TensorFlow queue多线程读取数据

一、tensorflow读取机制图解

我们必须要把数据先读入后才能进行计算，假设读入用时0.1s，计算用时0.9s，那么就意味着每过1s，GPU都会有0.1s无事可做，这就大大降低了运算的效率。

解决这个问题方法就是将读入数据和计算分别放在两个线程中，将数据读入内存的一个队列，如下图所示：

读取线程源源不断地将文件系统中的图片读入到一个内存的队列中，而负责计算的是另一个线程，计算需要数据时，直接从内存队列中取就可以了。这样就可以解决GPU因为IO而空闲的问题！

在tensorflow中，为了方便管理，在内存队列前又添加了一层所谓的“文件名队列”。tensorflow使用文件名队列+内存队列双队列的形式读入文件，可以很好地管理epoch。下面我们用图片的形式来说明这个机制的运行方式。

 

如果再尝试读入，系统由于检测到了“结束”，就会自动抛出一个异常（OutOfRange）。外部捕捉到这个异常后就可以结束程序了。这就是tensorflow中读取数据的基本机制。

二、tensorflow读取数据机制的对应函数

对于文件名队列，我们使用tf.train.string_input_producer函数。这个函数需要传入一个文件名list，系统会自动将它转为一个文件名队列。tf.train.string_input_producer还有两个重要的参数，一个是num_epochs，表示epoch数。另外一个就是shuffle是指在一个epoch内文件的顺序是否被打乱。

在tensorflow中，内存队列不需要我们自己建立，我们只需要使用reader对象从文件名队列中读取数据就可以了。

在我们使用tf.train.string_input_producer创建文件名队列后，整个系统其实还是处于“停滞状态”的，也就是说，我们文件名并没有真正被加入到队列中，此时如果我们开始计算，因为内存队列中什么也没有，计算单元就会一直等待，导致整个系统被阻塞。使用tf.train.start_queue_runners之后，才会启动填充队列的线程，这时系统就不再“停滞”。此后计算单元就可以拿到数据并进行计算，整个程序也就跑起来了。

reader每次读取一张图片并保存。

import tensorflow as tf 

# 新建一个Session
with tf.Session() as sess:
    # 我们要读三幅图片A.jpg, B.jpg, C.jpg
    filename = ['A.jpg', 'B.jpg', 'C.jpg']
    # string_input_producer会产生一个文件名队列
    filename_queue = tf.train.string_input_producer(filename, shuffle=False, num_epochs=5)
    # reader从文件名队列中读数据。对应的方法是reader.read
    reader = tf.WholeFileReader()
    key, value = reader.read(filename_queue)
    # tf.train.string_input_producer定义了一个epoch变量，要对它进行初始化
    tf.local_variables_initializer().run()
    # 使用start_queue_runners之后，才会开始填充队列
    threads = tf.train.start_queue_runners(sess=sess)
    i = 0
    while True:
        i += 1
        # 获取图片数据并保存
        image_data = sess.run(value)
        with open('read/test_%d.jpg' % i, 'wb') as f:
            f.write(image_data)

三个概念：

• Queue是TF队列和缓存机制的实现
• QueueRunner是TF中对操作Queue的线程的封装
• Coordinator是TF中用来协调线程运行的工具

Queue：

• tf.FIFOQueue 按入列顺序出列的队列
• tf.RandomShuffleQueue 随机顺序出列的队列
• tf.PaddingFIFOQueue 以固定长度批量出列的队列
• tf.PriorityQueue 带优先级出列的队列

创建函数的参数：

tf.FIFOQueue(capacity, dtypes, shapes=None, names=None ...)

Queue主要包含入列（enqueue）和出列（dequeue）两个操作。enqueue操作返回计算图中的一个Operation节点，dequeue操作返回一个Tensor值。Tensor在创建时同样只是一个定义（或称为“声明”），需要放在Session中运行才能获得真正的数值。

import tensorflow as tf
tf.InteractiveSession()

q = tf.FIFOQueue(2, "float")
init = q.enqueue_many(([0,0],))

x = q.dequeue()
y = x+1
q_inc = q.enqueue([y])

init.run()
q_inc.run()
q_inc.run()
q_inc.run()
x.eval()  # 返回1
x.eval()  # 返回2
x.eval()  # 卡住

QueueRunner
Tensorflow的计算主要在使用CPU/GPU和内存，而数据读取涉及磁盘操作，速度远低于前者操作。因此通常会使用多个线程读取数据，然后
使用一个线程消费数据，QueueRunner就是来管理这些读写队列的线程。

import tensorflow as tf  
import sys  
q = tf.FIFOQueue(10, "float")  
counter = tf.Variable(0.0)  #计数器
# 给计数器加一
increment_op = tf.assign_add(counter, 1.0)
# 将计数器加入队列
enqueue_op = q.enqueue(counter)

# 创建QueueRunner
# 用多个线程向队列添加数据
# 这里实际创建了4个线程，两个增加计数，两个执行入队
qr = tf.train.QueueRunner(q, enqueue_ops=[increment_op, enqueue_op] * 2)

# 主线程
sess = tf.InteractiveSession()
tf.global_variables_initializer().run()
# 启动入队线程
qr.create_threads(sess, start=True)
for i in range(20):
    print (sess.run(q.dequeue()))

增加计数的进程会不停的后台运行，执行入队的进程会先执行10次（因为队列长度只有10），然后主线程开始消费数据，当一部分数据消费被后，入队的进程又会开始执行。最终主线程消费完20个数据后停止，但其他线程继续运行，程序不会结束。

Coordinator：

用来保存线程组运行状态的协调器对象

import tensorflow as tf
import threading, time

# 子线程函数
def loop(coord, id):
    t = 0
    while not coord.should_stop():
        print(id)
        time.sleep(1)
        t += 1
        # 只有1号线程调用request_stop方法
        if (t >= 2 and id == 1):
            coord.request_stop()

# 主线程
coord = tf.train.Coordinator()
# 使用Python API创建10个线程
threads = [threading.Thread(target=loop, args=(coord, i)) for i in range(10)]

# 启动所有线程，并等待线程结束
for t in threads: t.start()
coord.join(threads)

所有的子线程执行完两个周期后都会停止，主线程会等待所有子线程都停止后结束，从而使整个程序结束。由此可见，只要有任何一个线程调用了Coordinator的request_stop方法，所有的线程都可以通过should_stop方法感知并停止当前线程。

ALL：

第一种，显式的创建QueueRunner，然后调用它的create_threads方法启动线程。例如下面这段代码：

import tensorflow as tf

# 1000个4维输入向量，每个数取值为1-10之间的随机数
data = 10 * np.random.randn(1000, 4) + 1
# 1000个随机的目标值，值为0或1
target = np.random.randint(0, 2, size=1000)

# 创建Queue，队列中每一项包含一个输入数据和相应的目标值
queue = tf.FIFOQueue(capacity=50, dtypes=[tf.float32, tf.int32], shapes=[[4], []])

# 批量入列数据（这是一个Operation）
enqueue_op = queue.enqueue_many([data, target])
# 出列数据（这是一个Tensor定义）
data_sample, label_sample = queue.dequeue()

# 创建包含4个线程的QueueRunner
qr = tf.train.QueueRunner(queue, [enqueue_op] * 4)

with tf.Session() as sess:
    # 创建Coordinator
    coord = tf.train.Coordinator()
    # 启动QueueRunner管理的线程
    enqueue_threads = qr.create_threads(sess, coord=coord, start=True)
    # 主线程，消费100个数据
    for step in range(100):
        if coord.should_stop():
            break
        data_batch, label_batch = sess.run([data_sample, label_sample])
    # 主线程计算完成，停止所有采集数据的进程
    coord.request_stop()
    coord.join(enqueue_threads)

第二种，使用全局的start_queue_runners方法启动线程。

在这个例子中，tf.train.string_input_produecer将一个隐含的QueueRunner添加到全局图中，类似的操作还有tf.train.shuffle_batch等）。由于没有显式地返回QueueRunner来用create_threads启动线程，这里用tf.train.start_queue_runners方法直接启动tf.GraphKeys.QUEUE_RUNNERS集合中的所有队列线程。

import tensorflow as tf

# 同时打开多个文件，显示创建Queue，同时隐含了QueueRunner的创建
filename_queue = tf.train.string_input_producer(["data1.csv","data2.csv"])
reader = tf.TextLineReader(skip_header_lines=1)
# Tensorflow的Reader对象可以直接接受一个Queue作为输入
key, value = reader.read(filename_queue)

with tf.Session() as sess:
    coord = tf.train.Coordinator()
    # 启动计算图中所有的队列线程
    threads = tf.train.start_queue_runners(coord=coord)
    # 主线程，消费100个数据
    for _ in range(100):
        features, labels = sess.run([data_batch, label_batch])
    # 主线程计算完成，停止所有采集数据的进程
    coord.request_stop()
    coord.join(threads)

这两种方式在效果上是等效的

import pandas as pd
import numpy as np
import tensorflow as tf


def generate_data():
    num = 25
    label = np.asarray(range(0, num))
    images = np.random.random([num, 5])
    print('label size :{}, image size {}'.format(label.shape, images.shape))
    return images,label

def get_batch_data():
    images, label = generate_data()
    input_queue = tf.train.slice_input_producer([images, label], shuffle=False,num_epochs=2)
    image_batch, label_batch = tf.train.batch(input_queue, batch_size=5, num_threads=1, capacity=64,allow_smaller_final_batch=False)
    return image_batch,label_batch


images,label = get_batch_data()
sess = tf.Session()
sess.run(tf.global_variables_initializer())
sess.run(tf.local_variables_initializer())#这一行必须加，因为slice_input_producer的原因
coord = tf.train.Coordinator()
threads = tf.train.start_queue_runners(sess,coord)
try:
    while not coord.should_stop():
        i,l = sess.run([images,label])
        print(i)
        print(l)
except tf.errors.OutOfRangeError:
    print('Done training')
finally:
    coord.request_stop()
coord.join(threads)
sess.close()

使用队列机制不需要 feed_dict，不再浪费内存，并提高GPU的利用率，节省训练时间

 

文件准备

1 2 3 4 5 6 7

$ echo -e "Alpha1,A1\nAlpha2,A2\nAlpha3,A3" > A.csv $ echo -e "Bee1,B1\nBee2,B2\nBee3,B3" > B.csv $ echo -e "Sea1,C1\nSea2,C2\nSea3,C3" > C.csv $ cat A.csv Alpha1,A1 Alpha2,A2 Alpha3,A3

单个Reader，单个样本

import tensorflow as tf
# 生成一个先入先出队列和一个QueueRunner
filenames = ['A.csv', 'B.csv', 'C.csv']
filename_queue = tf.train.string_input_producer(filenames, shuffle=False)
# 定义Reader
reader = tf.TextLineReader()
key, value = reader.read(filename_queue)
# 定义Decoder
example, label = tf.decode_csv(value, record_defaults=[['null'], ['null']])
# 运行Graph
with tf.Session() as sess:
    coord = tf.train.Coordinator()  #创建一个协调器，管理线程
    threads = tf.train.start_queue_runners(coord=coord)  #启动QueueRunner, 此时文件名队列已经进队。
    for i in range(10):
        print example.eval()   #取样本的时候，一个Reader先从文件名队列中取出文件名，读出数据，Decoder解析后进入样本队列。
    coord.request_stop()
    coord.join(threads)
# outpt
Alpha1
Alpha2
Alpha3
Bee1
Bee2
Bee3
Sea1
Sea2
Sea3
Alpha1

 

单个Reader，多个样本

import tensorflow as tf
filenames = ['A.csv', 'B.csv', 'C.csv']
filename_queue = tf.train.string_input_producer(filenames, shuffle=False)
reader = tf.TextLineReader()
key, value = reader.read(filename_queue)
example, label = tf.decode_csv(value, record_defaults=[['null'], ['null']])
# 使用tf.train.batch()会多加了一个样本队列和一个QueueRunner。Decoder解后数据会进入这个队列，再批量出队。
# 虽然这里只有一个Reader，但可以设置多线程，相应增加线程数会提高读取速度，但并不是线程越多越好。
example_batch, label_batch = tf.train.batch(
      [example, label], batch_size=5)
with tf.Session() as sess:
    coord = tf.train.Coordinator()
    threads = tf.train.start_queue_runners(coord=coord)
    for i in range(10):
        print example_batch.eval()
    coord.request_stop()
    coord.join(threads)
# output
# ['Alpha1' 'Alpha2' 'Alpha3' 'Bee1' 'Bee2']
# ['Bee3' 'Sea1' 'Sea2' 'Sea3' 'Alpha1']
# ['Alpha2' 'Alpha3' 'Bee1' 'Bee2' 'Bee3']
# ['Sea1' 'Sea2' 'Sea3' 'Alpha1' 'Alpha2']
# ['Alpha3' 'Bee1' 'Bee2' 'Bee3' 'Sea1']
# ['Sea2' 'Sea3' 'Alpha1' 'Alpha2' 'Alpha3']
# ['Bee1' 'Bee2' 'Bee3' 'Sea1' 'Sea2']
# ['Sea3' 'Alpha1' 'Alpha2' 'Alpha3' 'Bee1']
# ['Bee2' 'Bee3' 'Sea1' 'Sea2' 'Sea3']
# ['Alpha1' 'Alpha2' 'Alpha3' 'Bee1' 'Bee2']

 

多Reader，多个样本

import tensorflow as tf
filenames = ['A.csv', 'B.csv', 'C.csv']
filename_queue = tf.train.string_input_producer(filenames, shuffle=False)
reader = tf.TextLineReader()
key, value = reader.read(filename_queue)
record_defaults = [['null'], ['null']]
example_list = [tf.decode_csv(value, record_defaults=record_defaults)
                  for _ in range(2)]  # Reader设置为2
# 使用tf.train.batch_join()，可以使用多个reader，并行读取数据。每个Reader使用一个线程。
example_batch, label_batch = tf.train.batch_join(
      example_list, batch_size=5)
with tf.Session() as sess:
    coord = tf.train.Coordinator()
    threads = tf.train.start_queue_runners(coord=coord)
    for i in range(10):
        print example_batch.eval()
    coord.request_stop()
    coord.join(threads)
    
# output
# ['Alpha1' 'Alpha2' 'Alpha3' 'Bee1' 'Bee2']
# ['Bee3' 'Sea1' 'Sea2' 'Sea3' 'Alpha1']
# ['Alpha2' 'Alpha3' 'Bee1' 'Bee2' 'Bee3']
# ['Sea1' 'Sea2' 'Sea3' 'Alpha1' 'Alpha2']
# ['Alpha3' 'Bee1' 'Bee2' 'Bee3' 'Sea1']
# ['Sea2' 'Sea3' 'Alpha1' 'Alpha2' 'Alpha3']
# ['Bee1' 'Bee2' 'Bee3' 'Sea1' 'Sea2']
# ['Sea3' 'Alpha1' 'Alpha2' 'Alpha3' 'Bee1']
# ['Bee2' 'Bee3' 'Sea1' 'Sea2' 'Sea3']
# ['Alpha1' 'Alpha2' 'Alpha3' 'Bee1' 'Bee2']

 


tf.train.batch与tf.train.shuffle_batch函数是单个Reader读取，但是可以多线程。tf.train.batch_join与tf.train.shuffle_batch_join可设置多Reader读取，每个Reader使用一个线程。至于两种方法的效率，单Reader时，2个线程就达到了速度的极限。多Reader时，2个Reader就达到了极限。所以并不是线程越多越快，甚至更多的线程反而会使效率下降。

迭代控制

filenames = ['A.csv', 'B.csv', 'C.csv']
filename_queue = tf.train.string_input_producer(filenames, shuffle=False, num_epochs=3)  # num_epoch: 设置迭代数
reader = tf.TextLineReader()
key, value = reader.read(filename_queue)
record_defaults = [['null'], ['null']]
example_list = [tf.decode_csv(value, record_defaults=record_defaults)
                  for _ in range(2)]
example_batch, label_batch = tf.train.batch_join(
      example_list, batch_size=5)
init_local_op = tf.initialize_local_variables()
with tf.Session() as sess:
    sess.run(init_local_op)   # 初始化本地变量 
    coord = tf.train.Coordinator()
    threads = tf.train.start_queue_runners(coord=coord)
    try:
        while not coord.should_stop():
            print example_batch.eval()
    except tf.errors.OutOfRangeError:
        print('Epochs Complete!')
    finally:
        coord.request_stop()
    coord.join(threads)
    coord.request_stop()
    coord.join(threads)
# output
# ['Alpha1' 'Alpha2' 'Alpha3' 'Bee1' 'Bee2']
# ['Bee3' 'Sea1' 'Sea2' 'Sea3' 'Alpha1']
# ['Alpha2' 'Alpha3' 'Bee1' 'Bee2' 'Bee3']
# ['Sea1' 'Sea2' 'Sea3' 'Alpha1' 'Alpha2']
# ['Alpha3' 'Bee1' 'Bee2' 'Bee3' 'Sea1']
# Epochs Complete!

 

参考自：在迭代控制中，记得添加tf.initialize_local_variables()，官网教程没有说明，但是如果不初始化，运行就会报错。

https://zhuanlan.zhihu.com/p/27238630

http://www.jianshu.com/p/d063804fb272

http://honggang.io/2016/08/19/tensorflow-data-reading/

http://www.jianshu.com/p/f07f28448313