摘要：在已知两个三角形顶点坐标的情况下，我们要以其中的一个三角形平面去构造一个新的坐标系，并且需要找到新旧坐标系之间的变换关系。这是一个比较简单的立体几何的问题，寻找两个坐标系之间的变换矩阵。如果是常规思路，可以先根据两个三角形之间的相对位置去计算一下在新坐标系下两个三角形的新的顶点坐标，从而可以取三个点来构造一个坐标变换矩阵，进而推广到所有向量在这两个坐标系之间的变换关系。而本文提供了一种相对更容易求解、也比较直接的思路，并给出了相关的Python代码实现过程。 阅读全文

摘要：本文介绍了两个不同的深度学习框架：Jax和MindSpore下的旋转矩阵的实现，对于不同的框架来说同一个功能会涉及到不同的实现方式。在Jax中，由于其函数式编程的特性，就允许我们更加简单的去构造和扩展一个旋转矩阵。MindSpore是一个面向对象编程的框架，其优势在于构建大型的模型应用。但构造一个可用的简单模型，相对而言就会走一些弯路。就比如我们需要使用Concat+Reshape的算子来拼接一个旋转矩阵，看起来会相对麻烦一些。而构建好旋转矩阵之后，则可以使用跟Jax一样的Vmap操作，或者是直接使用爱因斯坦求和来计算旋转矩阵对多个矢量输入的计算，从文章中的案例中可以看到两者所得到的计算结果是一致的。 阅读全文

摘要：相比于明文存储和传统的一些数据存储方法，HDF5格式的文件非常适合用于存储分子动力学模拟过程中产生的庞大轨迹文件，不仅有良好的可读性，还有非常优秀的压缩率，使得存储下来的轨迹文件不至于太大。而相应的，我们也需要一些配套的可视化软件，用来展示HDF5文件中存储的内容。本文所介绍的改进版的VMD-h5mdplugin插件，可以在VMD中直接展示HDF5的分子运动轨迹，并给出了相应的案例。 阅读全文