posted @ 2019-04-25 10:58 发那个太丢人 阅读(7) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• blobtools工具的使用
  该文被密码保护。
  posted @ 2019-03-11 21:08 发那个太丢人 阅读(17) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• bedtools按照区间计算
  该文被密码保护。
  posted @ 2019-02-27 22:55 发那个太丢人 阅读(9) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• hmm 软件的使用
  摘要：1)使用HMM模型搜索序列数据库(以青蟹蛋白库为例，简写为qingxie.pep),同源参考序列(query.fas)hmmbuild： 用多重比对序列构建HMM模型；hmmsearch： 使用HMM模型搜索序列库；步骤1： 1、pfam下载多重比对文件的种子序列(PF02898_seed_NOS. 阅读全文
  posted @ 2018-08-30 10:53 发那个太丢人 阅读(3622) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• Seqtk/Seqkit软件简介
  该文被密码保护。
  posted @ 2018-08-29 11:45 发那个太丢人 阅读(75) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• bedtools简介及应用
  摘要：1)背景处理基因组数据中，比较基因组不同区域，例如寻找overlap等，是一种基本的且常见的问题。虽然UCSC 中‘Table Browser’或者Galaxy可以用来处理，但是当这些工具面对大的数据的时候就会显得力不从心。因此，需要一款快速、灵活的软件来批量处理数据集。 bedtools是一款用C 阅读全文
  posted @ 2018-08-28 11:36 发那个太丢人 阅读(2919) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• samtools软件的使用
  摘要：1）samtools简介 背景：前面我们讲过sam/bam格式，sam文件虽然是可读的文本文件形式，但是通常是非常大，因此一般会对其压缩来节省磁盘空间，且对于很多软件来说，相比于对sam文件，对bam文件进行处理更加有效。SAMtools 是一款优秀的用以解析、处理sam/bam格式文件的一种软件包 阅读全文
  posted @ 2018-08-27 10:37 发那个太丢人 阅读(1694) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• 多序列比对后可视化之texshade
  摘要：一 ：准备工作 1）中文的 LaTeX - CTEX 2）LaTeX 的*.tex 的编辑工具-Texmarker 3）TEXshade宏包 二：安装 1） 直接双击运行下载的CTEX，安装过程中，可以不安装Ghostscript、GSview和WinEdt三个组件 2）双击安装Texmaker，直 阅读全文
  posted @ 2018-07-08 10:51 发那个太丢人 阅读(1904) 评论(0) 推荐(0) 编辑