2022年3月11日
SETTLE约束算法的批量化处理
摘要： SETTLE约束算法的批量化处理 在前一篇文章中介绍了SETTLE约束算法在分子动力学模拟中的应用，本文通过用Jax的Vmap功能对SETTLE函数进行了扩维，使得其可以批量的计算多分子体系的约束条件。这里采用的案例是一个含有16个水分子（48原子）的小体系，从结果中可以看到，在随机移动和批量SETTLE的作用下，所有的水分子都保留了原始的键长和键角，简单理解这个过程就是一个刚体三角形的平移和旋转的过程。 阅读全文
posted @ 2022-03-11 17:48 DECHIN 阅读(361) 评论(0) 推荐(0) 编辑