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研究兴趣: 分子动力学模拟、量子计算与量子算法、Python编程与深度学习
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2022年6月17日
氨基酸分子结构和原子命名
摘要:
PDB格式的文件是最常用于存储蛋白质构象的一种,其中也是以各个氨基酸(残基)为基本单位,在氨基酸内部对原子进行唯一性的命名。本文先通过展示各种氨基酸在蛋白质链的不同位置的结构,介绍各类氨基酸的基础构象。再通过丙氨酸和色氨酸两个案例,详细介绍了在蛋白质链的中的各种氨基酸内部的原子命名法则。需要注意的是,atom_name和atom_type是不一样的,atom_name是一个唯一的标识符,atom_type则是用于导出力场参数的重要标记。
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posted @ 2022-06-17 10:46 DECHIN
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