合集-CudaSPONGE教程

CudaSPONGE高性能GPU分子模拟
摘要:CudaSPONGE高性能GPU分子模拟本文简单介绍了一下CudaSPONGE高性能分子动力学模拟软件,其基于原生的CUDA C开发,具有极高的模拟效率。结合前处理工具Xponge用于生成和处理输入文件,可以很好的兼容目前常用的很多力场形式。
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CudaSPONGE之Python接口
摘要:CudaSPONGE之Python接口本文介绍了高性能GPU分子动力学模拟软件CudaSPONGE的Python API接口,通过官方开发的prips插件,使得我们可以在Python框架下很方便的开发一些分子动力学模拟的Force Wrapper,例如Meta Dynamics中就有很多可以外界的工具,非常方便开发者的二次开发,同时又能够兼顾到性能。
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PySAGES结合CUDA SPONGE增强采样
摘要:PySAGES结合CUDA SPONGE增强采样本文探索并梳理了一下CUDA SPONGE高性能分子模拟采样软件,和PySAGES高性能增强采样软件,这两者强强联合的MD模拟新范式。
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CudaSPONGE与PySAGES初步性能测试
摘要:CudaSPONGE与PySAGES初步性能测试接前一篇关于PySAGES结合CudaSPONGE使用方法的文章,本文主要还是使用了一样的测试案例。仅通过不同的测试步长,来定性的分析PySAGES的MetaDynamics实现方案结合MD软件之后的性能数据。
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使用SpongeExt快捷完成CudaSPONGE结合PySAGES的增强采样
摘要:使用SpongeExt快捷完成CudaSPONGE结合PySAGES的增强采样基于CudaSPONGE高性能分子动力学模拟采样工具,和PySAGES高性能增强采样软件,我简单的封装了一个SpongeExt插件,可以用于无感结合CudaSPONGE和PySAGES进行增强采样分子动力学模拟。
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