Samtools在Linux上非root权限的安装

第一次在Linux上不用root权限安装软件，查看了很多博客，并实践安装成功。大致总结了一下samtools的安装过程，仅供大家参考，如有不对的地方，欢迎指正~

samtools安装过程中依赖于lzma、htslib两个包，所以在安装samtools之前需要确保安装了lzma、htslib。如果没有安装好，可以按照step1~step6，依次下载安装xz-5.2.3、htslib-1.5、samtools，最后在验证是否安装成功（先下载好了安装包）。

 

【step1】：先创建好自己软件需要安装到的目录

mkdir -p ~/mysoft/softname

【step2】：添加环境变量

echo 'export PATH=/home/usrname/mysoft/softname/bin:$PATH'>>~./bashrc

【step3】：激活环境变量

source ~/.bashrc

【step4】：将软件包解压

tar jxvf softname.tar.bz2

【step5】：进入软件目录，配置软件需要安装的路径（敲黑板，画重点）

cd softname

./configure --prefix=/home/usrname/mysoft/softname(一般情况)

./configure --disable-lzma --prefix=/home/usrname/mysoft/softname(configure后，提示需要依赖lzma压缩，此时可以在configure后添加参数设置 --disable-lzma，因为在这里有安装xz-5.2.3来压缩，所以选择不依赖于lzma)

【step6】：编译、安装

make

make install

【step7】：验证samtools是否安装成功

samtools view