摘要： 
在经过前面几篇博客的介绍之后，我们可以定义一些目标的分子体系，并且计算其单点能。而分子模拟的精髓就在于快速的迭代和演化，也就是本文所要介绍的迭代器相关的内容。在具备了分子系统、单点能和迭代器这三者之后，就可以正式开始进行分子动力学模拟。常见的模拟过程有：能量极小化、NVT恒温恒容过程、NPT恒温恒压过程以及NVE微正则系综，本文所涉及的主要是能量极小化以及NVT恒温恒容过程，更多的模拟方法有待大家一起研究探讨。 阅读全文
在经过前面几篇博客的介绍之后，我们可以定义一些目标的分子体系，并且计算其单点能。而分子模拟的精髓就在于快速的迭代和演化，也就是本文所要介绍的迭代器相关的内容。在具备了分子系统、单点能和迭代器这三者之后，就可以正式开始进行分子动力学模拟。常见的模拟过程有：能量极小化、NVT恒温恒容过程、NPT恒温恒压过程以及NVE微正则系综，本文所涉及的主要是能量极小化以及NVT恒温恒容过程，更多的模拟方法有待大家一起研究探讨。 阅读全文