随笔分类 -  编程语言 / R

• R中直方图与密度密度图的区别
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  posted @ 2021-04-19 11:12 发那个太丢人 阅读(1) 评论(0) 推荐(0)
• 顽固R包之"sf"安装
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  posted @ 2021-04-12 17:11 发那个太丢人 阅读(0) 评论(0) 推荐(0)
• R颜色板及主题
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  posted @ 2021-01-22 16:24 发那个太丢人 阅读(0) 评论(0) 推荐(0)
• R中group_by函数理解
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  posted @ 2020-12-08 10:28 发那个太丢人 阅读(0) 评论(0) 推荐(0)
• R中unset画图
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  posted @ 2020-12-04 22:38 发那个太丢人 阅读(2) 评论(0) 推荐(0)
• 安装R包tidyverse 报错
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  posted @ 2020-11-27 17:39 发那个太丢人 阅读(0) 评论(0) 推荐(0)
• R群体
  摘要：1、vcfR BiocManager::install('vcfR') library('vcfR') library(pinfsc50) library(reshape2) library(ggplot2) vcf <- system.file('extdata','pinf_sc50.vcf.g 阅读全文
  posted @ 2020-03-09 19:52 发那个太丢人 阅读(188) 评论(0) 推荐(0)
• 图形分类
  摘要：1、棒棒糖图（LollipopChart） 棒棒糖图传达了跟柱形图或者条形图相同的信息，只是将矩形转变成线条，这样可减少展示空间，重点放过在数据点上，从而看起来更加简洁与美观。相对于柱形图与条形图，棒棒糖图更加适合数据量比较多的情况。图(a)为横向棒棒糖图，对应条形图；而如果是纵向棒棒糖图则对于柱形 阅读全文
  posted @ 2020-01-11 23:56 发那个太丢人 阅读(591) 评论(0) 推荐(0)
• R各种数据类型的转换
  摘要：1、列表转化为数据框 阅读全文
  posted @ 2019-01-25 13:58 发那个太丢人 阅读(391) 评论(0) 推荐(0)
• ggplot2
  摘要：应用与： http://www.cnblogs.com/batteryhp/p/5232353.html 由于python中matplotlib包的画图功能比较基本，不怎么炫酷，所以想用R中的ggplot2来作图。用mysql作为数据中介，可以让python和R共享数据，这样数据处理起来能发挥各自优 阅读全文
  posted @ 2019-01-17 15:01 发那个太丢人 阅读(205) 评论(0) 推荐(0)
• 非模式物种的注释
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  posted @ 2019-01-15 14:49 发那个太丢人 阅读(1921) 评论(0) 推荐(0)
• org注释包
  摘要：1、注释包 阅读全文
  posted @ 2019-01-14 22:09 发那个太丢人 阅读(689) 评论(0) 推荐(0)
• 用R进行统计学分析
  摘要：1、基本统计 summary函数:R中的summary函数根据输入的类提供输入的摘要。该函数根据输入对象的类调用各种函数。返回值也取决于输入对象。例如，如果输入是一个由数字数据组成的向量，它将为数据提供平均值、中值、最小值、最大值和四分位数，而如果输入是表格(数字)数据，它将为每一列提供类似的计算。 阅读全文
  posted @ 2018-12-30 20:23 发那个太丢人 阅读(972) 评论(0) 推荐(0)
• winsow下R及Rstuio下载及配置，及基本使用介绍
  摘要：1、R和Rstudio下载地址 https://cran.rstudio.com/a 2、Rstudio 的配置 外观、代码显示比例配置 选中tools 选中globle options 选中appearance 选择主题、缩放比例、字体、字体大小 华丽丽的分割线 3、R简介 执行特定功能最基本的是 阅读全文
  posted @ 2018-12-30 11:03 发那个太丢人 阅读(1441) 评论(0) 推荐(0)
• GEOquery
  摘要：1）介绍 来自NCBI的Gene Expression Omnibus（GEO）作为各种高通量实验数据的公共存储库。 这些数据包括基于单通道和双通道微阵列的实验，测量mRNA，基因组DNA和蛋白质丰度；以及非阵列技术，如基因表达系列分析（SAGE）和质谱蛋白质组学数据。 在GEO最基本的组织级别中， 阅读全文
  posted @ 2018-09-27 14:59 发那个太丢人 阅读(1083) 评论(0) 推荐(0)
• Gviz
  摘要：1) Introduction 为了理解基因组数据，通常旨在在基因组浏览器中绘制这样的数据，以及各种基因组注释特征，例如基因或转录物模型，CpG岛，重复区域等。这些功能可以从ENSEMBL或UCSC等公共数据库中提取，也可以在内部生成或策划。许多当前可用的基因组浏览器在显示基因组注释数据方面做了合理 阅读全文
  posted @ 2018-09-27 11:17 发那个太丢人 阅读(2125) 评论(0) 推荐(0)
• 用R包来下载sra数据
  摘要：1）介绍 我们用SRAdb library来对SRA数据进行处理。 SRAdb 可以更方便更快的接入 metadata associated with submission, 包括study, sample, experiment, and run. SRAdb 包通过 NCBI SRA数据库中的m 阅读全文
  posted @ 2018-09-21 17:05 发那个太丢人 阅读(3610) 评论(0) 推荐(0)
• Analyzing Microarray Data with R
  摘要：1) 熟悉CEL file 从 NCBI GEO (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE24460)下载GSE24460. 将得到一个 GSE24460_RAW.tar 文件，解压。产生CEL文件，包含各种信息。 如果不是从CEL 阅读全文
  posted @ 2018-09-20 15:49 发那个太丢人 阅读(1309) 评论(0) 推荐(0)
• IRanges package
  摘要：1）介绍 在分析序列时，我们通常对特定的连续子序列感兴趣。 例如，a矢量可以被认为是按字母顺序排列的小写字母序列。 我们将第一个五个字母（a到e）称为连续的子序列，而仅包含元音的子序列不会是连续的。 分析任务仅关注区域的几何形状，而忽略基础序列值的情况并不少见。 索引列表是选择子序列的简单方法。 然 阅读全文
  posted @ 2018-09-20 10:14 发那个太丢人 阅读(324) 评论(0) 推荐(0)
• airway之workflow
  摘要：1）airway简介 在该workflow中，所用的数据集来自RNA-seq，气道平滑肌细胞(airway smooth muscle cells )用氟美松（糖皮质激素，抗炎药）处理。例如，哮喘患者使用糖皮质激素来减少呼吸道炎症，在该实验设计中，4种细胞类型(airway smooth muscl 阅读全文
  posted @ 2018-09-19 10:12 发那个太丢人 阅读(2560) 评论(0) 推荐(0)