2024年11月4日

计算两个相似结构的rmsd

摘要： pymol加载两个结构，align一下。 rms_residue = cmd.rms_cur("chainblii and resid 16", "chainbsi and resid 16") print("RMSD for residue 28:", rms_residue, "Å") 阅读全文

posted @ 2024-11-04 03:03 Jon苏微阅读(3) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2024年6月12日

山重水复仍没路

摘要：最近课题做得心态真的崩了，体系真的很不给力。其实我觉得动力学结果是对的，可是导师觉得不对。哎，我很苦恼，也无所适从。只是煎熬着过着每一天。没有了刚来伦敦时的快乐了。也不知道什么时候能够把课题出现的问题找出来。。。。希望上天能给点力量，加油赶快进行下一步吧。有空好好整理一下杂乱的心态。阅读全文

posted @ 2024-06-12 01:31 Jon苏微阅读(6) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2020年8月16日

Anaconda 虚拟环境管理

摘要： env_name这是一个文件夹，在envs里面有：home/sc52174/anaconda3/envs 阅读全文

posted @ 2020-08-16 12:05 Jon苏微阅读(110) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2020年7月22日

做课题也要保持清醒

摘要：从端午节到现在，我的课题研究工作几乎是白做了。原因是QM Region选错了。选错的原因是肽键断裂那里。注意要是C-C键断裂，而不是C-N键断裂。所以选QM区要十分注意。还有就是很基础的事1bohr=0.5292A。所以固定优化时那个值还是要改变，注意细节。也是有点内疚。导师告诉我要多思考，思绪阅读全文

posted @ 2020-07-22 20:51 Jon苏微阅读(109) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2020年7月14日

Rosetta中准备配体的参数文件

摘要：它这个类似charmm里的prm。不过这个Rosetta可以自动帮你生成prm。 1、从pdb中获得配体。（这一步我不是很会，不过可以用高斯view进行一个结构优化得到配体） 2、进行加H步骤，实际上就是H优化，这一步也是可以用高斯来进行，直接优化结构。 3、使用molfile—to—param.p 阅读全文

posted @ 2020-07-14 18:20 Jon苏微阅读(406) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2020年7月12日

pymol安装

摘要：今天安装一天的pymol，其实问题就在于自己python版本用得太高了。一定要匹配。安装教程来源于知乎要提前具有Anaconda、python3.6和对应3.6的pymol-win-cp36.whl 中间用windowspower shell来运行。以后还是想在linux上做东西。所以下次有阅读全文

posted @ 2020-07-12 21:12 Jon苏微阅读(1018) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2020年7月11日

chemshell的creation之后

摘要： #chemshell creation# creation之后就是将control文件正常修改，然后将chm文件的read control这里修改为yes。修改完之后将control、alpha、beta文件一并放入新的文件夹，再次进行chm的运行，这次就直接读取自旋和轨道等等，可以适当检查一下文阅读全文

posted @ 2020-07-11 19:35 Jon苏微阅读(152) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2020年7月3日

关于KIE的一点认识

摘要：上周组会恰好谈到同位素效应，我记录一下KIE的认识，后续再将文献中的KIE知识补充进来。定义： KIE的分类: 研究意义：阅读全文

posted @ 2020-07-03 12:06 Jon苏微阅读(1349) 评论(1) 推荐(0) 编辑

2020年6月30日

chemshell运行记录

摘要：先建立creation.chm文件，然后修改的时候你会知道需要编辑一个inp文件，inp文件是用charmm读取的，脚本还是charmm。名字要都改过来。脚本其他的就不用改了。重新建立的文件夹如下图：其中.c、.etcl、save_三个文件是输出的。在这里需要将四个文件放入主目录读取：prm、r 阅读全文

posted @ 2020-06-30 12:48 Jon苏微阅读(316) 评论(0) 推荐(0) 编辑

2020年6月26日

对于chemshell的学习

摘要：下一步应该就开始学习chemshell了。今天记录一下了解： chemshell相当于一个平台。 QM/MM的计算是对QM区域和MM区域同时进行计算的，DL-POLY和高斯之间可能没有给对方留接口，意思就是你想用高斯算QM，想用DL-POLY算MM是行不通的，也就是说DL-POLY和高斯不能同时使用阅读全文

posted @ 2020-06-26 17:36 Jon苏微阅读(1156) 评论(1) 推荐(0) 编辑