摘要： 最近几天setup已经成功了。说说mini、solvation和equilibrium minimization是能量最小化，运行之后相比于之前H的坐标发生改变，达到能量最小的状态。但是我的经历总是那么不顺。mini之后我的首尾出问题了，原子之间夹在一起。 导师叫我改了一下inp：define he 阅读全文

摘要： 1，底物的计算，计算其电荷，设置计算方法，读取的电荷一定是esp电荷，guassview可以查看 2，RTF的准备，编辑，细节很重要 3，PRM。这个可以去Charmm的gui网站上去试一下，具体操作访问Youtube的视频教程 4，体系的文件拆分，包括酶、水分子、底物。这些文件都要对齐格式，我就是 阅读全文

摘要： 一天了。我还在原地踏步，charmm一点没有哦给面子，我也不知道哪里出错了。很烦人。 我的自控力不是很好，最近控制不住自己，喜欢玩，玩完之后就觉得很浪费时间，要做出改变啊大哥。今天又是失败的一天。晚上继续抓紧时间吧，11点再睡。 阅读全文