随笔分类 -  数据库介绍

• 物候学与生态位模拟
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  posted @ 2021-04-27 10:37 发那个太丢人 阅读(0) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• mysql
  摘要：优秀文章： https://mp.weixin.qq.com/s?src=11&timestamp=1554260729&ver=1523&signature=keeMF1gTq5PtTf6Vfz6VWughZtqPcwTEAGyDZiktR-JviXAMZna8oc*7y6peuLLf*pRvwE 阅读全文
  posted @ 2019-03-27 13:56 发那个太丢人 阅读(101) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• 基因组数据库
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  posted @ 2019-02-14 12:08 发那个太丢人 阅读(5) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• GO注释
  摘要：1、GO资源简介 由于生物系统的惊人复杂性和需要分析的数据集的不断增加，生物医学研究越来越依赖于以可计算的形式存储的知识。基因本体论(GO)项目为基因功能和基因产物的可计算知识提供了目前最全面的资源。GO知识库由两个主要部分组成: 基因本体论Gene Ontology (GO),提供了生物功能(“术 阅读全文
  posted @ 2019-01-25 23:05 发那个太丢人 阅读(4776) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• beebase
  摘要：1、简单介绍 BeeBase是一个在线生物信息学数据库，显示与Apis mellifera、欧洲蜜蜂以及一些病原体和其他物种有关的数据。它是与蜜蜂基因组测序联盟合作开发的。BeeBase是蜜蜂研究社区的一个综合序列数据源。目前寄主的基因组有蜜原Apis及其三种病原菌，以及Bombus terreli 阅读全文
  posted @ 2019-01-25 21:09 发那个太丢人 阅读(369) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• NCB之taxonomy系列
  摘要：1、taxonomy之简介 生物分类学是研究生物系统的一种强有力的组织原则。遗传、共同遗传的同源性以及在确定功能时保护序列和结构，这些都是生物学的中心思想，直接关系到任何一组生物体的进化史。因此，分类法在许多NCBI工具和数据库中扮演着重要的交联角色。NCBI分类法数据库是对GenBank中表示的所 阅读全文
  posted @ 2019-01-13 20:00 发那个太丢人 阅读(622) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• NCBI之gene系列
  摘要：1、基因系列中的data索引 2、基因ID之间的转换 对于生信，依托于别人的工具不如自己动手，由于研究发表的滞后性，往往很多工具提供的转换并不是最新的，况且开发者水平也参差不齐，理解原理才能让你来去自如。 今天主要记录几个ID转换的方式： 以果蝇为例 详细的了解阅读下面：ftp://ftp.ncbi 阅读全文
  posted @ 2019-01-13 19:20 发那个太丢人 阅读(2132) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• orthodb
  摘要：1、数据库 orthodb数据： 2、odb10v0_levels.tab: 1. level NCBI taxonomy id 2. scientific name 3. total non-redundant count of genes in all underneath clustered 阅读全文
  posted @ 2019-01-12 16:56 发那个太丢人 阅读(977) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• KEGG下载某物种最新的版本信息（斑马鱼,蜜蜂为例）
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  posted @ 2018-09-12 18:04 发那个太丢人 阅读(621) 评论(0) 推荐(1) 编辑
• KEGG数据库介绍
  摘要：1、KEGG简介 KEGG 数据库于 1995 年由 Kanehisa Laboratories 推出 0.1 版，目前发展为一个综合性数据库，其中最核心的为 KEGG PATHWAY 和 KEGG ORTHOLOGY 数据库。在 KEGG ORTHOLOGY 数据库中，将行使相同功能的基因聚在一起 阅读全文
  posted @ 2018-09-12 11:13 发那个太丢人 阅读(8736) 评论(0) 推荐(1) 编辑
• ensembl数据库的使用方法
  摘要：1）下载各种数据bam、gtf、fasta、ded等的地址 ftp://ftp.ensembl.org/../pub/release-93/ 阅读全文
  posted @ 2018-08-29 10:21 发那个太丢人 阅读(1306) 评论(0) 推荐(0) 编辑
• OTU（operational taxonomic units），即操作分类单元
  摘要：转自http://www.dxy.cn/bbs/topic/35655953 1、OTU是什么？ OTU（operational taxonomic units），即操作分类单元。通过一定的距离度量方法计算两两不同序列之间的距离度量或相似性，继而设置特定的分类阈值，获得同一阈值下的距离矩阵，进行聚类 阅读全文
  posted @ 2018-05-28 10:32 发那个太丢人 阅读(18457) 评论(0) 推荐(0) 编辑