2020年6月22日
摘要：
ln是Linux中非常重要的命令，它的功能是为某一个文件在另外一个位置建立一个同步的链接。当我们需要在不同的目录，用到相同的文件时，我们不需要在每一个需要的目录下都放一个必须相同的文件，我们只要在某个固定的目录，放上该文件，然后在 其它的目录下用ln命令链接（link）它就可以，不必重复的占用磁盘空间。 阅读全文
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rm是常用的命令之一，该命令的功能为删除一个目录中的一个或多个文件或目录，它也可以将某个目录及其下的所有文件及子目录均删除。对于链接文件，只是删除了链接，原有文件均保持不变。支持通配符。 阅读全文
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rmdir命令的功能是删除空目录，一个目录被删除之前必须是空的。 阅读全文
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chown将指定文件的拥有者改为指定的用户或组，用户可以是用户名或者用户ID；组可以是组名或者组ID；文件是以空格分开的要改变权限的文件列表，支持通配符。系统管理员经常使用chown命令，在将文件拷贝到另一个用户的名录下之后，让用户拥有使用该文件的权限。 阅读全文
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在Linux系统里，文件或目录的权限的掌控以拥有者及所属群组来管理。可以使用chgrp指令变更文件与目录所属群组，这种方式采用群组名称或群组识别码都可以。 阅读全文
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chmod命令用于改变Linux系统文件或目录的访问权限。用它控制文件或目录的访问权限。该命令有两种用法。一种是包含字母和操作符表达式的文字设定法；另一种是包含数字的数字设定法。 阅读全文
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echo是一个非常简单、直接的Linux命令。在shell操作和shell script设计上，echo命令是最常被使用的命令之一 阅读全文
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mv命令是move的缩写，可以用来移动文件或者将文件重命名（move (rename) files），是Linux系统下常用的命令之一。 阅读全文
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mkdir 命令用来创建指定名称的目录，要求创建目录的用户在当前目录中具有写权限，并且指定的目录名不能是当前目录中已有的目录。 阅读全文
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cp命令用来复制文件或者目录，是Linux系统中最常用的命令之一。一般情况下，shell会设置一个别名，在命令行下复制文件时，如果目标文件已经存在，就会询问是否覆盖，不管你是否使用-i参数。但是如果是在shell脚本中执行cp时，没有-i参数时不会询问是否覆盖。这说明命令行和shell脚本的执行方式有些不同。 阅读全文
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cd命令，切换当前目录至dirName 阅读全文
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Linux中用 pwd 命令来查看”当前工作目录“的完整路径。简单得说，每当你在终端进行操作时，你都会有一个当前工作目录。在不太确定当前位置时，就会使用pwd来判定当前目录在文件系统内的确切位置。 阅读全文
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ls命令就是list的缩写，默认条件下ls用来打印出当前目录的清单。如果ls指定其他目录，那么就会显示指定目录里的文件及目录清单。 通过ls 命令不仅可以查看Linux目录包含的文件，而且可以查看文件权限(包括目录)，查看目录信息等等。 阅读全文
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VCF是用于描述SNP，INDEL和SV结果的文件，下面所记录的是以GATK软件结果的VCF文件，与SAMtools的结果有点不同 阅读全文
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SAM文件由两部分组成：头部信息和比对信息，都是以tab键分隔。 阅读全文
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BED文件每行至少包含chrom，chromStart，chromEnd三列；另外还可以添加额外的9列，这些列的顺序是固定的。 阅读全文
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在Gradient Boosting中则将负梯度作为上一轮基学习器犯错的衡量指标，在下一轮学习中通过拟合负梯度来纠正上一轮犯的错误。这里的关键问题是：为什么通过拟合负梯度就能纠正上一轮的错误了？Gradient Boosting的发明者给出的答案是：函数空间的梯度下降。 阅读全文
