Dechin的博客

摘要： 本文通过解析MindSponge的源码实现，详细介绍了在MindSponge中Molecule基础分子类的内置属性和内置函数，以及三种相应的分子系统定义方法：我们既可以使用yaml模板文件来定义一个分子系统，也可以从mol2和pdb文件格式中直接加载一个Molecule，还可以直接使用python列表的形式传入一些手动定义的内容，直接构建一个Molecule。有了最基础的分子系统之后，后面就可以开始定义一些能量项和迭代器，开始分子动力学模拟。 阅读全文

摘要： 分子模拟具有众多的应用场景，比如制药领域和材料领域，做好分子模拟的工作，可以极大程度上缩减新药物新材料的研发成本和研发周期。近几年随着GPT-4和Diffusion Model的大火，让大家意识到了AI已经具备了相当的解决问题的能力。因此基于AI的框架和模型，对比AI训练与分子模拟之间的共性，可以实现一个面向AI时代的分子模拟框架。本文主要介绍基于MindSpore框架实现的，MindSponge分子动力学模拟框架的软件架构。 阅读全文

摘要： 本文主要介绍MindSponge框架的免安装使用和编译构建使用这两种使用方法，MindSponge是一款可以在MindSpore上进行分子动力学模拟的，模块化、高通量、端到端可微的下一代智能分子模拟程序库。通过MindSponge，我们可以在GPU上更加便捷的开发分子动力学模拟算法和应用，并且原生的支持神经网络力场和增强采样，使得我们可以用一个框架就完成绝大部分的分子模拟工作。 阅读全文

摘要： 在软件版本快速迭代的过程中，经常会遇到一些接口变化问题。而如果需要兼容旧版本的话，就需要使用到版本判断的方法。判断清楚版本号属于哪一个区间，再对不同的版本号区间采取不同的算法或者执行策略。Python中预先内置的LooseVersion就是一个很好的版本号比对工具，不仅仅可以对相同位数或者相同类型的版本号进行比对，还可以进行错位的版本号比对。当然，需要注意的是，LooseVersion中对于输入的版本号类型还是有要求的，比如版本号中的每一位的开头必须是一个数字，版本号的每一位都不能以字母开头，否则无法进行比对。 阅读全文

摘要： 这篇文章主要介绍在Linux平台下安装开源版PyMol的简单方法。由于官方主要提供商业版的安装方法，而提供whl安装包的平台也只有Windows系统下的编译包。其实在Anaconda的库中是有提供pymol的开源版本的，这里借这篇文章顺便推广一下。 阅读全文

摘要： 本文主要介绍了在numpy的框架下实现的分子内坐标的计算，类似的方法可以应用于MindSpore和Pytorch、Jax等深度学习相关的框架中。分子的内坐标，可以更加直观的描述分子内的相对运动，通过键长键角和二面角这三个参数。 阅读全文

摘要： 使用Git工具进行异步开发的优点是非常显而易见的，在开发效率和版本管理上得到非常大的进步。当然异步开发过程中也难免会遇到一些开发冲突，比如两个人同时修改了同一个文件，那最终仓库上的版本肯定只能保留一个版本，因此在pull下来的过程中就会提示合并冲突。此时可以使用PyCharm中的专业合并冲突解决工具来进行处理，该工具首先可以在界面上列举出来所有包含冲突的文件，其次是支持diff的界面，并且可以直接在界面上进行代码修改。通过三个界面上的代码可以清晰的看到异步开发过程中的不同修改，以及冲突发生前的最后一个版本，使用起来逻辑清晰操作简单，十分推荐。 阅读全文

摘要： 通常来说，一个Git仓库由内部组织者和外部协作者共同维护。对于内部开发者而言，他们可以通过master-develop-feature模型进行代码开发，在仓库中创建相应的特性分支和开发分支，最后再合入到主分支供大家使用。而对于外部开发者而言，最好的方式是Fork一个仓库到自己本地，然后使用本文介绍的方法二去定期跟远程remote仓库进行同步，避免在长时间的开发周期中遇到一些冲突。 阅读全文

摘要： 本文主要通过MindSpore复现了一个AlphaFold2文章中的算法21，该算法可以用于将蛋白质构象中的每一个氨基酸转化成一个归一化的空间三角形表示，更方便用于深度学习模型中的参数优化。有了这样一个抽象的模型，再定义一系列的梯度优化和损失函数，就可以得到一个用于预测蛋白质构象的生成模型。 阅读全文

摘要： 本文主要介绍的是在Ubuntu环境下安装Microsoft-Edge-dev浏览器，并且安装相关浏览器扩展用于修改请求头，最后成功在Skype中使用New Bing对话的案例。New Bing和ChatGPT相比，不仅仅融合了最新的GPT-4模型，还利用了浏览器自身的信息检索功能，使其不仅仅具备了相当高的智慧，还可以根据实时的信息进行刷新。基于GPT的全新协作模式即将来临，我们都应该尝试去融入到GPT带来的工作方式革命中去。 阅读全文

摘要： 当我们准备去杀死一个进程时，从程序设计的本身来考虑，我们应当要设计一定的保护方案来确保程序被非正常终止时，相应的计算结果也能够被很好的保存下来。在Python中可以使用signal.signal函数来实现这样的功能，但是如果要实现数据的保存功能，需要结合一个实际的类来实现。 阅读全文

摘要： 如果我们遇到[[1],[2,3],[4,5,6]]这样的一个python列表，想把他展平为一个一维的列表，这个时候你会使用什么样的方法呢？for循环？while循环？其实python的内置函数sum中简单的支持了一下这样的功能，使得我们可以更加简便的把一个高维且长度不固定的列表展平为一个规则的一维列表。 阅读全文

摘要： 前端作为一项重要技术，其本身就旨在给用户更好的展示效果和更好的交互模式，然而很多时候再博客中我们只能够采用一些截图的方法来保存我们的结果，然后再放到博客的内容中。而这样操作会带来很大程度上的失真，尤其是生物化学中常见的分子结构的展示，如果直接截图则无法更加全面的展示其结构内容。而3Dmol这个工具则使能了我们使用js的技术，将一个分子的3D模型集成到我们的博客内容中，从很大程度上优化了展示的效果。 阅读全文

摘要： 对于从元素运算到矩阵运算再到张量运算，最后抽象到图运算，这个预算模式的发展历程，在每个阶段都需要有配套的工具来进行支持。比如矩阵时代的numpy，张量时代的mindspore，还有图时代的mindspore-gl。我们未必说哪种运算模式就一定更加先进，但是对于coder来说，“公式即代码”这是一个永恒的话题，而mindspore-gl在这一个工作上确实做的很好。不仅仅是图模式的编程可读性更高，在GPU运算的性能上也有非常大的优化。 阅读全文

摘要： 本文主要解决的是在Ubuntu 20.04下有可能出现的中文输入法无法正常使用的问题，经过检索判断是系统应用商城中下载的VS code版本是不完整版的，因此解决方案就是先删除已安装的VS code，再重新安装完整版的VS code。 阅读全文