深入浅出图神经网络 GCN代码实战
《深入浅出图神经网络》中的GCN代码实战
GCN代码实战
书中5.6节的GCN代码实战做的是最经典Cora数据集上的分类，恰当又不恰当的类比Cora之于GNN就相当于MNIST之于机器学习。
有关Cora的介绍网上一搜一大把我就不赘述了，这里说一下Cora这个数据集对应的图是怎么样的。
Cora有2708篇论文，之间有引用关系共5429个，每篇论文作为一个节点，引用关系就是节点之间的边。每篇论文有一个1433维的特征来表示某个词是否在文中出现过，也就是每个节点有1433维的特征。最后这些论文被分为7类。
所以在Cora上训练的目的就是学习节点的特征及其与邻居的关系，根据已知的节点分类对未知分类的节点的类别进行预测。
知道这些应该就OK了，下面来看代码。
数据处理
注释里自己都写了代码引用自PyG我觉得就扫几眼就行了，因为现在常用的数据集两个GNN轮子（DGL和PyG）里都有，现在基本都是直接用，很少自己下原始数据再处理了，所以略过。
GCN层定义
回顾第5章中GCN层的定义：
所以对于一层GCN，就是对输入\(X\)，乘一个参数矩阵\(W\)，再乘一个算好归一化后的“拉普拉斯矩阵”即可。
来看代码：
class GraphConvolution(nn.Module):
def __init__(self, input_dim, output_dim, use_bias=True):
super(GraphConvolution, self).__init__()
self.input_dim = input_dim
self.output_dim = output_dim
self.use_bias = use_bias
self.weight = nn.Parameter(torch.Tensor(input_dim, output_dim))
if self.use_bias:
self.bias = nn.Parameter(torch.Tensor(output_dim))
else:
self.register_parameter('bias', None)
self.reset_parameters()
def reset_parameters(self):
init.kaiming_uniform_(self.weight)
if self.use_bias:
init.zeros_(self.bias)
def forward(self, adjacency, input_feature):
support = torch.mm(input_feature, self.weight)
output = torch.sparse.mm(adjacency, support)
if self.use_bias:
output += self.bias
return output
def __repr__(self):
return self.__class__.__name__ + ' (' \
+ str(self.input_dim) + ' -> ' \
+ str(self.output_dim) + ')'
定义了一层GCN的输入输出维度和偏置，对于GCN层来说，每一层有自己的\(W\)，\(X\)是输入给的，\(\tilde L_{sym}\)是数据集算的，所以只需要定义一个weight矩阵，注意一下维度就行。
传播的时候只要按照公式\(X'=\sigma(\tilde L_{sym}XW)\)进行一下矩阵乘法就好，注意一个trick：\(\tilde L_{sym}\)是稀疏矩阵，所以先矩阵乘法得到\(XW\)，再用稀疏矩阵乘法计算\(\tilde L_{sym}XW\)运算效率上更好。
GCN模型定义
知道了GCN层的定义之后堆叠GCN层就可以得到GCN模型了，两层的GCN就可以取得很好的效果（过深的GCN因为过度平滑的问题会导致准确率下降）：
class GcnNet(nn.Module):
def __init__(self, input_dim=1433):
super(GcnNet, self).__init__()
self.gcn1 = GraphConvolution(input_dim, 16)
self.gcn2 = GraphConvolution(16, 7)
def forward(self, adjacency, feature):
h = F.relu(self.gcn1(adjacency, feature))
logits = self.gcn2(adjacency, h)
return logits
这里设置隐藏层维度为16，调到32，64，...都是可以的，我自己试的结果来说没有太大的区别。从隐藏层到输出层直接将输出维度设置为分类的维度就可以得到预测分类。
传播的时候相比于每一层的传播只需要加上激活函数，这里选用ReLU。
训练
定义模型、损失函数（交叉熵）、优化器：
model = GcnNet(input_dim).to(DEVICE)
criterion = nn.CrossEntropyLoss().to(DEVICE)
optimizer = optim.Adam(model.parameters(),
lr=LEARNING_RATE,
weight_decay=WEIGHT_DACAY)
具体的训练函数注释已经解释的很清楚：
def train():
loss_history = []
val_acc_history = []
model.train()
train_y = tensor_y[tensor_train_mask]
for epoch in range(EPOCHS):
logits = model(tensor_adjacency, tensor_x) # 前向传播
train_mask_logits = logits[tensor_train_mask] # 只选择训练节点进行监督
loss = criterion(train_mask_logits, train_y) # 计算损失值
optimizer.zero_grad()
loss.backward() # 反向传播计算参数的梯度
optimizer.step() # 使用优化方法进行梯度更新
train_acc, _, _ = test(tensor_train_mask) # 计算当前模型训练集上的准确率
val_acc, _, _ = test(tensor_val_mask) # 计算当前模型在验证集上的准确率
# 记录训练过程中损失值和准确率的变化，用于画图
loss_history.append(loss.item())
val_acc_history.append(val_acc.item())
print("Epoch {:03d}: Loss {:.4f}, TrainAcc {:.4}, ValAcc {:.4f}".format(
epoch, loss.item(), train_acc.item(), val_acc.item()))
return loss_history, val_acc_history
对应的测试函数：
def test(mask):
model.eval()
with torch.no_grad():
logits = model(tensor_adjacency, tensor_x)
test_mask_logits = logits[mask]
predict_y = test_mask_logits.max(1)[1]
accuarcy = torch.eq(predict_y, tensor_y[mask]).float().mean()
return accuarcy, test_mask_logits.cpu().numpy(), tensor_y[mask].cpu().numpy()
注意模型得到的分类不是one-hot的，而是对应不同种类的预测概率，所以要test_mask_logits.max(1)[1]取概率最高的一个作为模型预测的类别。
这些都写好之后直接运行训练函数即可。有需要还可以对train_loss和validation_accuracy进行画图，书上也给出了相应的代码，比较简单不再赘述。
